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Aide demandée : Immigration / Emmigration
by Sigrid Lehuta Dec. 14, 2017

Dec. 14, 2017

Bonjour, J'ai une population complexe nécessitant l'utilisation des matrices d'immigration et Emmigration que je n'ai jamais utilisées. Il s'agit de 3 populations qui s'échangent des juvéniles : En fonction de la zone ou se trouve un juvenile d'une pop lorsqu'il devient mature, il reste dans sa pop ou il rejoint une autre pop. Et ce pour mes 3 populations. Il s'agit donc de faire immigrer vers chaque pop un nombre de juvenile egal au nombre de juveniles des autres pops présents dans leur zone d'influence. Puis de faire emigrer de chaque pop, les juveniles n'étant pas dans la zone d influence de la pop. Question 1 : Je dois pouvoir récuperer les abondances d une autre pop ds ces equations depuis le context ? context.getSimulationStorage <http://www.isis-fish.org/apidocs/fr/ifremer/isisfish/simulator/SimulationCo…> ().getResultStorage().getMatrix <http://www.isis-fish.org/apidocs/fr/ifremer/isisfish/datastore/ResultStorag…> (TimeStep <http://www.isis-fish.org/apidocs/fr/ifremer/isisfish/types/TimeStep.html> step, Population <http://www.isis-fish.org/apidocs/fr/ifremer/isisfish/entities/Population.ht…> pop, ABUNDANCE) et les objets pop autres que la mienne context.getSimulationStorage().getParameter().getPopulations(); C'est ça ? Par contre ISIS réalise l'emmigration AVANT l'immigration. Donc je vais vider mes matrices N avant de recuperer les nombres de juveniles necessaires pour l immigration. Question 2) : J'envisage 3 solutions : 1) Changer le simulateur pour faire l'immigration avant l immigration. Grosses consequences ?? j imagine qu il y avait un raisonnement derriere cet ordre. 2) reccuperer dans le contexte la matrice N du pas de temps precedent qui n est pas modifiée et sur laquelle se sont appliqués les mortalités ? C'est possible ca ? 3) trouver un moyen de stoquer les nombres qqpart ??? un peu crade mais faisable ??? Qu'est ce qui vous parait le plus robuste et faisable ? Merci. Sigrid

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Equation de recrutement ISIS 4.4.1.0-rc-1
by Audric Vigier Dec. 14, 2017

Dec. 14, 2017

Bonjour, Je souhaite utiliser une équation de recrutement seule pour décrire la distribution spatio-temporelle du recrutement pour plusieurs années. Le problème est multiple : -bien que l'équation de recrutement compile, ISIS-Fish ne l'utilise pas. Dans le debug, je retrouve une erreur fatale : 2017-05-26 16:22:05,124 INFO [Thread-12] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>2017-05-26 16:22:05,121 FATAL [SimThread sim_simuGdGCalib2010NoAlgo_2017-05-26-16-19] (PopulationImpl.java:863) getRecruitmentMatrix - Error in matrix recruitment creation 2017-05-26 16:22:05,124 INFO [Thread-12] (SubProcessSimulationLauncher.java:302) run - dans un sous processus>fr.ifremer.isisfish.IsisFishRuntimeException: Impossible d'évaluer l'équation: [recopie toute l'équation] -Malgré l'erreur fatale, ma simu ISIS tourne jusqu'à la fin. Le recrutement a donc dû être modélisé d'une certaine manière (très différente du contenu de l'équation), mais je ne vois pas comment. J'aurais préféré que la simu s'arrête dès que l'erreur est renvoyée. La région, la simu, le debug et l'équation de recrutement sont disponibles à ce lien pendant 3 semaines : https://filesender.renater.fr/?s=download&token=e3846c36-45ae-898f-2045-684… . Pour ce debuggage, pas besoin des règles de gestion auxquelles je ferai appel plus tard. Bon week-end, Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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Meme probleme qu'hier !
by Sigrid Lehuta Nov. 24, 2017

Nov. 24, 2017

Bonjour, tjs ce probleme avec des objets JSON importés. La saison et les migrations vont et viennent (il n y a rien dans la liste déroulante) mais c est instable : ça fonctionne et le coup d apres ca ne fonctionne plus ! Je dois me tromper dans l import... De plus je n arrive pas a effacer les populations defectueuses. Merci de votre aide. Sigrid

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migrations cassées apres import d'objet
by Sigrid Lehuta Nov. 23, 2017

Nov. 23, 2017

Bonjour, J'ai créé 4 populations en copiant une pop (export JSON). Ca a bien fonctionné mais au moment de renseigner les migrations je n'y ai pas accès. je ne crois pas avoir coché les memes options à chaque import (j etais pas tres sure de quoi cocher) c est peut etre l explication. Pouvez vous regarder ? Merci ! en pj : la base les pop en question sont sole3zones et metaSole, et l objet.

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish Sept. 30, 2017

Sept. 30, 2017

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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Java 8 sera la version minimum supportée par ISIS-Fish 4.4.1.0+
by Eric Chatellier Sept. 26, 2017

Sept. 26, 2017

Bonjour, À partir de ISIS-Fish 4.4.1.0, Java 8 sera requis comme version minimum pour faire tourner l'application. Je pense que la majorité des utilisateurs doivent déjà utiliser Java 8, donc cela devrait avoir très peu d'impact. -- Éric Chatellier - www.codelutin.com - 02.40.50.29.28

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Arrêt de plans de simulations
by Audric Vigier Sept. 15, 2017

Sept. 15, 2017

Bonjour, je suis entrain de faire tourner des plans de simulations sur 5 ordinateurs : -11520 simus sur celui de Sigrid -4950 sur celui de Youen -8640 sur celui de Steph -11520 sur celui d'EMH -3840 sur Acoustica Les 3 prmeiers plans de simus se sont arrêtés cette nuit, le plan sur EMH tourne sur 7 coeurs sur 10, et celui sur Acoustica continue sans encombre. Pour Sigrid (environ 1760 simus ont tourné), Youen (neviron 1920) et EMH, j'ai les mêmes symptômes : -une fenêtre pop-up "unable to create new native thread" -suivie de ce message : java.lang.OutOfMemoryError: unable to create new native thread at java.lang.Thread.start0(Native Method) at java.lang.Thread.start(Thread.java:717) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.addWorker(ThreadPoolExecutor.java:957) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.processWorkerExit(ThreadPoolExecutor.java:1025) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor.runWorker(ThreadPoolExecutor.java:1167) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(ThreadPoolExecutor.java:624) at java.lang.Thread.run(Thread.java:748) Pourtant avec la commande df -h, dans tous les cas, je remarque que la mémoire est loin d'être pleine (ici je travaille sur dev/sda7, il me reste 14G) : Sys. de fichiers Taille Utilisé Dispo Uti% Monté sur udev 16G 0 16G 0% /dev tmpfs 3,2G 9,3M 3,2G 1% /run /dev/sda7 68G 51G 14G 80% / tmpfs 16G 64M 16G 1% /dev/shm tmpfs 5,0M 4,0K 5,0M 1% /run/lock tmpfs 16G 0 16G 0% /sys/fs/cgroup /dev/sda2 100M 9,8M 90M 10% /boot/efi /dev/sda3 725G 450G 276G 63% /media/Windows cgmfs 100K 0 100K 0% /run/cgmanager/fs //nantes/echange 1,6T 1,3T 320G 81% /media/echange //nantes/discard 1,6T 1,3T 320G 81% /media/discard //lorient/echantil 1,2T 727G 474G 61% /media/echantil //lorient/credo 1,2T 727G 474G 61% /media/credo tmpfs 3,2G 52K 3,2G 1% /run/user/1001 /dev/sda8 4,5G 806M 3,5G 19% /media/youyou/34ffe439-1750-4588-bfb5-ff01136b3346 Sur le PC de Steph (environ 1075 simus), je n'ai aucun message d'erreur, mais rien ne tourne, et de même, la mémoire n'est pas pleine. Je ne peux pas faire suivre les debugs, ils font des dizaines de Go. Quel autre paramètre à surveiller pour éviter que ça ne se reproduise? Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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Plans de simulations et pollution du Temp
by Audric Vigier Sept. 11, 2017

Sept. 11, 2017

Bonjour, Je fais un plan de simulation en local sur un PC Windows. Pour éviter de remplir son disque dur C:, je fais tourner isis sur un disque dur externe de plus d'1To, en déplaçant isis-fish-4 et isis-fish-4.4.1.0-rc-1, sur ce DDE, et en changeant la config d'ISIS-Fish. Ca ralentit les simus, mais ça m'évite que mon plan ne s'arrête prématurement parce qu'il n'y a plus de mémoire. Néanmoins, j'ai pu constater ce matin que C: était plein. ISIS-Fish a rempli mon répertoire C:\Users\avigier\AppData\Local\Temp de plein de fichiers et répertoires , les plus lourds étant des répertoires de préparation de simulations (isisfish-simulation-XXXXXXXXXXXXX-preparation). Vienne tensuite les .zip de simulation (isis-sim_simuGdGCalib2010NoAlgoCorr_ForLHS_2017-09-09-12-41_XXXXXXXXXXXXXXXXXXXX.zip), les fichiers properties (isis-fish-paramXXXXXXXXXXXXXXXXXXX.properties), puis plein de scripts Java très légers Comment éviter ça? Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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Plans de simulations et parallélisation ISIS 4.4.1.0-rc-1
by Audric Vigier Sept. 8, 2017

Sept. 8, 2017

Bonsoir, Je souhaite faire tourner des 10aines de milliers de simulations ISIS grâce à un plan de simulation (et c'est urgent). Pour éviter de perdre du temps, je veux bien sûr paralléliser tout ça. En faisant un test sur 10 simus sur mon PC, j'ai remarqué que mon plan tourne .... mais en utilisant 1 seul de mes 4 coeurs. Pourtant, quand j'ai utilisé un algo génétique, il y a qq semaines, il n'y avait aucun souci avec la parallélisation. J'utilise la version d'ISIS qui permet d'utiliser des algos génétiques (4.4.1.0-rc-1 snapshot). J'ai mis ma config en PJ; le nécessaire de simulation (simu, règles, inputs, région, export perso) est dispo à ce lien : https://filesender.renater.fr/?s=download&token=797bfad0-0f92-06b6-89c2-eae… Bonne soirée, Audric -- Audric Vigier Doctorant à Ifremer, unités EMH (Nantes) et STH/LBH (Brest) E-mail : audric.vigier(a)ifremer.fr Tel : +33 (0)2 40 37 41 64 (8164)

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(no subject)
by Sigrid Lehuta Aug. 23, 2017

Aug. 23, 2017

Hello je rencontre à nouveau des problèmes de semantics, cette fois dans une regle ou j ai pourtant acces à la DB et directement à la compilation. Je recupere ds simulation storage des matrices de resultats (grosvalue) et je travaille ensuite dessus grace aux semantics et j obtiens des type mismatch de List<capture#2-of ?> avec la liste d entites. Vous pouvez m aider ? le script en pj et les erreurs ci dessous. MERCI (V4.4.1-rc1 nouveau jar, script adapté d un script en V3 si c est pas 2) 3. ERROR in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\StrategyChioce_multinomial_CeresPEL.java (at line 213) List <Strategy> str = mat.getSemantic(0); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^ Type mismatch: cannot convert from List<capture#2-of ?> to List<Strategy> ---------- 4. WARNING in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\StrategyChioce_multinomial_CeresPEL.java (at line 217) FileUtils.writeStringToFile(file,exportPercString); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ The method writeStringToFile(File, String) from the type FileUtils is deprecated ---------- 5. ERROR in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\StrategyChioce_multinomial_CeresPEL.java (at line 270) List<Strategy> strats = valueStrPop.getSemantic(0); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ Type mismatch: cannot convert from List<capture#3-of ?> to List<Strategy> ---------- 6. ERROR in C:\Users\slehuta\isis-fish-4\isis-community-database\rules\StrategyChioce_multinomial_CeresPEL.java (at line 271) List<Species> sps = valueStrPop.getSemantic(1); ^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^^ Type mismatch: cannot convert from List<capture#4-of ?> to List<Species>

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