May 2011 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Rules pour mettre une ogive de trie
by camille de la Vega 07 Jun '11

07 Jun '11

Bonjour, j'ai fais une règle pour pouvoir mettre une ogive de trie pour le calcul des rejets en m'appuyant sur la règle déjà existante "taille min". Je n'arrive pas à indicer la matrice "discard" pour multiplier chaque valeurs correspondant au groupe de taille (à chaque tour de la boucle for) par le double "rejet" qui est également dépendant du groupe d'age. Actuellement, toute la matrice "discard" est multiplié par "rejet". Vous pouvez m'aider pour coder la multiplication ? Merci ! Camille PopulationMonitor popMon = context.getPopulationMonitor(); SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); List<Population> pops = siMatrix.getPopulations(date); for (Population pop : pops) { if (pop.getSpecies().equals(param_species)) { ///if (popMon.getDiscard(date, pop) == null) { MatrixND Catch = popMon.getCatch(pop).copy(); MatrixND discard = popMon.getCatch(pop).copy(); log.info("metier_selectionnes" + metier.getName()); List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup(); for (PopulationGroup group : groups) { log.info("ICI"); double trie = 1/(1+Math.exp(-(group.getLength()-param_Retention_L50)/param_Retention_slope)); log.info("tri" + trie); double rejet = 1-trie; log.info("rejet" + rejet); discard = Catch.mults(rejet); } discard.setName( ResultName.MATRIX_DISCARDS_PER_STR_MET_PER_ZONE_POP); log.info("discard" + discard); popMon.addDiscard(date, pop, discard); } }

3 16

Re: [Isis-fish-users] Pb nombre de dimensions calibration
by Bastien Preuss 01 Jun '11

01 Jun '11

Merci Sigrid! Effectivement mon problème venait de la déclaration du nombre de dimensions de "matrixDebarquement" que je rempli avec les "matrixDebarquement" 1 à 4. Je pensais qu'il fallait conserver la dimension des groupes en indiquant qu'il n'y en avait qu'un seul, mais en fait il faut simplement ne pas prendre en compte cette dimension. Pour info, dans la partie du code en question j'obtiens donc maintenant: /////*** specify dimention of the matrix containning observations (observed landings for instance) /////*** numbers of group/columns : could be equal to your number of classes in ISIS but may also be different if your had only aggregated data //int nbGroup = 10; /////*** enter number of observation per year (if you have observation by quarter put 4) / lines of the observations file int nbTrim = nbYear * 12; /////*** enter the number of metiers int nbMet = 4; int[] dimMatrix2 = { nbTrim }; int[] dimMatrix = {nbTrim, nbMet}; matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix); // Cet objet contiendra les 4 seuivants, donc il a une dimension suplémentaire. matrixDebarquement1 = MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix2); matrixDebarquement2 = MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix2); matrixDebarquement3 = MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix2); matrixDebarquement4 = MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix2); matrixDebarquement1.importCSV(new FileReader(debarquementsObserves1), new int[] {0 }); matrixDebarquement2.importCSV(new FileReader(debarquementsObserves2), new int[] {0 }); matrixDebarquement3.importCSV(new FileReader(debarquementsObserves3), new int[] {0 }); matrixDebarquement4.importCSV(new FileReader(debarquementsObserves4), new int[] {0 }); //db.closeContext(); // Remplissage de la matrice matrixDebarquement avec les 4 matrices de débarquement (une par métier). for( MatrixIterator i=matrixDebarquement.iterator(); i.hasNext();){ i.next(); int [] debarquementsObserves = i.getCoordinates(); if (debarquementsObserves[1] == 0){ i.setValue(matrixDebarquement1.getValue(debarquementsObserves[0])); }else if (debarquementsObserves[1] == 1){ i.setValue(matrixDebarquement2.getValue(debarquementsObserves[0])); }else if (debarquementsObserves[1] == 2){ i.setValue(matrixDebarquement3.getValue(debarquementsObserves[0])); }else if (debarquementsObserves[1] == 3){ i.setValue(matrixDebarquement4.getValue(debarquementsObserves[0])); } } Encore merci. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr Envoyé : mercredi 1 juin 2011 02:31 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Pb nombre de dimensions calibration Hello Bastien, Miam bec de canne... voila des codes java qui donnent faim ! tes sommes sont correctes, c est le nombre de dimensions qui ne va pas, 2 pour L et 3 pour obs. si tu fais : obs = obs.reduce() (ca supprime les dimension d une matrice qui n ont qu'un element) ca va marcher... mais je comprends pas pourquoi tu crees ta matrix d observations matrixDebarquement à trois dimensions si tu as juste strategies et metiers... a mon avis y'a un soucis la dedans. tu charges 4 matrices matrixDebarquement1, 2 à 4 a 2 dimensions [nb trim, group], et tu en crees une avec 3 dimensions matrixDebarquement. Veux tu la remplir avec les 4 matrices ? est-ce ce que ces lignes sont sensées faire ?? : for( MatrixIterator i=matrixDebarquement.iterator(); i.hasNext();){ i.next(); int [] debarquementsObserves = i.getCoordinates(); if (debarquementsObserves[1] == 0){ i.setValue(matrixDebarquement1.getValue(debarquementsObserves[0],debarquemen tsObserves[2])); }else if (debarquementsObserves[1] == 1){ i.setValue(matrixDebarquement2.getValue(debarquementsObserves[0],debarquemen tsObserves[2])); }else if (debarquementsObserves[1] == 2){ i.setValue(matrixDebarquement3.getValue(debarquementsObserves[0],debarquemen tsObserves[2])); }else if (debarquementsObserves[1] == 3){ i.setValue(matrixDebarquement4.getValue(debarquementsObserves[0],debarquemen tsObserves[2])); } Si tu veux m'expliquer on peut corriger ca ensemble. Sinon reduce() va marcher. A+ Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)ird.fr> a écrit : > Bonjour, > > > > Jai une erreur lors de ma calibration (je mets le Debug en pj) : il semble > que la matrice des obs nest pas la même dimension que la matrice L des > valeurs simulées, mais je ne comprend pas pourquoi car je fais bien la somme > sur les dimensions nécessaires. > > Ça semble coincer au niveau du nombre de groupes dont je nai pas le détail > dans mes observations de débarquement. La matrice obs garde cette dimension > mais affiche 1, alors que la matrice L (pour laquelle jai sommé sur les > groupes) naffiche pas cette dimension. > > > > dim de obs [12, 4, 1] > > dim de L [12, 4] > > > > 12 correspond aux mois (que je nai pas sommés), 4 aux métiers sélectionnés > (que je nai pas sommés), et 1 au nombre de classes, qui vaut 1 car les > observations sont données toutes tailles confondues. > > Je mets mon script de calibration en pièce jointe. > > > > Est-ce que quelquun saurait doù vient le problème? > > > > Merci. > > > > Bastien > > > > > > > > > > Bastien Preuss > > Doctorant (PhD Student) > > IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie > > 101 Promenade Roger Laroque > > BP A5 > > 98848 Noumea cedex > > New-Caledonia > > Tel: (+687) 260 723 > > P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce > mail qu'en cas de nécessité > > > > > > _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

2 1

Exclusion de certains métiers pour la calibration
by Bastien Preuss 31 May '11

31 May '11

Bonjour, Je souhaite exclure certains de mes métiers pour réaliser ma calibration. Je calibre espèce par espèce, donc il me faut exclure les métiers qui ne capturent pas lespèce en cours de calibration. La ligne 363 du script de calibration semble permettre de faire cela, mais le problème est comment sélectionner les bons métiers à exclure ?! : /////*** If some strategies, metiers or areas must not be included in the cumulated catches see below else put "//" at the beginning of line 297 and replace "L2" by "L" at line 289 /////*** the strategies or so to exclude must be at the begining or end of the list you enter in the parameters interface /////*** fill the line MatrixND L = L2.getSubMatrix(a,b,c).copy(); as follow : /////*** a = 1 if you want to exclude strategies, 2 if metiers and 4 if areas /////*** b = indice of the first object considered /////*** c = number of object to keep after b, b included //MatrixND L = L2.getSubMatrix(0, 0, 12).copy(); // for instance : keep strategies 2,3,4,5 Dans mon cas jai 8 métiers et je souhaite nen conserver que 4 pour ma calibration sur mon espèce 1. Comment savoir dans quel ordre sont rangés les métiers et quel numéro correspond à quel métier ? De plus il semble quil ne soit possible dexclure que des métiers qui se suivent dans la liste comment faire si les métiers à conserver ne se suivent pas ? Merci de votre aide. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

2 1

Pb nombre de dimensions calibration
by Bastien Preuss 31 May '11

31 May '11

Bonjour, Jai une erreur lors de ma calibration (je mets le Debug en pj) : il semble que la matrice des obs nest pas la même dimension que la matrice L des valeurs simulées, mais je ne comprend pas pourquoi car je fais bien la somme sur les dimensions nécessaires. Ça semble coincer au niveau du nombre de groupes dont je nai pas le détail dans mes observations de débarquement. La matrice obs garde cette dimension mais affiche 1, alors que la matrice L (pour laquelle jai sommé sur les groupes) naffiche pas cette dimension. dim de obs [12, 4, 1] dim de L [12, 4] 12 correspond aux mois (que je nai pas sommés), 4 aux métiers sélectionnés (que je nai pas sommés), et 1 au nombre de classes, qui vaut 1 car les observations sont données toutes tailles confondues. Je mets mon script de calibration en pièce jointe. Est-ce que quelquun saurait doù vient le problème? Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

2 1

rules pour mettre une ogive de trie
by camille de la Vega 31 May '11

31 May '11

Bonjour, j'ai fais une règle pour pouvoir mettre une ogive de trie pour le calcul des rejets en m'appuyant sur la règle déjà existante "taille min". Il y a plusieurs problèmes que je n'arrive pas à résoudre :

1 0

AS plan complet
by Stephanie MAHEVAS 30 May '11

30 May '11

Bonjour je viens de lancer une AS avec un plan complet pour 2 parametres ayant un nbre de modalités différent. et ca plante au moment de l'analyse .... Jean as-tu une idee du pb? merci steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

5 35

TMS version
by Bastien Preuss 30 May '11

30 May '11

Bonjour jai une erreur de TMS version, ça na pas lair dempêcher la simulation mais je narrive pas à résoudre cette erreur : ERROR [pool-2-thread-2] (JDBCExceptionReporter.java:101) logExceptions - Table "TMS_VERSION" not found; SQL statement: select this_.version as version133_0_ from tms_version this_ [42102-128] INFO [pool-2-thread-2] (MigrationServiceImpl.java:253) migrateSchema - Database version not found, so database schema is considered as V0 INFO [pool-2-thread-2] (MigrationServiceImpl.java:256) migrateSchema - Application version : 3.3, database version : 0 Faut-il faire quelque chose de particulier? Merci Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

2 1

taille minimum au debarquement
by Stephanie MAHEVAS 24 May '11

24 May '11

Bonjour il existe une regle TailleMin qui met dans les rejets les captures dont la taille est inférieure à tailleMin avec en plus un parametre de survie. stephanie PS : merci de creer une nouvel instance de mail quand le sujet change (ne pas faire de reply sur un ancien sujet pour un nouveau sujet) car ca permet de revenir dans les archives par sujet. -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

1 0

problème migration
by camille de la Vega 24 May '11

24 May '11

Bonjour, J'ai fais une équation de migration pour que la totalité des poissons des classes de taille 1 à 7 migrent d'une zone de recrutement à une zone de reproduction au deuxième trimestre. Mais ça ne marche pas... Est ce que mon code est correct ? double proportion=0; if(departureZone.getName()=="zone_recrutement_gascogne"&& arrivalZone.getName()=="zone_reproduction_gascogne"){ if (group.getId() == 1) proportion=1; if (group.getId() == 2) proportion=1; if (group.getId() == 3) proportion=1; if (group.getId() == 4) proportion=1; if (group.getId() == 5) proportion=1; if (group.getId() == 6) proportion=1; if (group.getId() == 7) proportion=1; } return proportion; Camille

2 3

Regle de repartition male/femelle
by Jessica Andre 22 May '11

22 May '11

Bonjour, J'ai complété la règle pour la répartition du recrutement entre male et femelle (il n'y avait plus grand-chose a faire après que Stephanie l'ai regardé...). J'ai cependant une dernière erreur a la ligne 170 que je n'arrive pas a debugger (java ne reconnais pas la classe PopulationMonitor) Une suggestion ? Merci d'avance Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

2 4