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Flxsa 2.4 sous R 2.14.2
by Eric Chatellier March 29, 2012

March 29, 2012

Bonjour, J'essaye de reutiliser la regles XSA de paul, mais en utilisant le package FLXSA installé via les packages R. J'utilise R 2.14.2 et FLXSA 2.4. Par contre, la regle ne semble plus fonctionner. Si je tape dans R les commandes qu'execute la regle, voici ce que cela donne: > library(FLXSA) Le chargement a nécessité le package : FLCore Le chargement a nécessité le package : grid Le chargement a nécessité le package : lattice FLCore 2.4 "The Duke of Prawns" --------------------------------------------------------- * Note that FLR packages are under constant development, please report bugs to flr-team(a)flr-project.org. * New documentation can be found in vignetes, run vignette(package="FLCore") to get a list. * For more information go to http:\\flr-project.org or subscribe the mailing list flr-list(a)flr-project.org. --------------------------------------------------------- Attachement du package : FLCore The following object(s) are masked from package:base: cbind, rbind Le chargement a nécessité le package : FLAssess FLXSA 2.4 This package is not maintained anymore. Would YOU like the job? ------------------------------------ > stock<-readFLStock("/home/chatellier/tmp/isis/dbpaul/input/bli567ind.txt") Erreur dans file(file, "r") : impossible d'ouvrir la connexion Le fichier à lire existant bien, voyez vous d'où peut provenir l'erreur ? -- Éric Chatellier

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Résultats d'AS NA
by Bastien Preuss March 14, 2012

March 14, 2012

Si cela peut permettre de détecter quelque chose, je mets mon debug de lAS qui donne des NA dans les résultats dindices de Morris. Y a-t-il des situations où le choix des paramètres de lAS de Morris peuvent entrainer des NA ? Merci davance. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-users] Pas de résultats dans l'AS
by Bastien Preuss March 14, 2012

March 14, 2012

Les deux simu se sont terminées, et j'ai bien des résultats pour les AS correspondantes! Le seul problème qu'il me reste maintenant se sont les AS avec des résultats NA pour les indices. J'ai vérifié, les simu de ces plans ont bien tourné. -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Jean Couteau Envoyé : mercredi 14 mars 2012 20:47 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Pas de résultats dans l'AS -----BEGIN PGP SIGNED MESSAGE----- Hash: SHA1 Le 14/03/2012 10:33, Bastien Preuss a écrit : > Ok, je viens de le faire, et elle s'est lancée. Y aura-t-il alors > les résultats de l'AS à la fin? Normalement oui - -- Jean Couteau - Code Lutin - www.codelutin.com 12 Avenue Jules Verne, 44230 Saint-Sébastien-Sur-Loire Tel : 02.40.50.29.28 - Port : 06.68.07.29.29 -----BEGIN PGP SIGNATURE----- Version: GnuPG v2.0.18 (GNU/Linux) Comment: Using GnuPG with Mozilla - http://enigmail.mozdev.org/ iQEcBAEBAgAGBQJPYGj5AAoJEFOQdnjKiPj3C80H/AraJ1l6lVHxFCMOsXQdr65u JLonom8rwHTASbfpcCQctm/X99hL9pXzRNeuJUwJwyb2vYFBcE+hSLE30+rm2uCf Zf9pyLU8zEh6+eGQ3QsyPaLGpmXukWrFrvNI7v4uPHjBacg//2xZneVq0YuHIOek 7wY8n51LSXSXqWyl+sy3AO8LgbKbth1vI9geTVNmz2BuABEC5aiKl8J9RziGSb+U aRUH5hV1CxgnBVTX+vMXmap397mOg7pJ3Ga3Zl+426I7ABygFkAx8YZOuGiWWXm0 3WZ4lM+aVxoz3fBPpyo2MR/wFHckbLAAGjmz3StHtxMni8cigMCHToD5TMCFv2k= =8X1U -----END PGP SIGNATURE----- _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Re: [Isis-fish-users] Pas de résultats dans l'AS
by Bastien Preuss March 14, 2012

March 14, 2012

Ok, je viens de le faire, et elle s'est lancée. Y aura-t-il alors les résultats de l'AS à la fin? -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : mercredi 14 mars 2012 20:28 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Pas de résultats dans l'AS Le 13/03/2012 22:37, Bastien Preuss a écrit : > > Du coup, je ne comprends pas trop doù vient le problème. > > Je mets le Debug en PJ. > Salut, Voilà l'erreur qui s'est passé : Error occurred during initialization of VM Could not reserve enough space for object heap Could not create the Java virtual machine. La simulation 18 n'a même pas démarrer à cause d'une mémoire insuffisante sur l'ordinateur ? (ce n'est pas simple à diagnostiquer). Si la simulation 18 est toujours là, tu peux essayer de l'arreter et de la relancer dans l'interface des simulations en cours. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Pas de résultats dans l'AS
by Bastien Preuss March 14, 2012

March 14, 2012

Bonjour, Jai toujours un soucis avec les résultats de mes AS. Parfois tout se passe bien, mais régulièrement soit les dossiers de résultats sont vides, soit il y a des NA dans les valeurs dindices (se sont des AS avec Morris). Comme mes plans dexpérience prennent 2 jours, cest assez embêtant de se retrouver avec des résultats vides après autant de temps de simu. Pendant les simu tout semble se passer correctement, elles sont toutes terminées, et je ne vois pas derreur dans le log. Par contre quand je fais « analyse des résultats », ce génére lerreur suivante dans le debug (dans le cas dun résultat vide) : ERROR [AWT-EventQueue-0] (AbstractSensitivityCalculator.java:322) createImportInstruction - An error occured trying to read a result file : C:\Documents and Settings\Administrateur\isis-database-3\simulations\as_Test_Morris_Bec_2a_1s eulMortNat_MigJanv_2012-03-13-16-32_18\resultExports\SensitivityCapturesWeig htY1.csv (Le chemin d'accès spécifié est introuvable) ERROR [AWT-EventQueue-0] (SimulAction.java:1095) runSensitivitySecondPass - Can't call analyse result fr.ifremer.isisfish.simulator.sensitivity.SensitivityException: Can't evaluate results Quand je vais voir se fichier qui correspond à la 18eme simulation du plan, il est effectivement vide contrairement à ceux de simu précédente. De plus, les fichiers dexport des résultats dans le dossiers « sensitivityresults » sont absent et le R.data ne fait apparaitre aucun objet quand je le charge dans R. Du coup, je ne comprends pas trop doù vient le problème. Je mets le Debug en PJ. Merci davanc epour votre aide. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-users] pb affichage fenetre paramètre AS
by Bastien Preuss March 14, 2012

March 14, 2012

Bonjour, Pour le pb daffichage de fenêtre blanche, il sagit bien dune incompatibilité avec Windows 7. Le problème vient du dimensionnement des fenêtres. Ça fonctionne lorsque la fenêtre est petite et ça ne fonctionne pas lorsque la fenêtre est grande. En effet, je ne sais pas pourquoi, mais certaines fenêtres ont une taille qui rentre dans lécran, et dautre (cest le cas pour léquation de repro et les taux de migration) sont plus grandes que lécran. Sous XP ça nest pas très pratique mais on sen sort, alors que sous W7 la fenêtre est blanche. Il suffit parfois de la redimensionner pour faire apparaitre le contenu. Si non une façon plus radicale que jai trouvé est de lancer Isis en mode XP, en faisant clic droit sur le .bat, propriété, compatibilité, exécuter ce programme en mode de compatibilité, et là choisir XP. Voilà Je suis par contre toujours preneur de solutions concernant les résultats vides ou NA dans les AS ! Bonne journée. Bastien De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Bastien Preuss Envoyé : mercredi 14 mars 2012 11:38 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : [Isis-fish-users] pb affichage fenetre paramètre AS Bonjour, Je rencontre un autre problème lors de mes AS. Dans longlet Analyse de sensibilité, lors de la sélection des paramètres et des intervalles de variation, jai un problème daffichage. Pour léquation de reproduction et pour les taux de migration, la fenêtre qui souvre pour choisir le paramètre est vide, tout est blanc ! Je ne peux donc pas intégrer ces paramètres à mes AS Pour les autres paramètres ça fonctionne correctement. Quest ce qui pourrait provoquer ce pb ? Cet ordi est sous W7 32 bits y a-t-il des problèmes de ce genre connus ? Je mets le debug en PJ au cas où, mais je nai rien vu de particulier dedans. Merci de votre aide. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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pb affichage fenetre paramètre AS
by Bastien Preuss March 14, 2012

March 14, 2012

Bonjour, Je rencontre un autre problème lors de mes AS. Dans longlet Analyse de sensibilité, lors de la sélection des paramètres et des intervalles de variation, jai un problème daffichage. Pour léquation de reproduction et pour les taux de migration, la fenêtre qui souvre pour choisir le paramètre est vide, tout est blanc ! Je ne peux donc pas intégrer ces paramètres à mes AS Pour les autres paramètres ça fonctionne correctement. Quest ce qui pourrait provoquer ce pb ? Cet ordi est sous W7 32 bits y a-t-il des problèmes de ce genre connus ? Je mets le debug en PJ au cas où, mais je nai rien vu de particulier dedans. Merci de votre aide. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Pas de résultats dans l'AS
by Bastien Preuss March 13, 2012

March 13, 2012

Toujours pour le même soucis, je viens de remarquer quelque chose détonnant : Après mon AS où les résultats sont vides (mail précédent), jai fermé Isis, puis je lai rouvert, et jai relancé une nouvelle AS, et là apparait en tête de la liste des simulations en cours, la simulation n°18 de mon AS précédente !! Il sagit effectivement de la simu spécifiée dans le message derreur du mail précédent, mais elle apparaissait pourtant comme terminée avant que je ferme Isis. Par contre là elle ne tourne pas, rien nest indiqué dans la colonne « Etat », se sont mes autres simu de la nouvelle AS qui tournent. Là je ne comprends pas très bien pourquoi Isis fait cela ? Ce genre de pb a-t-il déjà été rencontré ? Y a-t-il des raisons a priori ? Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-users] pb 32-64 bits
by Bastien Preuss March 12, 2012

March 12, 2012

C'est bon ça fonctionne !! Merci. -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : lundi 12 mars 2012 23:41 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] pb 32-64 bits Le 12/03/2012 13:37, bastien preuss a écrit : > Effectivement, > > Du coup je remets comme avant ?: > > "C:\Progam Files(x86)\R\R-2.9.2\bin" Oui. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Pas de résultat dans le .Rdata
by Bastien Preuss March 12, 2012

March 12, 2012

Bonjour, jai un autre problème, lorsque que je fais une AS sur lune de mes espèces, les simu tournent, mais après, mes résultats sont vides rien dans le R.data et pas de fichiers .csv dans le dossier de la simu. Jai vérifié, et jai bien sélectionné les exports dans la fenêtre dAS. Jai fait une AS avec une autre espèce et tout a fonctionné correctement, et dans le débug, je ne vois pas doù vient lerreur. Je mets le debug en pièce jointe. Merci davance. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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