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Fwd: error 143 : ISIS jobs killed because wall time is reached ?
by Loic.Gasche＠ifremer.fr Feb. 28, 2014

Feb. 28, 2014

Bonjour, Voici plusieurs jours que j'essaye de joindre Tina au sujet d'un job que essayons de lancer sur caparmor. C'est une analyse de sensibilité de grande taille lancée avec le simulateur ISIS-Fish, qui nécessiterait un nombre important de coeurs. Nous avons dernièrement fait évoluer le modèle afin d'écrire un minimum d'informations, et de préférence dans la ram, afin de limiter les accès disques pour gagner du temps de simulation. J'ai procédé la semaine dernière à des tests de ce modèle sur caparmor en faisant tourner de petites analyses de sensibilité. Tout s'est bien déroulé avec des temps de simulation qui sont passés sous la barre des 3 heures pour une simulation. J'ai donc lancé la grosse AS que nous souhaitions réaliser jeudi soir, en faisant un mail à Tina pour le lui indiquer afin que nous puissions regarder le lendemain si tout tournait correctement et éventuellement allouer plus de coeurs à ce job pour le weekend. Il m'a semblé vendredi que les simulations ne tournaient pas correctement et étaient tuées par caparmor car elles n'étaient pas terminées au bout de 3 heures. Ces simulations sont pourtant plus simples que celles testées avant, et qui tournaient en moins de 3 heures. N'étant pas un grand expert de caparmor je cherchais à obtenir des informations sur ce qui a pu se passer : - les simus ont-elles bien été tuées en raison de leur durée > à 3 heures (nous utilisons la queue isisfish, par le passé Tina avait augmenté le temps max par simu à 5 heures mais l'avait baissé à 3 dernièrement je crois) ? - nous avons normalement drastiquement réduit les écritures sur le disque, pourtant notre temps de simulation n'a que peu diminué (on espérait descendre largement en dessous de 3 heures), serait-il possible de savoir d'où vient l'essentiel des temps de simulation et si beaucoup d'accès disques ont encore lieu ? - est-il possible qu'une même simulation prenne plus de temps pour tourner quand elle appartient à un job de grande taille plutôt qu'à un job contenant uniquement quelques simulations ? Caparmor a-t-il sa propre manière de calculer les temps de simulation ? - ces temps de simulation élevés peuvent-ils être expliqués par une surcharge de caparmor à ce moment là ? - Dans l'hypothèse où ces soucis sont causés par caparmor et non par le modèle et qu'il faut effectivement 3 à 4 heures pour faire une simulation, serait-il possible d'augmenter le temps alloué à chaque simulation d'une heure ? Cordialement. Loïc Gasche ----- Message transféré de Loic.Gasche(a)ifremer.fr ----- Date : Fri, 21 Feb 2014 17:46:01 +0100 De : Loic GASCHE <Loic.Gasche(a)ifremer.fr> Objet : error 143 : ISIS jobs killed because wall time is reached ? À : ODAKA <Tina.Odaka(a)ifremer.fr> Hi Tina, I thought that my simulations were running well but could not check in ISIS because the interface had crashed. However I did a pbs-report and it appears that all my simulations have exited with code 143. I think this means that they have been killed ? It seems that the wall time for my simulations is over 10800, is it the reason why they were killed (if they were) ? I ran tests on caparmor with similar parameters before running my big SA and everything ran well, and in less than three hours. I may even have less rules than in my tests so simulation time should be even lower. Besides we are writing files in the ram and keep only the 13 last timeSteps, which should help reduce time too. Do you see any reason why we could have reached the maximum time for this SA and not for the others ? Loïc ----- Fin du message transféré -----

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PB de lancement de l'interface ISIS
by Loic GASCHE Feb. 25, 2014

Feb. 25, 2014

Bonjour, J'ai lancé une grosse AS sur caparmor, en allant voir sur caparmor les jobs avaient l'air de tourner correctement mais dans l'interface ISIS aucune des simus de l'AS n'apparaissait comme terminée. De plus aucune simu n'est téléchargée en local. Croyant a un nouveau plantage de l'interface j'ai voulu relancer ISIS. Au lancement l’icône ISIS avec la petite ampoule apparait bien dans la barre de tache, mais l'interface ne se lance pas et j'ai un message d'erreur (en PJ). Même en redémarrant le serveur j'ai toujours ce message. De plus même si j'ai l’icône ISIS aucune simu ne se télécharge depuis caparmor. Résultat je n'arrive même pas à savoir si mes simus ont tourné correctement jusqu'ici. Je ne suis pas hyper optimiste car sur caparmor je n'ai pas de fichiers .csv dans les exports de sensibilité, mais ce serait mieux d'être fixé rapidement. Une idée de la cause de ce problème ? Loïc

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effectifs negatifs après migration
by Sigrid Lehuta Feb. 19, 2014

Feb. 19, 2014

les effectifs d'une de mes zones de départ se retrouvent négatifs après migration alors que la somme des coefficients est 1 et qu'elle devrait donc etre vide (à 0). Est ce que ca peut venir d'arrondis ? ou ai-je fait une erreur dans mon equation? la voici: int y = context.getSimulationControl().getStep().getYear(); if(y == 0){ if(group.getAge() > 2 && "30F1".equals(arrivalZone.getName())){ return 0.3; }else if(group.getAge() > 2 && "30F0".equals(arrivalZone.getName())){ return 0.41; }else if(group.getAge() > 2 && "29F1".equals(arrivalZone.getName())){ return 0.13; }else if(group.getAge() > 2 && "28F0".equals(arrivalZone.getName())){ return 0.06; }else if(group.getAge() > 2 && "28E8".equals(arrivalZone.getName())){ return 0.02; }else if(group.getAge() > 2 && "28E9".equals(arrivalZone.getName())){ return 0.02; }else if(group.getAge() > 2 && "29E9".equals(arrivalZone.getName())){ return 0.02; }else if(group.getAge() > 2 && "29F0".equals(arrivalZone.getName())){ return 0.02; }else if(group.getAge() > 2 && "27E9".equals(arrivalZone.getName())){ return 0.02; }else return 0; }else if(y == 1){... etc la zone en négatif est Sole_nurs, elle ne recoit aucun poisson lors de la migration mais se vide. Merci!

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Téléchargement des simus depuis caparmor ?
by Loic GASCHE Feb. 6, 2014

Feb. 6, 2014

Bonjour, J'ai actuellement une AS entrain de tourner sur caparmor. La bonne nouvelle est que Tina lui a alloué 47 coeurs, donc elle est déjà presque terminée. La mauvaise nouvelle est qu'un grand nombre de simulations n'ont pas été téléchargées : elles sont bien à décembre 11 mais ne sont pas passées dans la liste des simus terminées dans l'interface ISIS et leur dossier est vide sur le disque. Peut-on savoir d'où vient le problème (c'est susceptible d'apparaitre dans le debug ?) ? Est-ce que le fait de virer le results.mapped, qui à lui seul doit faire 99% de al taille de chaque simu ne réduirait pas les chances de pb au téléchargement ? Un point plus embêtant est que j'ai 12 simulations en plein milieu de mon AS qui ont planté pendant l'année 1... Loïc

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erreur migration base V3 en V4
by Sigrid Lehuta Jan. 29, 2014

Jan. 29, 2014

Erreur Message: java.lang.RuntimeException: java.lang.reflect.InvocationTargetException Level: SEVERE Stack Trace: java.lang.reflect.InvocationTargetException jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:264) com.sun.proxy.$Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.doClick(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicMenuItemUI.doClick(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicMenuItemUI$Handler.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.EventQueue.access$200(Unknown Source) java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) null sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) com.sun.proxy.$Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.doClick(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicMenuItemUI.doClick(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicMenuItemUI$Handler.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.EventQueue.access$200(Unknown Source) java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Impossible d'importer la région fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importRegion(InputHandler.java:283) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.doActionPerformed__on__$JMenuItem0(InputUI.java:234) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) com.sun.proxy.$Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.doClick(Unknown Source) 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java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Can't import file F:\work\PapierIIFET\RegionGolfeGascognePelagique300710.zip fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importAndRenameZip(RegionStorage.java:458) fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importZip(RegionStorage.java:407) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importRegion(InputHandler.java:277) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.doActionPerformed__on__$JMenuItem0(InputUI.java:234) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) com.sun.proxy.$Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.doClick(Unknown Source) 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java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) topia.persistence.error.on.restore org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.restore(TopiaContextImpl.java:1372) fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importAndRenameZip(RegionStorage.java:435) fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importZip(RegionStorage.java:407) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importRegion(InputHandler.java:277) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.doActionPerformed__on__$JMenuItem0(InputUI.java:234) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) jaxx.runtime.JAXXUtil$1.invoke(JAXXUtil.java:257) com.sun.proxy.$Proxy4.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton.doClick(Unknown Source) 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org.hibernate.exception.JDBCExceptionHelper.convert(JDBCExceptionHelper.java:66) org.hibernate.engine.query.NativeSQLQueryPlan.performExecuteUpdate(NativeSQLQueryPlan.java:219) org.hibernate.impl.SessionImpl.executeNativeUpdate(SessionImpl.java:1310) org.hibernate.impl.SQLQueryImpl.executeUpdate(SQLQueryImpl.java:396) org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.restore(TopiaContextImpl.java:1367) fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importAndRenameZip(RegionStorage.java:435) fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importZip(RegionStorage.java:407) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importRegion(InputHandler.java:277) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.doActionPerformed__on__$JMenuItem0(InputUI.java:234) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) 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java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.EventQueue.access$200(Unknown Source) java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$3.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) java.awt.EventQueue$4.run(Unknown Source) java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method) java.security.ProtectionDomain$1.doIntersectionPrivilege(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Table "ACTIVERULE" already exists; SQL statement: CREATE CACHED TABLE PUBLIC.ACTIVERULE( TOPIAID VARCHAR(255) NOT NULL, TOPIAVERSION BIGINT NOT NULL, TOPIACREATEDATE DATE, ACTIVERULEDATE INTEGER, NAME LONGVARCHAR, PARAM LONGVARCHAR ) [42101-166] org.h2.message.DbException.getJdbcSQLException(DbException.java:329) org.h2.message.DbException.get(DbException.java:169) org.h2.message.DbException.get(DbException.java:146) org.h2.command.ddl.CreateTable.update(CreateTable.java:108) org.h2.command.dml.RunScriptCommand.execute(RunScriptCommand.java:66) org.h2.command.dml.RunScriptCommand.update(RunScriptCommand.java:45) org.h2.command.CommandContainer.update(CommandContainer.java:73) org.h2.command.Command.executeUpdate(Command.java:226) org.h2.jdbc.JdbcPreparedStatement.executeUpdateInternal(JdbcPreparedStatement.java:143) org.h2.jdbc.JdbcPreparedStatement.executeUpdate(JdbcPreparedStatement.java:129) org.hibernate.engine.query.NativeSQLQueryPlan.performExecuteUpdate(NativeSQLQueryPlan.java:210) org.hibernate.impl.SessionImpl.executeNativeUpdate(SessionImpl.java:1310) org.hibernate.impl.SQLQueryImpl.executeUpdate(SQLQueryImpl.java:396) org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.restore(TopiaContextImpl.java:1367) fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importAndRenameZip(RegionStorage.java:435) fr.ifremer.isisfish.datastore.RegionStorage.importZip(RegionStorage.java:407) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputHandler.importRegion(InputHandler.java:277) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputUI.doActionPerformed__on__$JMenuItem0(InputUI.java:234) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke0(Native Method) sun.reflect.NativeMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) 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Re: [Isis-fish-users] [ISIS-Fish - Anomalie #4263] (Nouveau) can't find export non demandé...
by Stephanie MAHEVAS Jan. 29, 2014

Jan. 29, 2014

pourquoi cherche t-il un export de sensitivity dans les exports??? Le 29/01/2014 11:03, admin(a)forge.codelutin.com a écrit : > La demande #4263 a été soumise par Sigrid Lehuta. > > ---------------------------------------- > Anomalie #4263: can't find export non demandé... > http://forge.codelutin.com/issues/4263 > > * Auteur: Sigrid Lehuta > * Statut: Nouveau > * Priorité: Urgent > * Assigné à: > * Catégorie: > * Version cible: > ---------------------------------------- > je relance de vieilles simu de steph qui tournent sans AS et la simu ne se lance pas avec ce message > > C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\exports\SensitivityBiomassRelativeY6.java (Le fichier spécifié est introuvable) > > or cet export n est pas necessaire... > > > > ---Fichiers----------------------------- > debug.txt (472,604 ko) > > -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Pb GC
by Stephanie MAHEVAS Jan. 29, 2014

Jan. 29, 2014

une simu avec une vieille bonne petite base golfe de gascogne (1 seule pop en age!) qui plante pratiquement à la fin avec un pb de memoire ... voici la fin du debug INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus>Exception in thread "SimThread sim_V4_ReferenceGdGLAng_EC2010_SSregle_10ans_2014-01-29-09-13" fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationException: Out of memory try with more memory (option -mx) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:433) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:265) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus>Caused by: java.lang.OutOfMemoryError: GC overhead limit exceeded INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at java.nio.ByteBuffer.allocate(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at sun.nio.cs.StreamDecoder.<init>(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at sun.nio.cs.StreamDecoder.<init>(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at sun.nio.cs.StreamDecoder.forInputStreamReader(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at java.io.InputStreamReader.<init>(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at org.nuiton.util.FileUtil.getReader(FileUtil.java:441) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at org.nuiton.util.FileUtil.getReader(FileUtil.java:426) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at org.nuiton.util.FileUtil.readAsString(FileUtil.java:546) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.util.EvaluatorHelper.evaluate(EvaluatorHelper.java:148) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl.evaluate(EquationImpl.java:85) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl.evaluate(EquationImpl.java:113) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at sun.reflect.GeneratedMethodAccessor16.invoke(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at sun.reflect.DelegatingMethodAccessorImpl.invoke(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at java.lang.reflect.Method.invoke(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at org.hibernate.proxy.pojo.javassist.JavassistLazyInitializer.invoke(JavassistLazyInitializer.java:197) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.entities.EquationImpl_$$_javassist_19.evaluate(EquationImpl_$$_javassist_19.java) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationGroupImpl.getPrice(PopulationGroupImpl.java:146) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at scripts.GravityModel.aw$original$_AW_$grossValueOfLandingsPerSpeciesPerStrategyMet$_AW_$scripts_GravityModel(GravityModel.java:513) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at scripts.GravityModel_1_829486577_1802245991___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.realCall(Cache.java:204) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.get(Cache.java:129) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:82) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at scripts.GravityModel_1_829486577_1802245991___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at scripts.GravityModel_1_829486577_1802245991___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at scripts.GravityModel.grossValueOfLandingsPerSpeciesPerStrategyMet(GravityModel.java) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at scripts.GravityModel.aw$original$_AW_$grossValueOfLandingsPerStrategyMet$_AW_$scripts_GravityModel(GravityModel.java:606) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at scripts.GravityModel_1__1700666475_300087170___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.realCall(Cache.java:204) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.util.Cache.get(Cache.java:129) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at fr.ifremer.isisfish.aspect.CacheAspect.call(CacheAspect.java:82) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at scripts.GravityModel_1__1700666475_300087170___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> at scripts.GravityModel_1__1700666475_300087170___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) INFO [Thread-14] (SubProcessSimulationLauncher.java:305) run - dans un sous processus> INFO [main] (DataStorage.java:209) getStorage - Create new storage for sim_V4_ReferenceGdGLAng_EC2010_SSregle_10ans_2014-01-29-09-13 INFO [pool-2-thread-1] (SubProcessSimulationLauncher.java:254) subProcessSimulate - SubProcess finished (status = 0) INFO [pool-2-thread-1] (SimulationStorage.java:525) getSimulation - Try to open simulation sim_V4_ReferenceGdGLAng_EC2010_SSregle_10ans_2014-01-29-09-13(E:\ISISFish\isis-fish-4\isis-database\simulations\sim_V4_ReferenceGdGLAng_EC2010_SSregle_10ans_2014-01-29-09-13) INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:202) setText - Add economics results INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:478) waitAndCheckProgression - Job sim_V4_ReferenceGdGLAng_EC2010_SSregle_10ans_2014-01-29-09-13 finished INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:591) doPostSimulationOperation - Do post simulation operation for sim_V4_ReferenceGdGLAng_EC2010_SSregle_10ans_2014-01-29-09-13 INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:409) simulationStop - Saving simulation sim_V4_ReferenceGdGLAng_EC2010_SSregle_10ans_2014-01-29-09-13 as stopped merci Stephanie ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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test
by Stephanie MAHEVAS Jan. 29, 2014

Jan. 29, 2014

-- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Journées ISIS-Fish : c'est NOS journées ! ;-)
by Sigrid Lehuta Jan. 24, 2014

Jan. 24, 2014

Hello, Pour vous rappeler que ces journées, c'est l'occasion de faire remonter les questions, problèmes et demandes en live et d'obtenir des explications sur ce que vous voulez. Alors n'hésitez pas à préparer vos listes de doléances, on sera là pour ça ! A jeudi !

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Fwd: state of your simulation on caparmor,
by Loic GASCHE Jan. 23, 2014

Jan. 23, 2014

Bonjour, Voici de quoi peut-être alimenter la réunion ISIS de demain matin : - désormais on arrive bien à faire tourner les simus sur un unique coeur à la fois. - par contre on utilise toujours plus de mémoire que prévu par nos options. - il semblerait que certaines simulations restent sur le disque de caparmor alors qu'elles sont terminées. Il est possible que cela corresponde à certaines simus qui à priori sont terminées mais pour lesquelles je n'ai aucun résultat téléchargé. La question est pourquoi elles n'ont pas été téléchargées, et comment les télécharger facilement (bout de script de Sigrid ?) ? Loïc -------- Message original -------- Sujet: state of your simulation on caparmor, Date : Thu, 23 Jan 2014 14:47:58 +0100 De : Tina ODAKA <Tina.Odaka(a)ifremer.fr> Organisation : IFREMER Pour : GASCHE <Loic.Gasche(a)ifremer.fr> hi loic, i was checking how your job is running since 13th of jan until now; each of your job take max 2.5 hours. your cpu time does not exeed your wall time. (i.e. you do not use more than 1 core anymore) before 13th of Jan, it used always more than 2 cores, but it never use more than one core anymore. Did code-lutin changed java version installed at /home3/caparmor/poussin/jdk7/bin/java ?? or changed any option for submitting the script?? or is it because of difference in configuration of your job?? max memory (ram) you used is about 5.1G. thus option of java ' -Xmx2000M' is not working at all. for each simulation, /home1/caparmor/lgasche/isis-tmp/simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_xxx-output.txt goes up max 268M. zip file is max 37M. so even we add some margin, each simulation takes max 400M. i.e. although you run 100 job at a time, it take max 40G of quota, if just after each job is finished, output file get transferred, and cleans up the output file and zip file. -----pb i see with 'disk'----- even though calculation finishes, result are not yet cleand (probably not transfferd to loic's PC) .zip which still stays at caparmor is at /home1/caparmor/lgasche/isis-tmp/*.zip each zip file have .output and .zip.md5 together, thus it make huge disk space. i list the files which stays although the job itself got finished, tina service7>20% pwd /home1/caparmor/lgasche/isis-tmp service7>21% ls simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_*-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_104-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_228-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_109-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_231-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_114-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_234-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_12-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_236-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_125-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_239-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_127-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_24-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_134-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_240-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_138-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_243-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_147-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_254-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_152-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_259-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_155-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_26-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_158-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_260-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_160-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_261-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_163-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_266-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_164-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_278-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_171-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_281-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_181-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_284-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_183-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_288-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_187-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_289-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_189-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_39-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_190-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_41-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_192-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_42-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_194-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_50-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_196-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_54-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_20-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_59-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_200-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_65-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_207-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_69-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_209-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_70-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_212-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_75-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_213-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_77-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_214-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_84-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_215-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_95-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_22-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_96-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_220-result.zip simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_97-result.zip service7>22% ls simulation-as_7DV11_toutesPop_avecPeche_toutesRegle_sansCantonnements_Parallel8_2014-01-13-11-46_*-result.zip |wc -l 68 -- =================================================== Tina Odaka RIC - IDM - IMN - IFREMER Pôle de Calcul Intensif pour la Mer (PCIM) Tel: +33 (0)2 98 22 41 85 Fax: +33 (0)2 98 22 45 46 email: 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