February 2020 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

MIN TIME BETWEEN TRIP
by Sigrid Lehuta 10 May '22

10 May '22

Bonjour, il semble que "min time between trip" ne soit plus utilisé dans le calcul du nb de marées. Cette equation est dans les sources et je ne sais pas comment y acceder avec le nouveau site. Pouvez vous verifier ? Merci

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ISIS - Système de projection
by Charlotte Sève 08 Mar '21

08 Mar '21

Hello, Est-ce que quelqu'un saurait quel est le système de projection utilisé dans ISIS ? Merci beaucoup ! Ciao Charlotte -- *--* *Charlotte Sève*, PhD Student CRIOBE (USR 3278 CNRS-EPHE-UPVD) Phone: +33 6 21 10 10 16 | Skype: charlotteseve Mail: charlotte.m.seve(a)gmail.com

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Out of memory error; java heap space; GC overhead limit exceeded
by Audric Vigier 08 Sep '20

08 Sep '20

Bonjour, Je fais tourner mes simulations sur une longue durée; 40 ans, au lieu de 10 habituellement. Je les ai fait tourner dans un plan de simulation test (21 simulations, pour 19 en //; je sais c'est pas malin, mais l'idée étant de faire tourner ça la nuit ça allait). Elles ne sont pas allées jusqu'aux 40 ans, mais se sont arrêtées avant, entre 36 et 39 ans ; voir PJ. En regardant dans le debug des simulations, je retrouve 20 fois Java heap space, et une fois GC overhead limit exceeded (voir bas de message pour les 3 différentes erreurs que j'ai trouvées dans le debug) Je travaille avec des simulations utilisant 4 règles, dont 2 produisent des .csv (5.5MB pour le plus lourd). Elles ont besoin de paramètres définis dans le contexte (context.setComputeValue[...]), il y en a des milliers. Je demande à supprimer les résultats après les exports (bien qu'en réalité, le répertoire results/matrix de chaque simulation contient plein de .gz). Je sauvegarde 4 exports : Abondances, AbondancesBeginMonth, CapturesNombre et RejetsNombre. Les 2 derniers sont très lourds et avoisinent les 1GB chacun; contre environ 25 MB pour chaque export d'abondance. Quelles pistes pour éviter d'en demander trop à ISIS? A+ Audric ERROR|17:35:59,883|InProcessSimulatorLauncher.java|476|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded at java.util.Arrays.copyOf(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.AbstractStringBuilder.ensureCapacityInternal(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.AbstractStringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.StringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.StringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at simulators.DefaultSimulatorResultBeforeCondition.computeMonth(DefaultSimulatorResultBeforeCondition.java:450) ~[?:?] at simulators.DefaultSimulatorResultBeforeCondition.simulate(DefaultSimulatorResultBeforeCondition.java:259) ~[?:?] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:430) [isis-fish-4.4.2.2.jar:4.4.2.2] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:260) [isis-fish-4.4.2.2.jar:4.4.2.2] ERROR|17:35:59,914|DriverManagerConnectionProviderImpl.java|332|close|Connection leak detected: there are 3 unclosed connections upon shutting down pool jdbc:h2:file:D:\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_MSYDerivationTest_2019-10-08-13-47_6\data\data;FILE_LOCK=file;LOG=1;AUTO_SERVER=TRUE;DEFAULT_LOCK_TIMEOUT=1000;DB_CLOSE_DELAY=0;LOCK_MODE=3;TRACE_LEVEL_FILE=0;TRACE_LEVEL_SYSTEM_OUT=0 ERROR|17:40:33,132|InProcessSimulatorLauncher.java|476|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.OutOfMemoryError: Java heap space at java.util.Arrays.copyOfRange(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.StringBuffer.toString(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at org.nuiton.math.matrix.BasicMatrix.toString(BasicMatrix.java:380) ~[nuiton-matrix-2.5.2.jar:2.5.2] at org.nuiton.math.matrix.MatrixNDImpl.toString(MatrixNDImpl.java:206) ~[nuiton-matrix-2.5.2.jar:2.5.2] at java.lang.String.valueOf(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.StringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at simulators.DefaultSimulatorResultBeforeCondition.computeMonth(DefaultSimulatorResultBeforeCondition.java:446) ~[?:?] at simulators.DefaultSimulatorResultBeforeCondition.simulate(DefaultSimulatorResultBeforeCondition.java:259) ~[?:?] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:430) [isis-fish-4.4.2.2.jar:4.4.2.2] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:260) [isis-fish-4.4.2.2.jar:4.4.2.2] ERROR|17:40:33,148|DriverManagerConnectionProviderImpl.java|332|close|Connection leak detected: there are 3 unclosed connections upon shutting down pool jdbc:h2:file:D:\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_MSYDerivationTest_2019-10-08-13-47_13\data\data;FILE_LOCK=file;LOG=1;AUTO_SERVER=TRUE;DEFAULT_LOCK_TIMEOUT=1000;DB_CLOSE_DELAY=0;LOCK_MODE=3;TRACE_LEVEL_FILE=0;TRACE_LEVEL_SYSTEM_OUT=0 ERROR|17:35:59,883|InProcessSimulatorLauncher.java|476|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded at java.util.Arrays.copyOf(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.AbstractStringBuilder.ensureCapacityInternal(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.AbstractStringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.StringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at java.lang.StringBuilder.append(Unknown Source) ~[?:1.8.0_211] at simulators.DefaultSimulatorResultBeforeCondition.computeMonth(DefaultSimulatorResultBeforeCondition.java:450) ~[?:?] at simulators.DefaultSimulatorResultBeforeCondition.simulate(DefaultSimulatorResultBeforeCondition.java:259) ~[?:?] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:430) [isis-fish-4.4.2.2.jar:4.4.2.2] at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:260) [isis-fish-4.4.2.2.jar:4.4.2.2] ERROR|17:35:59,914|DriverManagerConnectionProviderImpl.java|332|close|Connection leak detected: there are 3 unclosed connections upon shutting down pool jdbc:h2:file:D:\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_MSYDerivationTest_2019-10-08-13-47_6\data\data;FILE_LOCK=file;LOG=1;AUTO_SERVER=TRUE;DEFAULT_LOCK_TIMEOUT=1000;DB_CLOSE_DELAY=0;LOCK_MODE=3;TRACE_LEVEL_FILE=0;TRACE_LEVEL_SYSTEM_OUT=0

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Probleme simulation
by Charlotte Sève 21 Feb '20

21 Feb '20

Hello, J'essaye de lancer une simulation et je n'arrive pas à comprendre pourquoi ISIS plante après le premier mois de simu... Est-ce que quelqu'un saurait m'aider là-dessus ? Voilà le debug en p-j Merci beaucoup ! Charlotte -- *Charlotte Sève*, PhD Student CRIOBE - USR 3278 (CNRS-EPHE-UPVD) Phone: +33 6 21 10 10 16 Skype: charlotteseve

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dRE: Changement de la carte par défaut
by BACH Adrian 20 Feb '20

20 Feb '20

Bonjour Eric, Merci pour votre réponse, je viens de réussir à les ajouter, le système de projection qui a fonctionné est WGS, et les latitudes et longitudes semblent bien correspondre. Est-ce surprenant? -----Message d'origine----- De : Eric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Envoyé : jeudi 20 février 2020 17:14 À : BACH Adrian <Adrian.BACH(a)seaboost.fr> Cc : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Changement de la carte par défaut Le 20/02/2020 à 16:45, BACH Adrian a écrit : > Bonjour, > > Je suis en train d'essayer de définir la région d'ISIS sur la baie de Toulon, mais la carte par défaut n'est pas assez fine. > J'ai à disposition un shapefile des communes de France et autre du trait de côte (plus fin) de la côte PACA. > J'ai essayé d'ajouter les deux dans ISIS en les projetant au préalable dans le système World Mercator, mais le trait est discontinu et la carte commune ne semble pas apparaître. > Est-ce que ces couches sont suffisantes pour définir terre et mer dans ISIS? Si non, de quel type de fichier ai-je besoin? Je ne connais pas le fonctionnement interne d'un shape file, mais si vous voulez, je peux tester vos fichiers si vous pensez qu'ils devraient fonctionner. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28 ________________________________ Ce message et ses pièces jointes peuvent contenir des informations confidentielles ou privilégiées et ne doivent donc pas être diffusés, exploités ou copiés sans autorisation. Si vous avez reçu ce message par erreur, merci de le signaler à l'expéditeur et le détruire ainsi que les pièces jointes. Les messages électroniques étant susceptibles d'altération, Egis décline toute responsabilité si ce message a été altéré, déformé ou falsifié. Merci. This message and its attachments may contain confidential or privileged information that may be protected by law; they should not be distributed, used or copied without authorisation. If you have received this email in error, please notify the sender and delete this message and its attachments. As emails may be altered, Egis is not liable for messages that have been modified, changed or falsified. Thank you. ________________________________

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Re: [Isis-fish-users] Changement de la carte par défaut
by BACH Adrian 20 Feb '20

20 Feb '20

Bonjour, Je suis en train d'essayer de définir la région d'ISIS sur la baie de Toulon, mais la carte par défaut n'est pas assez fine. J'ai à disposition un shapefile des communes de France et autre du trait de côte (plus fin) de la côte PACA. J'ai essayé d'ajouter les deux dans ISIS en les projetant au préalable dans le système World Mercator, mais le trait est discontinu et la carte commune ne semble pas apparaître. Est-ce que ces couches sont suffisantes pour définir terre et mer dans ISIS? Si non, de quel type de fichier ai-je besoin? Merci, à bientôt! Adrian -----Message d'origine----- De : Isis-fish-users <isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org> De la part de isis-fish-users-request(a)list.isis-fish.org Envoyé : mercredi 12 février 2020 12:00 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Lot Isis-fish-users, Vol 124, Parution 3 Envoyez vos messages pour la liste Isis-fish-users à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Pour vous (dés)abonner par le web, consultez http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users ou, par email, envoyez un message avec 'help' dans le corps ou dans le sujet à isis-fish-users-request(a)list.isis-fish.org Vous pouvez contacter l'administrateur de la liste à l'adresse isis-fish-users-owner(a)list.isis-fish.org Si vous répondez, n'oubliez pas de changer l'objet du message afin qu'il soit plus spécifique que "Re: Contenu du digest de Isis-fish-users..." Thèmes du jour : 1. Re: Finesse du trait de côte ISIS (slehuta) ---------------------------------------------------------------------- Message: 1 Date: Tue, 11 Feb 2020 17:24:11 +0100 From: slehuta <Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr> To: isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Cc: BACH Adrian <Adrian.BACH(a)seaboost.fr> Subject: Re: [Isis-fish-users] Finesse du trait de côte ISIS Message-ID: <313c4c89ba404457a4783778df778418(a)ifremer.fr> Content-Type: text/plain; charset="utf-8" Bonjour Adrian, bienvenu dans la communauté des utilisateurs d'ISIS ! Tu peux ajouter un shape file dans l'interface ("Ajouter une carte" cf capture d'écran) qui se substitue à la carte par défaut. Dans les prochaines versions nous travaillons à la création des zones de maniere automatique à partir de shape files, un peu de patience... N'hésite pas à nous contacter pour obtenir de l'aide dans ton développement de modèle et pour nous exposer le contexte de ton étude (thèse, stage, encadrement, questions, etc). Sigrid Le 2020-02-11 16:55, BACH Adrian a écrit : > Bonjour, > > Je travaille avec l'Ifremer de la Seyne-sur-Mer sur l'effet de l'installation d'équipements de restauration écologique dans les ports sur la population de Sar à l'échelle de la rade de Toulon. Nous voulons utiliser ISIS pour simuler différents scénarios d'équipement des ports. > > C'est ma première approche du logiciel et je viens de définir les limites de la zone d'étude ainsi qu'un maillage temporaire. Je joins au mail une capture d'écran G-earth de la zone d'étude et de l'interface ISIS pour que vous puissiez faire la comparaison. Est-ce possible d'obtenir un trait de côte plus précis ? Ou une échelle plus fine ? > > Ça semble essentiel car les zones de vie du Sar sont côtières et les juvéniles s'installent près des côtes dans les eaux très peu profondes (rarement plus d'un mètre). > > N'hésitez pas à me conseiller des lectures si jamais. > > Merci d'avance, > > Adrian > ------------------------- > Ce message et ses pièces jointes peuvent contenir des informations confidentielles ou privilégiées et ne doivent donc pas être diffusés, exploités ou copiés sans autorisation. Si vous avez reçu ce message par erreur, merci de le signaler à l'expéditeur et le détruire ainsi que les pièces jointes. Les messages électroniques étant susceptibles d'altération, Egis décline toute responsabilité si ce message a été altéré, déformé ou falsifié. Merci. > > This message and its attachments may contain confidential or privileged information that may be protected by law; they should not be distributed, used or copied without authorisation. If you have received this email in error, please notify the sender and delete this message and its attachments. As emails may be altered, Egis is not liable for messages that have been modified, changed or falsified. Thank you. > ------------------------- > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users -------------- section suivante -------------- Une pièce jointe HTML a été nettoyée... URL: <http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/attachments/20200211/bb…> ------------------------------ Subject: Pied de page des remises groupées _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users ------------------------------ Fin de Lot Isis-fish-users, Vol 124, Parution 3 *********************************************** ________________________________ Ce message et ses pièces jointes peuvent contenir des informations confidentielles ou privilégiées et ne doivent donc pas être diffusés, exploités ou copiés sans autorisation. Si vous avez reçu ce message par erreur, merci de le signaler à l'expéditeur et le détruire ainsi que les pièces jointes. Les messages électroniques étant susceptibles d'altération, Egis décline toute responsabilité si ce message a été altéré, déformé ou falsifié. Merci. This message and its attachments may contain confidential or privileged information that may be protected by law; they should not be distributed, used or copied without authorisation. If you have received this email in error, please notify the sender and delete this message and its attachments. As emails may be altered, Egis is not liable for messages that have been modified, changed or falsified. Thank you. ________________________________

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[ANN] - ISIS-Fish 4.4.4.1 released
by Eric Chatellier 20 Feb '20

20 Feb '20

The ISIS-Fish team is pleased to announce the isis-fish-4.4.4.1 release! Simulateur de pêcherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://isis-fish.org Changes ------- Changes in this version includes: Anomalie #10689: Le script isisfish.bat ne fonctionne pas Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: https://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * https://forge.codelutin.com/attachments/download/6058/isis-fish-4.4.4.1-bin… Have fun! -ISIS-Fish team -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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cr.getFecundity() undefined for PopulationGroup
by Charlotte Sève 20 Feb '20

20 Feb '20

Hello, Dans mon équation de reproduction j'essaye de calculer le nombre d'oeufs en fonction de la fécondité et malheureusement je n'arrive pas bien à comprendre d'où vient le problème suivant : The method cr.getFecundity() is undefined for the type PopulationGroup Est-ce que quelqu'un a une idée pour m'orienter sur l'origine du problème ? Merci beaucoup et bonne journée ! Charlotte -- *Charlotte Sève*, PhD Student CRIOBE - USR 3278 (CNRS-EPHE-UPVD) Phone: +33 6 21 10 10 16 Skype: charlotteseve

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Matrice de connectivité
by Charlotte Sève 20 Feb '20

20 Feb '20

Hello, Est-ce que quelqu'un saurait s'il est possible d'appeler la matrice de connectivité dans ISIS en utilisant : "pop.getBean.getFieldPopulationMappingZoneReproZoneRecru" ? Merci beaucoup ! Charlotte

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Finesse du trait de côte ISIS
by BACH Adrian 11 Feb '20

11 Feb '20

Bonjour, Je travaille avec l'Ifremer de la Seyne-sur-Mer sur l'effet de l'installation d'équipements de restauration écologique dans les ports sur la population de Sar à l'échelle de la rade de Toulon. Nous voulons utiliser ISIS pour simuler différents scénarios d'équipement des ports. C'est ma première approche du logiciel et je viens de définir les limites de la zone d'étude ainsi qu'un maillage temporaire. Je joins au mail une capture d'écran G-earth de la zone d'étude et de l'interface ISIS pour que vous puissiez faire la comparaison. Est-ce possible d'obtenir un trait de côte plus précis ? Ou une échelle plus fine ? Ça semble essentiel car les zones de vie du Sar sont côtières et les juvéniles s'installent près des côtes dans les eaux très peu profondes (rarement plus d'un mètre). N'hésitez pas à me conseiller des lectures si jamais. Merci d'avance, Adrian ________________________________ Ce message et ses pièces jointes peuvent contenir des informations confidentielles ou privilégiées et ne doivent donc pas être diffusés, exploités ou copiés sans autorisation. Si vous avez reçu ce message par erreur, merci de le signaler à l'expéditeur et le détruire ainsi que les pièces jointes. Les messages électroniques étant susceptibles d'altération, Egis décline toute responsabilité si ce message a été altéré, déformé ou falsifié. Merci. This message and its attachments may contain confidential or privileged information that may be protected by law; they should not be distributed, used or copied without authorisation. If you have received this email in error, please notify the sender and delete this message and its attachments. As emails may be altered, Egis is not liable for messages that have been modified, changed or falsified. Thank you. ________________________________

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