January 2011 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

erreur sur la zone de MPA (speciale dedicace Benoit...)
by Sigrid.Lehuta＠ifremer.fr 25 Jan '11

25 Jan '11

Re-salut, on a eu un bug lors de l utilisation d un cantonnement qui m a rappelé une erreur que Benoit a eue : Là la zone de cantonnement est "Recru" (mais ca bug seulement pour certaines zones !) Quelle etait la cause ? Merci java.util.NoSuchElementException: L'objet passé en argument n'a pas été retrouvé ou la dimension donnée ne convient pas:ZoneCantonnement-Espagnols-3 in [SenneBreton, port, Rochebonne, LandesCote, LandesLarge, senne basque, gironde, Recru, MigHiver, SudGolfe, close, SenneEspagnol, cote_espagnole] at org.nuiton.math.matrix.MatrixHelper.indexOf(MatrixHelper.java:234) at org.nuiton.math.matrix.MatrixHelper.semanticsToDimension(MatrixHelper.java:208) at org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.setValue(AbstractMatrixND.java:380) at org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.setValue(AbstractMatrixND.java:392) at scripts.SiMatrix.aw$original$_AW_$getMetierZone$_AW_$scripts_SiMatrix(SiMatrix.java:217) at scripts.SiMatrix_1__791780215_1169520244___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.aspect.Cache.realCall(Cache.java:148) at fr.ifremer.isisfish.aspect.Cache.call(Cache.java:123) at scripts.SiMatrix_1__791780215_1169520244___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at scripts.SiMatrix_1__791780215_1169520244___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at scripts.SiMatrix.getMetierZone(SiMatrix.java) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:212) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:392) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:259)

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migration des librairies V3.3.0.5
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr 24 Jan '11

24 Jan '11

Salut, on vient d installer isis V 3.3.0.5 sur un nouvel ordi et il ne fait pas la migration en nuiton. Avec la V3.3.0.4 la migration se faisait et on est pas sures que ca ait deja marché avec la V3.3.0.5... Tu peux regarder ca ? Merci Sigrid et Steph

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Configuration de IsisFish et R sous linux
by Eric Chatellier 20 Jan '11

20 Jan '11

Bonjour, Voici un petit guide pour configurer correctement IsisFish sous linux. Architecture ------------ Java, R et IsisFish doivent être lancé dans la même architecture. Pour java, la commande 'java -version' doit renseigner : 'Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM' R est généralement de la même architecture que la distribution linux $ uname -m x86_64 Et R est généralement installé dans /usr/lib64/R Pour IsisFish, il faut utiliser le script de lancement "isisfish.sh" ou "isisfish64.sh" (depuis la version 3.3.0.7) Configuration ------------- La variable de configuration R_HOME doit être configurer sur l'emplacement d'installation de R pour que IsisFish la connaisse. Pour vérifier si la variable existe : $ echo $R_HOME /usr/lib64/R Si cette commande n'affiche rien, il est possible de configurer cette variable dans le fichier .cshrc (ou .bashrc) la ligne suivante : export R_HOME=/usr/lib64/R Apres avoir relancer votre terminal, la commande 'echo $R_HOME' devrait afficher cette valeur. Lancement --------- Ensuite il suffit de lancer IsisFish et de vérifier que les analyses de sensibilités fonctionnent. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Isis-Fish 3.3.0.7 est disponible
by Eric Chatellier 20 Jan '11

20 Jan '11

Bonjour, Une nouvelle version d'Isis-Fish est disponible au téléchargement à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Changements : * ajout des scripts de lancement pour la version 64bits Note: * les fichier go.bat et go.sh ont été renommés en isisfish.bat et isisfish.sh pour le version normale et isisfish64.bat et isisfish64.sh pour la version 64bits * attention a n'utiliser la version 64bits que si java et R sont également en 64bits Le changelog complet est disponible à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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As avec Isis sous linux
by Stephanie MAHEVAS 18 Jan '11

18 Jan '11

Bonjour quels sont les parametres de config sous linux pour utiliser R avec ISIS? merci stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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