June 2013 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

simulation tres lentes
by Sigrid Lehuta Aug. 20, 2013

Aug. 20, 2013

Hello je fais tourné isis (meme region meme plan d experience) sur 2 ordis recents equivalent (core i7,64 bits,8GoRAM) et l un est bcp plus lent que l'autre, mais "lent inquietant" genre 6 mois = 5min tandis que l'autre met 1 min /simu. Auriez vous des pistes sur ce que je dois regarder qui pose possiblement probleme? Merci

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish June 30, 2013

June 30, 2013

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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upload des résultats d'AS avec la base sur le site ISIS ?
by Loic GASCHE June 17, 2013

June 17, 2013

Bonjour, Sur le site ISIS on peut mettre à disposition les bases utilisées pour faire les simus. Est-il aussi possible de donner accès au RData obtenu après avoir fait tourner les AS (demande de journal dans mon cas, mais peut être intéressant si des personnes s'intéressent à nos résultats mais n'ont pas le temps ou les moyens de refaire tourner les simus) ? La grosse différence est que la base ne fait que quelques ko dans mon cas alors que le RData fait environ 320 Mo, est-ce que cela peut poser problème ? Loïc

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Re: [Isis-fish-users] bug dans une regele: object list null pointer: RESOLU
by Sigrid Lehuta June 13, 2013

June 13, 2013

Merci Jean!!!!!! je suis vraiment rouillée en JAva moi! A bientôt pour plus de bugs! Merci d'avance! Le 13 juin 2013 12:45, Sigrid LEHUTA <Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr> a écrit : > Bonjour, > Apparemment il y a quelque chose que je fais mal avec cette liste.... > Pourriez vous me dire quoi? > Merci! > > voici le bout qui bloque (le script est en pj) a la ligne List<String> > metNameList... > strMat = new HashMap <Strategy, MatrixND>(); > for(Strategy str : allStrategies){ > String[] vecNames = metStr.get(str); > List <String> metNameList = new ArrayList(Arrays.asList(** > vecNames)); > matEffort = MatrixFactory.getInstance().**create( > "matEffort", > new List[]{metNameList,dates}, > new String[]{"Metiers","Date"}); > strMat.put(str,matEffort); > } > > -- > Sigrid LEHUTA > ~ ><> ~ > Post-doctoral research associate > Laboratoire Ressources Halieutiques > IFREMER Boulogne sur Mer > 150 quai Gambetta, 62200 Boulogne-sur-Mer, France > Tél : 03 21 99 50 61 (N° interne : 5061) > Fax : 03 21 99 56 01 > > > Membre de l'Association Française d'Halieutique > http://sirs.agrocampus-ouest.**fr/AFH/index.php/en<http://sirs.agrocampus-ouest.fr/AFH/index.php/en> > > "Like all creative activities, modelling gives joy to its maker." A. > Saltelli. > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > >

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bug dans une regele: object list null pointer
by Sigrid LEHUTA June 13, 2013

June 13, 2013

Bonjour, Apparemment il y a quelque chose que je fais mal avec cette liste.... Pourriez vous me dire quoi? Merci! voici le bout qui bloque (le script est en pj) a la ligne List<String> metNameList... strMat = new HashMap <Strategy, MatrixND>(); for(Strategy str : allStrategies){ String[] vecNames = metStr.get(str); List <String> metNameList = new ArrayList(Arrays.asList(vecNames)); matEffort = MatrixFactory.getInstance().create( "matEffort", new List[]{metNameList,dates}, new String[]{"Metiers","Date"}); strMat.put(str,matEffort); } -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Post-doctoral research associate Laboratoire Ressources Halieutiques IFREMER Boulogne sur Mer 150 quai Gambetta, 62200 Boulogne-sur-Mer, France Tél : 03 21 99 50 61 (N° interne : 5061) Fax : 03 21 99 56 01 Membre de l'Association Française d'Halieutique http://sirs.agrocampus-ouest.fr/AFH/index.php/en "Like all creative activities, modelling gives joy to its maker." A. Saltelli.

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bug dans ma regle: null pointer exception
by Sigrid Lehuta June 13, 2013

June 13, 2013

Bonjour, Apparemment il y a quelque chose que je fais mal avec cette liste.... Pourriez vous me dire quoi? Merci! voici le bout qui bloque (le script est en pj) a la ligne List<String> metNameList... strMat = new HashMap <Strategy, MatrixND>(); for(Strategy str : allStrategies){ String[] vecNames = metStr.get(str); List <String> metNameList = new ArrayList(Arrays.asList(vecNames)); matEffort = MatrixFactory.getInstance().create( "matEffort", new List[]{metNameList,dates}, new String[]{"Metiers","Date"}); strMat.put(str,matEffort); } Effort_2008_2010_MixChannel.java<https://docs.google.com/file/d/0B566moKtvIFzTFdMY2VVazVjQlU/edit?usp=drive_…> INFO|12:30:17,243|InProcessSimulatorLauncher.java|291|changeClassLoader|Classloader used for simulation: fr.ifremer.isisfish.aspect.AspectClassLoader@4e5cdbfd[file:/C:/Users/slehuta/isis-fish-4/isis-database/simulations/sim_EffortHist_2013-06-13-12-30/, file:/C:/Users/slehuta/isis-fish-4/isis-build/sim_EffortHist_2013-06-13-12-30/] INFO|12:30:17,391|InProcessSimulatorLauncher.java|203|message|Setting Cache aspects INFO|12:30:17,392|SimulationControl.java|202|setText|Setting Cache aspects INFO|12:30:18,753|DataStorage.java|164|getMemStorage|Create new memory storage for sim_EffortHist_2013-06-13-12-30 INFO|12:30:18,949|DataStorage.java|209|getStorage|Create new storage for sim_EffortHist_2013-06-13-12-30 INFO|12:30:20,132|InProcessSimulatorLauncher.java|203|message|Simulation execution INFO|12:30:20,132|SimulationControl.java|202|setText|Simulation execution INFO|12:30:20,134|SimulationContext.java|363|message|Presimulation Script execution INFO|12:30:20,135|SimulationControl.java|202|setText|Presimulation Script execution INFO|12:30:21,482|SimulationControl.java|202|setText|Rules initialisation:[rules.Effort_2008_2010_MixChannel@17a65e83] ERROR|12:30:21,871|InProcessSimulatorLauncher.java|435|localSimulateSameThread|Error during simulation java.lang.NullPointerException at java.util.Arrays$ArrayList.<init>(Unknown Source) at java.util.Arrays.asList(Unknown Source) at rules.Effort_2008_2010_MixChannel.aw $original$_AW_$init$_AW_$rules_Effort_2008_2010_MixChannel(Effort_2008_2010_MixChannel.java:258) at rules.Effort_2008_2010_MixChannel_1__1260650406_1714870043___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at fr.ifremer.isisfish.aspect.RuleAspect.makeTimedCall(RuleAspect.java:126) at fr.ifremer.isisfish.aspect.RuleAspect.initCall(RuleAspect.java:76) at rules.Effort_2008_2010_MixChannel_1__1260650406_1714870043___AW_JoinPoint.proceed(Unknown Source) at rules.Effort_2008_2010_MixChannel_1__1260650406_1714870043___AW_JoinPoint.invoke(Unknown Source) at rules.Effort_2008_2010_MixChannel.init(Effort_2008_2010_MixChannel.java) at simulators.DefaultSimulator.simulate(DefaultSimulator.java:111) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:391) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:265) INFO|12:30:21,891|InProcessSimulatorLauncher.java|464|localSimulateSameThread|Simulation time: 4.664

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Re: [Isis-fish-users] bug a janvier 0: Resolu!
by Sigrid Lehuta June 12, 2013

June 12, 2013

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bug a janvier 0
by Sigrid Lehuta June 12, 2013

June 12, 2013

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Bug dans l onglet de saisie migration
by Sigrid Lehuta June 12, 2013

June 12, 2013

J utilise une equation pour les migrations. j ai 2 saisons et c est comme si il n y en avait qu'une, quand je change l une ca change l autre. Le check de la DB me dit que l une des 2 est inexistante... comment faire? Merci

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Aide pour coder une regle de gestion
by Sigrid Lehuta June 12, 2013

June 12, 2013

Effort_2008_2010_MixChannel.java<https://docs.google.com/file/d/0B566moKtvIFzOS1naVRaMGMwVjQ/edit?usp=drive_…> hello, j'aurais besoin d'aide pour coder une regle de gestion, dans laquelle je veux modifier les strategies chaque mois en fonction de valeurs lues dans des fichiers csv. J'ai un fichier csv par strategie au format metier x mois. chaque strategie pratique un jeu de metiers differents. donc mes matrices de strategie sont toutes de taille differentes, avec des metiers differents. Les metiers dans les fichiers sont dans l'ordre qui apparait dans l interface. La question c'est : comment puis je associer chaque strategy a un fichier csv et cree les semantics métiers de ces matrices le plus efficacement possible sachant que j'ai 17 strategies et plus de 40 metiers? J'ai ebaucher qqch cf fichier joint avec des Map dans tous les sens, mais j'ai peur que ca ne soit pas tres efficace si toutefois ca fonctionne! Quelqu un aurait'il le temps de jeter un oeil et m'aider? Merci d'avance!!!! quelques questions qui m'aiderait a defaut de pouvoir lire le script : peut on mettre n'importe quel objet dans un map? est ce possible d'utiliser un vecteur de string comme semantics d'une matrice?

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Re: [Isis-fish-users] Aide pour coder une regle de gestion: Update
by Sigrid Lehuta June 12, 2013

June 12, 2013

J'ai corrigé le script qui compile avec ces warnings. Que veulent ils dire? Effort_2008_2010_MixChannel.java<https://docs.google.com/file/d/0B566moKtvIFzUURnZEVvWjNZa0U/edit?usp=drive_…> warning: java\lang\Object.class(java\lang:Object.class): major version 51 is newer than 50, the highest major version supported by this compiler. It is recommended that the compiler be upgraded. warning: java\lang\annotation\Retention.class(java\lang\annotation:Retention.class): major version 51 is newer than 50, the highest major version supported by this compiler. j'essai de lancer... plus de message de bugs a venir... Merci Le 12 juin 2013 15:53, Sigrid Lehuta <sigridlehuta(a)gmail.com> a écrit : > > Effort_2008_2010_MixChannel.java<https://docs.google.com/file/d/0B566moKtvIFzOS1naVRaMGMwVjQ/edit?usp=drive_…> > hello, > j'aurais besoin d'aide pour coder une regle de gestion, dans laquelle je > veux modifier les strategies chaque mois en fonction de valeurs lues dans > des fichiers csv. > J'ai un fichier csv par strategie au format metier x mois. > chaque strategie pratique un jeu de metiers differents. donc mes matrices > de strategie sont toutes de taille differentes, avec des metiers > differents. Les metiers dans les fichiers sont dans l'ordre qui apparait > dans l interface. > > La question c'est : comment puis je associer chaque strategy a un fichier > csv et cree les semantics métiers de ces matrices le plus efficacement > possible sachant que j'ai 17 strategies et plus de 40 metiers? > > J'ai ebaucher qqch cf fichier joint avec des Map dans tous les sens, mais > j'ai peur que ca ne soit pas tres efficace si toutefois ca fonctionne! > Quelqu un aurait'il le temps de jeter un oeil et m'aider? > Merci d'avance!!!! > > quelques questions qui m'aiderait a defaut de pouvoir lire le script : > peut on mettre n'importe quel objet dans un map? > est ce possible d'utiliser un vecteur de string comme semantics d'une > matrice? > > > > > > > > > >

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unité d'age dans l'equation de croissance
by Sigrid Lehuta June 10, 2013

June 10, 2013

hello, dans l'equation de croissance il faut que je divise l'age par 12 pour obtenir les bonnes valeur de taille, cela signifie t'il que l'age renvoyé par isis est en mois (1an = 12, 2ans =24)? est ce que ca veut aussi dire que la longueur est mise a jour mensuellement pour une pop structuree en age? (les poisson d'1an et 1mois ne font pas la meme taille que ceux d'1an et 2 mois?) Merci

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ordre des metiers dans la table strategie
by Sigrid Lehuta June 10, 2013

June 10, 2013

Re-hello qu'est ce qui determine l'ordre des métiers dans la table strategie et dans l'onglet practiced metiers de set of vessel?? ca serait pratique que ca soit l ordre alphabetique pour pouvoir creer facilement les tables de strategies en R et remplir ISIS a partir d un CSV. pour le moment ca n'est pas le cas, du coup vous auriez un tuyau pour reccuperer cet ordre et creer mes tables en R en function de l'ordre dans isis? Merci

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equation inactivité avec le mois
by Stephanie MAHEVAS June 7, 2013

June 7, 2013

hello Sigrid et les autres à tout hasard, aurais-tu une equation d'inactivite qui specifierait une inactivité en jour de mer par mois qui pourrait me servir d'exemple? merci steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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