December 2023 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish 31 Dec '23

31 Dec '23

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

1 0

Journées Utilisateurs 2023 et formation java
by Sigrid LEHUTA 19 Dec '23

19 Dec '23

Chers ISIS-Fish-ien.nes, Le père Noël est en avance, nous vous proposons deux événements ISIS pour cette fin d'année ! * *La journée des utilisateurs* aura lieu le 19 décembre de 9h à 18h à Nantes (centre Ifremer salle 2). Elle est l'occasion de découvrir les applications et développements récents et en cours, de faire remonter des besoins et suggestions et d'échanger avec les autres utilisateurs et développeurs (programme ci-dessous). Idéalement, chaque utilisateur présente ses travaux (cf la structure ci-dessous). Merci à ceux qui veulent présenter (vous n'avez pas forcément le choix ;-)) de renvoyer le _formulaire _de description de l'application ci-dessous rempli avant le 15 décembre (aussi pour savoir combien de chouquettes). * *La jormation JAVA pour ISIS-Fish* dispensée par Eric Chatellier de Code Lutin aura lieu les 14 et 15 décembre 2023 à Nantes (centre Ifremer salle 2). Horaires à préciser. Merci de nous manifester votre intérêt. /A noter le 14/12 a lieu le repas de Noël Ifremer, si vous n'êtes pas Ifremer, contactez moi. / A très bientôt ! ----------------------------------------- _Formulaire _/ template des présentations : 1. Quelle question (projet associé) et pourquoi ISIS ? 2. Lieu, résolution spatiale, type de pêcherie, espèces, flottilles, mesures de gestion 3. données utilisées 4. paramétrisation, nouvelles règles, calibration, analyse de sensibilité, analyse d'inctertitude? 5. Spécificités, nouveautés, besoins particuliers ? 6. Problèmes, limites ? 7. utilisation des scripts développés par Jean-Baptiste 8. quelle version d'ISIS ? mise à disposition de leur BD-ISIS ? 9. utilisation d'un notebook ? 10. Réponse à la question ? ---------------------------------------- ODJ - présentations des applis + perspectives - Brainstorm couplage pelagique-demersal (projets delmoges et seawise) - Past, present and future des boucles MSE dans ISIS ? (presentation Youen + discussion) - version ISIS et nouveaux développements - bonnes pratiques et collaboration - Budget -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Fisheries modeller IFREMER unit HALGO, Ecology and modeling for fisheries science lab (EMH) Member of the Mixed Research Unit DECOD: Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea Member of l'Association Française d'Halieutique IFREMER, Centre Atlantique Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

2 3

remplir la DB a partir d un script et d une matrice avec semantic
by Sigrid LEHUTA 13 Dec '23

13 Dec '23

Hello, j'ai fait un script pour remplir une base isis a partir d une matrice avec semantic Strategy, mais il ne fait pas la correspondance entre les strategies isis et celles de la matrice. Les noms sont bien identiques pourtant. Si j utilise les noms comme semantic ("String:" au lieu de "Strategy:" dans la matrice) je n'ai plus d'erreur mais ca ne rempli pas non plus la base. Peux tu me dire ce que je fais de travers ? Merci ! Caused by: java.util.NoSuchElementException: L'objet passé en argument n'a pas été retrouvé ou la dimension donnée ne convient pas:2_Basques @ 1_Senne.pelagique_PIL.PIL in [1_Bretons @ 1_Senne.pelagique_PIL.PIL, 1_Bretons @ 2_Senne.pelagique_PIL.autres, 1_Bretons @ 3_Senne.pelagique_PIL.pel, 1_Bretons.Aquitaine @ 1_Senne.pelagique_PIL.PIL, 1_Bretons.Aquitaine @ 2_Senne.pelagique_PIL.autres, 1_Bretons.Aquitaine @ 3_Senne.pelagique_PIL.pel, 1_Chalutiers.de.fond_Bretagne_demersaux @ 7_Chalut.de.fond_demersaux, 1_Chalutiers.de.fond_Bretagne_demersaux @ Inferieur.seuil, 1_Chalutiers.de.fond_La.Cotiniere_demersaux @ 7_Chalut.de.fond_demersaux, 1_Chalutiers.de.fond_La.Cotiniere_demersaux @ Inferieur.seuil, 1_Chalutiers.de.fond_Vendee_demersaux @ 10_Chalut.mixtes_PIL.demersaux, 1_Chalutiers.de.fond_Vendee_demersaux @ 7_Chalut.de.fond_demersaux, 1_Chalutiers.de.fond_Vendee_demersaux @ Inferieur.seuil, 11_Chalutiers.pelagiques_Bretagne_autres.pelagiques @ 8_Chalut.pelagique_autres.pel, 11_Chalutiers.pelagiques_Bretagne_autres.pelagiques @ Inferieur.seuil, 11_Chalutiers.pelagiques_Vendee_autres.pelagiques @ 10_Chalut.mixtes_PIL.demersaux, 11_Chalutiers.pelagiques_Vendee_autres.pelagiques @ 7_Chalut.de.fond_demersaux, 11_Chalutiers.pelagiques_Vendee_autres.pelagiques @ 8_Chalut.pelagique_autres.pel, 11_Chalutiers.pelagiques_Vendee_autres.pelagiques @ Inferieur.seuil, 12_Chalutiers.dragueurs.Bretagne @ 10_Chalut.mixtes_PIL.demersaux, 12_Chalutiers.dragueurs.Bretagne @ 7_Chalut.de.fond_demersaux, 12_Chalutiers.dragueurs.Bretagne @ 8_Chalut.pelagique_autres.pel, 12_Chalutiers.dragueurs.Bretagne @ 9_Chalut.drague_PIL.demersaux, 12_Chalutiers.dragueurs.Bretagne @ Inferieur.seuil, 12_Chalutiers.dragueurs.Vendee @ 9_Chalut.drague_PIL.demersaux, 14_Chalutiers.pelagiques_germon.autres.pelagiques @ 2_Chalut.pelagique_ALB.autresPel, 14_Chalutiers.pelagiques_germon.autres.pelagiques @ Inferieur.seuil, 15_Chalutiers.langoustiniers @ 5_Chalut.de.fond_NEP, 15_Chalutiers.langoustiniers @ Inferieur.seuil, 15_Chalutiers.langoustiniers @ sortie_flotte, 16_Non.classes @ 11_Chalut.pelagique_PIL, 16_Non.classes @ 2_Chalut.pelagique_ALB.autresPel, 16_Non.classes @ 3_Chalut.mixtes_ALB.demersaux, 16_Non.classes @ 5_Chalut.de.fond_NEP, 16_Non.classes @ 7_Chalut.de.fond_demersaux, 16_Non.classes @ 8_Chalut.pelagique_autres.pel, 16_Non.classes @ Inferieur.seuil, 16_Non.classes @ sortie_flotte, 2_Basques @ 1_Senne.pelagique_PIL.PIL, 2_Basques @ 4_Senne.pelagique_BFT.pel, 2_Basques @ 5_Senne.pelagique_autres.autres, 2_Basques @ Inferieur.seuil, 3_Chalutiers.pelagiques_anchois.bar.vers.germon.merlu @ 1_Chalut.pelagique_ALB.HKE, 3_Chalutiers.pelagiques_anchois.bar.vers.germon.merlu @ 2_Chalut.pelagique_ALB.autresPel, 3_Chalutiers.pelagiques_anchois.bar.vers.germon.merlu @ 3_Chalut.mixtes_ALB.demersaux, 3_Chalutiers.pelagiques_anchois.bar.vers.germon.merlu @ 4_Chalut.pelagique_ANE.BSS, 3_Chalutiers.pelagiques_anchois.bar.vers.germon.merlu @ 6_Chalut.pelagique_ANE.PIL.HKE, 3_Chalutiers.pelagiques_anchois.bar.vers.germon.merlu @ Inferieur.seuil, 3_Non.classes @ 2_Senne.pelagique_PIL.autres, 3_Non.classes @ Inferieur.seuil, 4_Chalutiers_pelagiques_anchois.bar @ 4_Chalut.pelagique_ANE.BSS, 4_Chalutiers_pelagiques_anchois.bar @ 6_Chalut.pelagique_ANE.PIL.HKE, 4_Chalutiers_pelagiques_anchois.bar @ Inferieur.seuil, 5_Chalutiers.mixtes_germon.demersaux.ou.merlu @ 1_Chalut.pelagique_ALB.HKE, 5_Chalutiers.mixtes_germon.demersaux.ou.merlu @ 3_Chalut.mixtes_ALB.demersaux, 5_Chalutiers.mixtes_germon.demersaux.ou.merlu @ 4_Chalut.pelagique_ANE.BSS, 5_Chalutiers.mixtes_germon.demersaux.ou.merlu @ 5_Chalut.de.fond_NEP, 5_Chalutiers.mixtes_germon.demersaux.ou.merlu @ 7_Chalut.de.fond_demersaux, 5_Chalutiers.mixtes_germon.demersaux.ou.merlu @ Inferieur.seuil, 6_Chalutiers.mixtes_Bretagne_sardine.demersaux @ 10_Chalut.mixtes_PIL.demersaux, 6_Chalutiers.mixtes_Bretagne_sardine.demersaux @ 4_Chalut.pelagique_ANE.BSS, 6_Chalutiers.mixtes_Bretagne_sardine.demersaux @ 9_Chalut.drague_PIL.demersaux, 6_Chalutiers.mixtes_Bretagne_sardine.demersaux @ sortie_flotte, 6_Chalutiers.mixtes_Vendee_sardine.demersaux @ 10_Chalut.mixtes_PIL.demersaux, 6_Chalutiers.mixtes_Vendee_sardine.demersaux @ 11_Chalut.pelagique_PIL, 6_Chalutiers.mixtes_Vendee_sardine.demersaux @ 6_Chalut.pelagique_ANE.PIL.HKE, 6_Chalutiers.mixtes_Vendee_sardine.demersaux @ 9_Chalut.drague_PIL.demersaux, 9_chalutiers.pelagiques_Bretagne_anchois.bar.vers.petits.pelagiques.merlu @ 1_Chalut.pelagique_ALB.HKE, 9_chalutiers.pelagiques_Bretagne_anchois.bar.vers.petits.pelagiques.merlu @ 10_Chalut.mixtes_PIL.demersaux, 9_chalutiers.pelagiques_Bretagne_anchois.bar.vers.petits.pelagiques.merlu @ 3_Chalut.mixtes_ALB.demersaux, 9_chalutiers.pelagiques_Bretagne_anchois.bar.vers.petits.pelagiques.merlu @ 4_Chalut.pelagique_ANE.BSS, 9_chalutiers.pelagiques_Bretagne_anchois.bar.vers.petits.pelagiques.merlu @ 6_Chalut.pelagique_ANE.PIL.HKE, 9_chalutiers.pelagiques_Bretagne_anchois.bar.vers.petits.pelagiques.merlu @ Inferieur.seuil, 9_chalutiers.pelagiques_Bretagne_anchois.bar.vers.petits.pelagiques.merlu @ sortie_flotte, 9_Chalutiers.pelagiques_Vendee_anchois.bar.vers.petits.pelagiques.merlu @ 1_Chalut.pelagique_ALB.HKE, 9_Chalutiers.pelagiques_Vendee_anchois.bar.vers.petits.pelagiques.merlu @ 11_Chalut.pelagique_PIL, 9_Chalutiers.pelagiques_Vendee_anchois.bar.vers.petits.pelagiques.merlu @ 4_Chalut.pelagique_ANE.BSS, 9_Chalutiers.pelagiques_Vendee_anchois.bar.vers.petits.pelagiques.merlu @ 6_Chalut.pelagique_ANE.PIL.HKE, 9_Chalutiers.pelagiques_Vendee_anchois.bar.vers.petits.pelagiques.merlu @ 9_Chalut.drague_PIL.demersaux] at org.nuiton.math.matrix.MatrixHelper.indexOf(MatrixHelper.java:305) at org.nuiton.math.matrix.MatrixHelper.semanticsToDimension(MatrixHelper.java:278) at org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.getValue(AbstractMatrixND.java:347) at org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.getValue(AbstractMatrixND.java:355) at scripts.FillStrPropFlt.fillPropStr(FillStrPropFlt.java:96) at scripts.FillStrPropFlt.runIfTrueClean(FillStrPropFlt.java:73) at scripts.FillStrPropFlt.main(FillStrPropFlt.java:63) ... 48 more -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Fisheries modeller IFREMER unit HALGO, Ecology and modeling for fisheries science lab (EMH) Member of the Mixed Research Unit DECOD: Dynamics and sustainability of ecosystems: from source to sea Member of l'Association Française d'Halieutique IFREMER, Centre Atlantique Rue de l'Ile d'Yeu - BP 21105 44311 Nantes Cedex 03, France Tél : 02 40 37 42 38 (N° interne : 8238) https://halgo.ifremer.fr/en https://www.umr-decod.fr/en https://www.association-francaise-halieutique.fr/

2 2

PDF java training indisponibles
by Louis MAILLARD 12 Dec '23

12 Dec '23

Bonjour, je me permets de vous contacter car, après avoir essayé plusieurs fois d'ouvrir les PDF présents dans l'onglet "java training" de "isis fish tutorials" (http://isis-fish.org/v4/user/tutorials/training.html) je n'ai pas réussi à accéder à ces documents. Est il possible de les trouver autre part ? Merci d'avance. Bonne journée. Cordialement, Louis Maillard.

1 0

Formation java
by Sigrid LEHUTA 05 Dec '23

05 Dec '23

Bonjour, pour les participants à la formation java les 14-15 décembre, merci de nous confirmer votre présence et d'installer préalablement : - java (idéalement version 21) - intellij (Community Edition) ? Merci -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28 _______________________________________________ Isis-fish-private mailing list Isis-fish-private(a)list.isis-fish.org https://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-private

1 0

chemin - lancement simulation sur datarmor
by Stephanie MAHEVAS 01 Dec '23

01 Dec '23

Re, je veux lancer 10 simulations sur datarmor *depuis l'interface d'ISIS*. Ces simus utilisent des règles qui ont besoin de fichiers csv. J'ai mis les fichiers csv sur datarmor dans mon espace de travail /home1/datawork/smahevas/ISIS_Travail/forcage Je ne sais plus quelles est la syntaxe pour mettre le chemin dans la règle.... est-ce ca ? public static String param_cheminFichierAverage = "/home1/datawork/smahevas/ISIS_Travail/forcage/" ; Merci Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR MARBEC - site de Sète IFREMER/HM https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

2 1

simulations qui ne redémarrent pas
by Stephanie MAHEVAS 01 Dec '23

01 Dec '23

Salut je pensais que lorsque je fermais ISIS avec des simus en cours, elle redémarraient en réouvrant ISIS. Je viens de faire la (mauvaise) expérience que non. Est-ce normal ? un log et le pom.xml merci Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS UMR MARBEC - site de Sète IFREMER/HM https://annuaire.ifremer.fr/cv/16343/ Tel: (33) 04 99 57 32 39 (8239) - 06 75 83 59 33 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

2 2