October 2012 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

pas d'export des resultats...
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr 07 Jan '13

07 Jan '13

bonsoir malgre le changement dans le .bat (900M), je n'ai pas d'exports... Voici mon debug Merci Stephanie

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Bouquins
by Sigrid Lehuta 25 Oct '12

25 Oct '12

Hello, nous allons faire des commandes de livres et je voudrais votre avis et conseil: Steph: pour l'AS le(s)quel(s) des Saltelli recommandes tu? global sensitivity analysis the primer ou le vieux senstivity analysis pour les plans d'experiences? Droesbeke ? Box, Statistics for experimenters? pour les analyses multivariees? un conseil? les lutins: un bouquin de programmation en java? c'est aujourd hui la deadline je suis desolee, pouvez vous essayer de me repondre dans la journee? Merci

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VCS offciel versus Communaute
by Stephanie MAHEVAS 23 Oct '12

23 Oct '12

c'est sûrement la 1000000000ème fois que je pose cette question mais ptitete a encore oublié la reponse. Lorsque je cree un nouveau script (rule , simulationplans, exports,.....), je le mets dans VCS Communaute ? steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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plan de simu qui plante aleatoirement
by Stephanie MAHEVAS 23 Oct '12

23 Oct '12

Bonjour j'ai des symptomes etranges pour une calibration. Le plan de simulation que je lance plante. Mais lorsque je repete le plan il ne plante pas toujours à la meme simulation et pas pour la meme raison. Dans le debug, c'est une fois car il ne peut pas creer un vecteur, une autre car il ne peut pas acceder au resultstorage... je reste dubitative ... voici déja le debug. + la base (ci-jointe) + les regles (ci-jointe) + properties de lancement merci Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Exports de F (.csv) pour ISIS
by Loic GASCHE 19 Oct '12

19 Oct '12

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regle pour soustraire aux abondances des captures connues non decrites dans le modele de flottille
by Stephanie MAHEVAS 18 Oct '12

18 Oct '12

je voudrais m'assurer que j'ai le doit de manipuler les coordonnees comme je l'ai fait dans la postAction Eric tu peux jeter un coup d'oeil stp? et ensuite j'ai des erreurs de compile que je ne comprends pas merci steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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erreur dans la nouvelle regle : TACpoids20012011OgiveTriMerlu.java
by Stephanie MAHEVAS 16 Oct '12

16 Oct '12

J'ai l'impreesion qu'il y a erreur ligne 423 la variable metier devrait etre issue des semantiques? est-ce qu ej me trompe? -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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recuperer une sous matrice en sommant sur une dimension
by Stephanie MAHEVAS 16 Oct '12

16 Oct '12

Bonjour je souhaite faire une calibration sur plusieurs annees. Je voudrais etre sure que j'utilise correctement sum.OverDim(). Est-ce que L = L.sumOverDim(0,12) permet d'avoir un cumul de L sur la dimension 0 de 0 à 11 puis de 12 à 23, ect... je mets le script ci-dessous issu de Calibration.java écrit par Sigrid (je crois?). merci STeph MatrixND L2 = result.getMatrix(param_Population, ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP); /////*** If some strategies, metiers or areas must not be included in the cumulated catches see below else put "//" at the beginning of line 297 and replace "L2" by "L" at line 289 /////*** the strategies or so to exclude must be at the begining or end of the list you enter in the parameters interface /////*** fill the line MatrixND L = L2.getSubMatrix(a,b,c).copy(); as follow : /////*** a = 1 if you want to exclude strategies, 2 if metiers and 4 if areas /////*** b = indice of the first object considered /////*** c = number of object to keep after b, b included MatrixND L = L2.getSubMatrix(1,2,4).copy(); // for instance : keep strategies 2,3,4,5 // si tu veux toutes les strategies: // MatrixND L = L2; ///*** if observations are cumulated over quarter a = 3, over year a = 12, else put "//" at the beginning of the following line // L = L.sumOverDim(0,a); L = L.sumOverDim(0,12);//sum over dates L = L.sumOverDim(1);// sum over strategies L = L.sumOverDim(2);// sum over metiers L = L.sumOverDim(4);// sum over zones L = L.reduce(); -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Reunion utilisateurs ISIS 6 et 7 décembre 2012 à Nantes
by Stephanie MAHEVAS 11 Oct '12

11 Oct '12

Bonjour à tous je vous rappelle que la prochaine reunion des utilisateurs/developpeurs d'ISIS aura lieu à Nantes les 6 et 7 décembre 2012. La première journée sera consacrée aux présentations (nouveautés, cas d'étude) et la deuxième journée à la programmation java pour l'adaptation ou le développement de nouveaux scripts dans ISIS. Pour s'inscrire : http://poll-o.isis-fish.org/reunion-6-et-7-decembre-2012/ La journée programmation ne sera pas véritablement un TP/formation mais plus une assistance pour lever des difficultés ou des blocages et mettre le pied à l'étrier pour les nouveaux utilisateurs. Il est envisagé d'organiser une formation collective en Java de plusieurs jours avec Code Lutin en 2013. Pour éviter de financer cette formation sur nos budgets de développements, il faudrait la faire inscrire au plan de formation de l'Ifremer. Cela suppose donc que les agents Ifremer intéressés l'affiche comme vœu de formation dès septembre lors de l'entretien individuel . Bonnes vacances ou bon retour Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Re: [Isis-fish-users] calibration / minimisation method
by Eric Chatellier 09 Oct '12

09 Oct '12

Le 19/09/2012 15:39, Fabian ZIMMERMANN a écrit : > Salut Eric, Salut, > > j'ai une demande plus générale: Nous voulons améliorer la calibration de notre > base de donnés, tout d'abord concernant le nombre des variables. Avec le > script courant il est seulement possible d'estimer deux différentes variables > pour tous les groupes de la capturabilité, mais ça ne produit pas vraiment des > bonnes résultats. Donc, l'idée est de trouver une autre optimisation pour > tester ~4 variables. > > Au moment, la proposition pour ça est un downhill simplex method in > multidimensions (Nelder and Mead). Mais je manque la notion de Java pour un > jugement là..c'est pourquoi ma question est: Est-ce que c'est raisonnable ou > est-ce qu'il y a des méthodes optimisation/minimisation qui pourrait marcher > mieux avec Isis ? Heu, la je suis un peu perdu. Je ne maitrise pas la calibration et ses notions mathématiques, il faut mieux poser la question à un matheux ;) > Et est-ce qu'on peut utiliser pour ça l’implémentation existante > http://commons.apache.org/math/api-2.2/org/apache/commons/math/optimization… > ? Ca vient de la librairie commons-math qui est disponible dans IsisFish. Tu peux déjà l'utiliser et la tester: import org.apache.commons.math.optimization.direct.NelderMead; ... NelderMead nelderMead = new NelderMead(|rho, khi, gamma, sigma|); double value = nelderMead.evaluate(x); Par exemple. Après pour déterminer si elle convient ou pas, je ne peux pas te répondre. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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