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Re: [Isis-fish-users] Pb à la vérif de la région
by Bastien Preuss Feb. 21, 2011

Feb. 21, 2011

Salut Eric, J'ai corrigé le pb de migration indiqué dans le warn, mais la vérif coince toujours. Je mets en PJ le Debug. Vois-tu quelques chose d'autre? Merci. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric Chatellier Envoyé : lundi 7 février 2011 20:01 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Pb à la vérif de la région Le 06/02/2011 08:30, Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour, > > Jai modifié quelques paramètres de ma région, jai voulu vérifier lensemble, > mais jobtiens un message derreur quand je demande la vérification de la région. > > Quelquun saurait-il pourquoi ça plante lors de cette manip ? > > Je mets le message derreur à la suite et le Debug en PJ. > Il doit tenté d'initialiser une matrix de migration avec les semantiques groupe de population et zones, mais au moins une de ces deux semantiques semble etre null. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Pb à la vérif de la région
by Bastien Preuss Feb. 7, 2011

Feb. 7, 2011

Bonjour, Jai modifié quelques paramètres de ma région, jai voulu vérifier lensemble, mais jobtiens un message derreur quand je demande la vérification de la région. Quelquun saurait-il pourquoi ça plante lors de cette manip ? Je mets le message derreur à la suite et le Debug en PJ. Merci. Bastien Erreur Message: java.lang.NullPointerException Level: SEVERE Stack Trace: null java.util.ArrayList.<init>(Unknown Source) org.nuiton.math.matrix.SemanticList.<init>(SemanticList.java:46) org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.setSemantic(AbstractMatrixND.java:21 3) org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.<init>(AbstractMatrixND.java:120) org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.<init>(AbstractMatrixND.java:140) org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.<init>(AbstractMatrixND.java:146) org.nuiton.math.matrix.MatrixNDImpl.<init>(MatrixNDImpl.java:70) org.nuiton.math.matrix.MatrixFactory.create(MatrixFactory.java:129) fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationSeasonInfoImpl.getMigrationMatrix(Pop ulationSeasonInfoImpl.java:115) fr.ifremer.isisfish.ui.input.check.CheckRegion.check(CheckRegion.java:205) fr.ifremer.isisfish.ui.input.check.CheckRegion.check(CheckRegion.java:344) fr.ifremer.isisfish.ui.input.check.CheckRegion.check(CheckRegion.java:244) fr.ifremer.isisfish.ui.input.check.CheckRegion.check(CheckRegion.java:383) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputAction.checkFisheryRegion(InputAction.java :1307) fr.ifremer.isisfish.ui.input.FisheryRegionUI.check(FisheryRegionUI.java:147) fr.ifremer.isisfish.ui.input.FisheryRegionUI.doActionPerformed__on__check(Fi sheryRegionUI.java:353) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) jaxx.runtime.Util$1.invoke(Util.java:144) $Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Acces aux archives de la liste
by Jessica Andre Feb. 2, 2011

Feb. 2, 2011

Bonjour, J'essaye depuis hier d'accéder aux archives de la liste pour voir si elles contiennent des solutions a mes problèmes mais sans succès (« La ressource demandée (/pipermail/isis-fish-users/) n'est pas disponible »).... Le problème est-il sur le site ou de mon côté ?! Merci ! Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow (Wild Fisheries Program) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) Marine Research Laboratories, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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erreur sur la zone de MPA (speciale dedicace Benoit...)
by Sigrid.Lehuta＠ifremer.fr Jan. 25, 2011

Jan. 25, 2011

Re-salut, on a eu un bug lors de l utilisation d un cantonnement qui m a rappelé une erreur que Benoit a eue : Là la zone de cantonnement est "Recru" (mais ca bug seulement pour certaines zones !) Quelle etait la cause ? Merci java.util.NoSuchElementException: L'objet passé en argument n'a pas été retrouvé ou la dimension donnée ne convient pas:ZoneCantonnement-Espagnols-3 in [SenneBreton, port, Rochebonne, LandesCote, LandesLarge, senne basque, gironde, Recru, MigHiver, SudGolfe, close, SenneEspagnol, cote_espagnole] at org.nuiton.math.matrix.MatrixHelper.indexOf(MatrixHelper.java:234) at org.nuiton.math.matrix.MatrixHelper.semanticsToDimension(MatrixHelper.java:208) at org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.setValue(AbstractMatrixND.java:380) at org.nuiton.math.matrix.AbstractMatrixND.setValue(AbstractMatrixND.java:392) at scripts.SiMatrix.aw$original$_AW_$getMetierZone$_AW_$scripts_SiMatrix(SiMatrix.java:217) at scripts.SiMatrix_1__791780215_1169520244___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.aspect.Cache.realCall(Cache.java:148) at fr.ifremer.isisfish.aspect.Cache.call(Cache.java:123) at scripts.SiMatrix_1__791780215_1169520244___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at scripts.SiMatrix_1__791780215_1169520244___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at scripts.SiMatrix.getMetierZone(SiMatrix.java) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:212) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:392) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:259)

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migration des librairies V3.3.0.5
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr Jan. 24, 2011

Jan. 24, 2011

Salut, on vient d installer isis V 3.3.0.5 sur un nouvel ordi et il ne fait pas la migration en nuiton. Avec la V3.3.0.4 la migration se faisait et on est pas sures que ca ait deja marché avec la V3.3.0.5... Tu peux regarder ca ? Merci Sigrid et Steph

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Configuration de IsisFish et R sous linux
by Eric Chatellier Jan. 20, 2011

Jan. 20, 2011

Bonjour, Voici un petit guide pour configurer correctement IsisFish sous linux. Architecture ------------ Java, R et IsisFish doivent être lancé dans la même architecture. Pour java, la commande 'java -version' doit renseigner : 'Java HotSpot(TM) 64-Bit Server VM' R est généralement de la même architecture que la distribution linux $ uname -m x86_64 Et R est généralement installé dans /usr/lib64/R Pour IsisFish, il faut utiliser le script de lancement "isisfish.sh" ou "isisfish64.sh" (depuis la version 3.3.0.7) Configuration ------------- La variable de configuration R_HOME doit être configurer sur l'emplacement d'installation de R pour que IsisFish la connaisse. Pour vérifier si la variable existe : $ echo $R_HOME /usr/lib64/R Si cette commande n'affiche rien, il est possible de configurer cette variable dans le fichier .cshrc (ou .bashrc) la ligne suivante : export R_HOME=/usr/lib64/R Apres avoir relancer votre terminal, la commande 'echo $R_HOME' devrait afficher cette valeur. Lancement --------- Ensuite il suffit de lancer IsisFish et de vérifier que les analyses de sensibilités fonctionnent. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Isis-Fish 3.3.0.7 est disponible
by Eric Chatellier Jan. 20, 2011

Jan. 20, 2011

Bonjour, Une nouvelle version d'Isis-Fish est disponible au téléchargement à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Changements : * ajout des scripts de lancement pour la version 64bits Note: * les fichier go.bat et go.sh ont été renommés en isisfish.bat et isisfish.sh pour le version normale et isisfish64.bat et isisfish64.sh pour la version 64bits * attention a n'utiliser la version 64bits que si java et R sont également en 64bits Le changelog complet est disponible à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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As avec Isis sous linux
by Stephanie MAHEVAS Jan. 18, 2011

Jan. 18, 2011

Bonjour quels sont les parametres de config sous linux pour utiliser R avec ISIS? merci stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Isis-Fish 3.3.0.6 est disponible
by Eric Chatellier Dec. 17, 2010

Dec. 17, 2010

Bonjour, Une nouvelle version d'Isis-Fish est disponible au téléchargement à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Corrections : * erreur lors de l'utilisation de plusieurs règles cantonnement dans la même simulation * échec des simulations sur Caparmor si le nom contient un caractère spécial (+) * diverses corrections Le changelog complet est disponible à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-users] Equation null
by Eric Chatellier Dec. 17, 2010

Dec. 17, 2010

Le 17/12/2010 11:25, Bastien a écrit : > Voici une simu. > > Par contre attention, il y avait déjà le problème de l?équation null dans > les paramètres sélectionnés pour l?AS. Il me semble que la modification de certains facteur n'était pas possible dans un premier temps à l'origine. J'avais amélioré la chose mais la modification reste encore compliqué et la fonctionnalité a besoin d'être revue. J'aurais plus de temps en début d'année prochaine pour retravailler sur Isis et corriger cela. En attendant, la modification des facteurs équation n'est pas possible mais le facteur est néanmoins correct. J'ai vérifié dans les AS de stéphanie, à l'édition il sont également null, mais les AS tournent correctement. Donc dans l'immédiat, pour recréer un facteur, le plus simple et de le recréer. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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