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retour sur les erreurs sur caparmor
by Sigrid LEHUTA Jan. 7, 2010

Jan. 7, 2010

Re bonjour, concernant le premier probleme mentionné : arret d une simu qui tourne en local, voici le message d erreur de l une d'elle : ERROR|14:57:19,420|LazyInitializationException.java|42|<init>|failed to lazily initialize a collection of role: fr.ifremer.isisfish.entities.MetierSeasonInfoImpl.speciesTargetSpecies, no session or session was closed org.hibernate.LazyInitializationException: failed to lazily initialize a collection of role: fr.ifremer.isisfish.entities.MetierSeasonInfoImpl.speciesTargetSpecies, no session or session was closed at org.hibernate.collection.AbstractPersistentCollection.throwLazyInitializationException(AbstractPersistentCollection.java:380) at org.hibernate.collection.AbstractPersistentCollection.throwLazyInitializationExceptionIfNotConnected(AbstractPersistentCollection.java:372) at org.hibernate.collection.AbstractPersistentCollection.initialize(AbstractPersistentCollection.java:365) at org.hibernate.collection.AbstractPersistentCollection.read(AbstractPersistentCollection.java:108) at org.hibernate.collection.PersistentBag.iterator(PersistentBag.java:272) at fr.ifremer.isisfish.entities.MetierSeasonInfoAbstract.getSpeciesTargetSpecies(MetierSeasonInfoAbstract.java:243) at fr.ifremer.isisfish.entities.MetierSeasonInfoImpl.getTargetFactor(MetierSeasonInfoImpl.java:60) at scripts.SiMatrix.aw$original$_AW_$matrixFishingMortality$_AW_$scripts_SiMatrix(SiMatrix.java:578) at scripts.SiMatrix_1__1474794626__1158348500___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.aspect.Cache.realCall(Cache.java:148) at fr.ifremer.isisfish.aspect.Cache.call(Cache.java:123) at scripts.SiMatrix_1__1474794626__1158348500___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at scripts.SiMatrix_1__1474794626__1158348500___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at scripts.SiMatrix.matrixFishingMortality(SiMatrix.java) at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:472) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:221) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:390) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:259) ERROR|14:57:19,420|InProcessSimulatorLauncher.java|426|localSimulateSameThread|Error during simulation org.hibernate.LazyInitializationException: failed to lazily initialize a collection of role: fr.ifremer.isisfish.entities.MetierSeasonInfoImpl.speciesTargetSpecies, no session or session was closed at org.hibernate.collection.AbstractPersistentCollection.throwLazyInitializationException(AbstractPersistentCollection.java:380) at org.hibernate.collection.AbstractPersistentCollection.throwLazyInitializationExceptionIfNotConnected(AbstractPersistentCollection.java:372) at org.hibernate.collection.AbstractPersistentCollection.initialize(AbstractPersistentCollection.java:365) at org.hibernate.collection.AbstractPersistentCollection.read(AbstractPersistentCollection.java:108) at org.hibernate.collection.PersistentBag.iterator(PersistentBag.java:272) at fr.ifremer.isisfish.entities.MetierSeasonInfoAbstract.getSpeciesTargetSpecies(MetierSeasonInfoAbstract.java:243) at fr.ifremer.isisfish.entities.MetierSeasonInfoImpl.getTargetFactor(MetierSeasonInfoImpl.java:60) at scripts.SiMatrix.aw$original$_AW_$matrixFishingMortality$_AW_$scripts_SiMatrix(SiMatrix.java:578) at scripts.SiMatrix_1__1474794626__1158348500___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.aspect.Cache.realCall(Cache.java:148) at fr.ifremer.isisfish.aspect.Cache.call(Cache.java:123) at scripts.SiMatrix_1__1474794626__1158348500___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at scripts.SiMatrix_1__1474794626__1158348500___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at scripts.SiMatrix.matrixFishingMortality(SiMatrix.java) at simulators.DefaultSimulator.computeMonth(DefaultSimulator.java:472) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:221) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:390) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:259) INFO|14:57:20,488|InProcessSimulatorLauncher.java|456|localSimulateSameThread|Simulation time: 127.590 par ailleurs je viens de la relancer sur caparmor elle tourne sans erreur cette fois ... Avez vous une idée de ce qui s est passé ? Merci -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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une petite liste de pb rencontrés avec un plan sur caparmor
by Sigrid LEHUTA Jan. 7, 2010

Jan. 7, 2010

Hello j ai rencontré des soucis avec caparmor lors d un plan d analyse, je les liste pour ne pas oublier et pour qu on trouve la raison - reccuperation de la simu, le repertoire resultExports existe mais est vide (la simu tourne correctement avec export en local) (60 simus sur 790) - arret de la simu apparement a cause d'une regle de gestion (source de l erreur inconnue: je creuse cet aprem) mais la simu tourne en local - disparition d un export : la matrice existe mais l export ne s est pas fait A+ -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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plantage de caparmor
by Stephanie MAHEVAS Jan. 7, 2010

Jan. 7, 2010

Bonjour il semblerait que caparmor nous fasse quelques caprices.... les simu s'auto-arretent!! (PS : elles tournent en local sans probleme) voici le log d'une simu qui s'est arretée: INFO|09:19:50,617|InProcessSimulatorLauncher.java|311|localSimulateSameThread|1/7/10 9:19 AM Java version: 1.6.0_16-b01 Isis-fish version: 3.2.0.8 INFO|09:19:50,632|InProcessSimulatorLauncher.java|285|changeClassLoader|Classloader used for simulation: fr.ifremer.isisfish.aspect.AspectClassLoader@107dcfe [file:/home1/caparmor/smahevas/isis-database-3/simulations/sim_SAMigration_test_234_2010-01-07-10-18_13/, file:/home1/caparmor/smahevas/isis-build/sim_SAMigration_test_234_2010-01-07-10-18_13/] INFO|09:19:50,754|SimulationStorage.java|296|setParameter|DEBUG: store param: {libLogLevel=error, plan.0.parameter.directory=Inputs_Anchois/SAMigration/, rule.0.parameter.beginMonth=6, plan.0.parameter.simulationNumber=790, usePreScript=false, analysePlanNumber=13, rule.1.parameter.beginMonth=6, onlyExport=false, rules=TACfix_Fr_Anchois,TACfix_Es_Anchois,Cantonnement_hypReport_Anchois,Paita4_20002007suite_Anchois,, plan.0.parameter.first=234, rule.2.parameter.endMonth=6, rule.2.parameter.beginMonth=3, rule.3.parameter.TAC=true, simulatorName=DefaultSimulator.java, rule.1.parameter.beginDate=6, rule.1.parameter.pop=fr.ifremer.isisfish.entities.Population#1169028645847#0.8922880465329557, rule.0.parameter.SSBmay=0.0, exportDirectory=D:\SimulationsISIS\isis-export, rule.1.parameter.endMonth=5, rule.3.parameter.beginDate=0, description=, rule.1.parameter.endDate=119, plans=SAMigration,, rule.0.parameter.TAC=33000.0, simulLogLevel=info, population.Anchois_long.number=[[0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 2.149474576E8, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 2.042000847E9, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 4.191475424E9, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 3.761580508E9, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 6.448423729E8, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0, 0.0], [1.450473E8, 6.3991456E7, 7.6789747E7, 1.19450717E8, 0.0, 7.92275167E8, 0.0], [5.0753617E7, 2.2391302E7, 2.6869562E7, 4.1797097E7, 0.0, 2.77225641E8, 0.0], [6275399.0, 2768559.0, 3322270.0, 5167976.0, 0.0, 3.4277392E7, 0.0]], regionName=SAMigration, rule.0.parameter.endMonth=5, numberOfSensitivitySimulation=-1, rule.3.parameter.endDate=500, rule.3.parameter.pop=fr.ifremer.isisfish.entities.Population#1169028645847#0.8922880465329557, rule.3.parameter.NbAnneesDepuis2000=8, rule.1.parameter.allocCountries=0.5, scriptLogLevel=info, preScript=, useStatistic=false, analysePlan=, populations=Anchois_long, rule.0.parameter.pop=fr.ifremer.isisfish.entities.Population#1169028645847#0.8922880465329557, strategies=Espagnols,BolBretons,PelProfil1,PelProfil2,BolBasques, rule.0.parameter.beginDate=6, rule.1.parameter.SSBmay=0.0, rule.2.parameter.zone=fr.ifremer.isisfish.entities.Zone#1169028645767#0.37798185123822536, resultNames=matrixEffortPerStrategyMet,matrixEffortNominalPerStrategyMet,matrixCatchPerStrategyMetPerZonePop,matrixCatchWeightPerStrategyMetPerZonePop,matrixFishingMortality,matrixAbundance,matrixBiomass,matrixGrossValueOfLandingsPerSpeciesPerStrategyMet,matrixGrossValueOfLandingsPerStrategyMet,matrixGrossValueOfLandingsOtherSpeciesPerStrategyMet,matrixGrossValueOfLandingsPerStrategyMetPerVessel,matrixPrice,, rule.0.parameter.endDate=119, rule.2.parameter.beginDate=0, rule.0.parameter.allocCountries=0.5, numberOfYear=10, rule.3.parameter.report=1, useOptimization=true, rule.2.parameter.reportHypothese=0, exports=Abundances.java,BiomassRelative.java,BiomasseLastYear.java,Biomasses.java,CapturesNombre.java,CapturesPoids.java,CapturesPoidsLastYear.java,CapturesPoidsRelative.java,EffortsMetier.java,EffortsNominalMetier.java,GrossValueOfLandingsPerStrMetSigrid.java,, useAnalysePlan=true, rule.3.parameter.tacInTons=0.0, rule.2.parameter.endDate=300, rule.1.parameter.TAC=33000.0, isisFishVersion=3.2.0.8} INFO|09:19:50,759|InProcessSimulatorLauncher.java|197|message|Mise en place des aspects Cache INFO|09:19:50,759|SimulationControl.java|192|setText|Mise en place des aspects Cache INFO|09:19:50,777|CompileHelper.java|116|loadClass|Can't load class: simulators.DefaultSimulator java.lang.ClassNotFoundException: simulators.DefaultSimulator at fr.ifremer.isisfish.aspect.AspectClassLoader.findClass(AspectClassLoader.java:86) at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:307) at java.lang.ClassLoader.loadClass(ClassLoader.java:252) at fr.ifremer.isisfish.util.CompileHelper.loadClass(CompileHelper.java:114) at fr.ifremer.isisfish.datastore.JavaSourceStorage.getCodeClass(JavaSourceStorage.java:139) at fr.ifremer.isisfish.datastore.JavaSourceStorage.getNewInstance(JavaSourceStorage.java:154) at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulatorStorage.getNewSimulatorInstance(SimulatorStorage.java:76) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:370) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:259) ERROR|09:19:50,777|InProcessSimulatorLauncher.java|426|localSimulateSameThread|Error during simulation fr.ifremer.isisfish.IsisFishException: Can't load class: simulators.DefaultSimulator at fr.ifremer.isisfish.datastore.JavaSourceStorage.getCodeClass(JavaSourceStorage.java:142) at fr.ifremer.isisfish.datastore.JavaSourceStorage.getNewInstance(JavaSourceStorage.java:154) at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulatorStorage.getNewSimulatorInstance(SimulatorStorage.java:76) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:370) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:259) INFO|09:19:51,531|InProcessSimulatorLauncher.java|456|localSimulateSameThread|Simulation time: 0.912 Pouvez-vous m'expliquer le bins...? serait-ce du au changement de repertoire ...? Autre question : est-ce que le plan de simulation s'arrete lorsque l'on a le message de caparmor "quota depasse"? merci stephanie et sigrid -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Lire le fichier R.Data d'une analyse de sensibilité
by Delphine.Rocklin＠ifremer.fr Jan. 6, 2010

Jan. 6, 2010

Salut les ISISiens, petit souci. J'ai fait tourner une AS Morris et j'ai donc obtenu un R.Data. Cependant je n'arrive pas à le lire sous TinnR. Je ne comprends pas, je le load en donnant à R le chemin pour trouver le fichier R.Data. Ca semble fonctionner Par contre, qd je lance la commande as_AS_EtatInitial_201001051913_0.SensitivityBiomassY3.isis.methodAnalyse (en enlevant bien les tirets entre les dates / heures, comme dit dans la page internet d'ISIS), ben là, il me répond que l'objet est introuvable... Comment ça se fait? Je suis sûre que ce n'est qu'un grossier oubli de qqch de ma part, mais bon... Merci Delph

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export de la matrice gross value of landings per str met
by Sigrid LEHUTA Jan. 6, 2010

Jan. 6, 2010

Re-re- bonjour, j ai un soucis avec l export de la matrice MATRIX_GROSS_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STR_MET le fichier d export est vide. Pourtant la matrice existe puisque je peux l afficher dans les resultats mais elle est dite null quand je la fait afficher dans les log (system out dans le script d export) a partir du script d export. est ce que ca marche chez les autres ? savez vous ce qui peut clocher ? merci -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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Arret d un plan sur caparmor
by Sigrid LEHUTA Jan. 6, 2010

Jan. 6, 2010

Hello, j ai lancé hier sur caparmor un plan a 790 simus et je suis rentrée chez moi en laissant mon ordi branché ;-) (deja c est génial de pouvoir faire ca !!!) en arrivant ce matin : 1) je n avait pas reccupere toutes les simus (telechargement en cours) ce qui peut venir d un probleme d espace disque. 2) En faisant de la place j ai reussi a reccuperer 525 simus. mais le plan s est arrete là (plus rien en attente dans la fenetre de lancement), ca peut etre du au fait que mon ordi ce serait mis en veille au milieu empechant la fin de l envoi a caparmor (?). donc la question c est est ce que c est bien ca ? comment puis je savoir s'il n'y a pas eu une erreur qui a stoppé le plan ? et comment je fait pour finir mes simus, dois je relancer le plan a partir de la 525ieme ou y a t il un moyen de finir celui la ?? MERCI d avance !!! Sigrid -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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ou s affichent les erreurs ?
by Sigrid LEHUTA Jan. 4, 2010

Jan. 4, 2010

Hello tout le monde et Bonne Année !! Qu'elle soit pleine de bonheur et de logos ISIS ;-) Aller on avait eu des mails de presque tous les users aujourd hui alors je m y met aussi pour completer ;-) J ai eu un soucis sur un plan et ca m a fait me rendre compte que le debug ne contient pas l erreur, mais qu elle s affiche dans la console de demarrage. Ca n est pas tres pratique ni tres clair. Serait il possible d afficher toutes les erreurs dans le debug ? merci -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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Analyse de sensibilité: seuls Fast et Sobol fonctionnent. Je n'arrive pas à accéder à tous les paramètres
by Delphine.Rocklin＠ifremer.fr Jan. 4, 2010

Jan. 4, 2010

Bonjour les ISISiens, tout d'abord je vous souhaite à tous une Bonne Année! Sinon, les affaires ISIS reprennent. J'ai des petits soucis avec l'analyse de sensibilité. Comme pour Chirine, ISIS se fermait tout seul dès que j'essayais de lancer des analyses. Bon en regardant les échanges de mail,j'ai réussi à modifier, ajouter etc etc les variables d'environnement. OK. Par contre, il n'y a que 2 méthodes d'analyses qui fonctionnent, FAST et Sobol. J'ai essayé de lancer Morris, mais non, rien ne se passe... De plus, je n'ai pas réussi à accéder à tous les paramètres que je voulais tester, i.e. 1) la sélectivité (rien n'apparaît en blanc, j'ai beau essayer de cliquer partout) et 2) le facteur cible. Je n'arrive pas à faire apparaître les équations...pourquoi ? Bon ben désolée de vous cueillir comme ça dès la rentrée.... Delphine

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Dimension de la matrice rejets et possibilité d'avoir les débarquements en biomasse?
by Delphine.Rocklin＠ifremer.fr Dec. 21, 2009

Dec. 21, 2009

Bonjour les ISISiens, peut-être pouvez-vous m'éclairer. Mes simus sont sur 15 ans, donc 180 mois. Lorsque je récupère les infos des sommes des biomasses ou captures par mois, j'obtiens logiquement 180 valeurs. Par contre, lorsque je fais ça sur les rejets, j'obtiens 133 valeurs...je ne comprends pas pourquoi je n'en ai pas 180. Pourtant il me semble que les colonnes sont les mêmes pour les captures et les rejets...alors pourquoi je n'ai pas les mm dimensions pour les matrices ? De même, les débarquements sont en abondance. N'y a-t-il pas possibilité de les avoir en biomasse ? J'ai essayé de regarder où modifier les scripts pour créer ça, mais j'ai un peu peur de ne pas faire ce qu'il faut... Merci delphine

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Re: [Isis-fish-users] plan D-opt
by Jean Couteau Dec. 17, 2009

Dec. 17, 2009

J'aurais besoin de savoir comment tu crées le data.frame matcompl pour pouvoir créer le script de sensibilité. Je pensais mettre en paramètres de l'analyse : criterion et approximate, les autres paramètres étants dépendants de ce dernier, je pensais les laisser par défaut et laisser l'utilisateur modifier à la main l'instruction R générée. J'ai peu qu'autrement les utilisateurs ne connaissant pas la méthode ne s'amusent à jouer avec les paramètres, ce qui ferait planter R à chaque fois. L'utilisateur chevronné sachant ce qu'il fait pourrait alors modifier le code R. Est-ce que ça serait bon comme ça ? Sigrid LEHUTA wrote: > Voici celui que j ai utilisé : > library(AlgDesign) > optD=optFederov(~(fec+effEsp+effPel1+effPel2+effBol1+effBol2+Mc+spat+migD+migC+tac+mpa)^2 > > ,data=matcompl, approximate =FALSE, center=F, criterion = > "D",nRepeats=10) > > A++ >

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