September 2012 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Reunion utilisateurs ISIS 6 et 7 décembre 2012 à Nantes
by Stephanie MAHEVAS Oct. 11, 2012

Oct. 11, 2012

Bonjour à tous je vous rappelle que la prochaine reunion des utilisateurs/developpeurs d'ISIS aura lieu à Nantes les 6 et 7 décembre 2012. La première journée sera consacrée aux présentations (nouveautés, cas d'étude) et la deuxième journée à la programmation java pour l'adaptation ou le développement de nouveaux scripts dans ISIS. Pour s'inscrire : http://poll-o.isis-fish.org/reunion-6-et-7-decembre-2012/ La journée programmation ne sera pas véritablement un TP/formation mais plus une assistance pour lever des difficultés ou des blocages et mettre le pied à l'étrier pour les nouveaux utilisateurs. Il est envisagé d'organiser une formation collective en Java de plusieurs jours avec Code Lutin en 2013. Pour éviter de financer cette formation sur nos budgets de développements, il faudrait la faire inscrire au plan de formation de l'Ifremer. Cela suppose donc que les agents Ifremer intéressés l'affiche comme vœu de formation dès septembre lors de l'entretien individuel . Bonnes vacances ou bon retour Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Re: [Isis-fish-users] calibration / minimisation method
by Eric Chatellier Oct. 9, 2012

Oct. 9, 2012

Le 19/09/2012 15:39, Fabian ZIMMERMANN a écrit : > Salut Eric, Salut, > > j'ai une demande plus générale: Nous voulons améliorer la calibration de notre > base de donnés, tout d'abord concernant le nombre des variables. Avec le > script courant il est seulement possible d'estimer deux différentes variables > pour tous les groupes de la capturabilité, mais ça ne produit pas vraiment des > bonnes résultats. Donc, l'idée est de trouver une autre optimisation pour > tester ~4 variables. > > Au moment, la proposition pour ça est un downhill simplex method in > multidimensions (Nelder and Mead). Mais je manque la notion de Java pour un > jugement là..c'est pourquoi ma question est: Est-ce que c'est raisonnable ou > est-ce qu'il y a des méthodes optimisation/minimisation qui pourrait marcher > mieux avec Isis ? Heu, la je suis un peu perdu. Je ne maitrise pas la calibration et ses notions mathématiques, il faut mieux poser la question à un matheux ;) > Et est-ce qu'on peut utiliser pour ça l’implémentation existante > http://commons.apache.org/math/api-2.2/org/apache/commons/math/optimization… > ? Ca vient de la librairie commons-math qui est disponible dans IsisFish. Tu peux déjà l'utiliser et la tester: import org.apache.commons.math.optimization.direct.NelderMead; ... NelderMead nelderMead = new NelderMead(|rho, khi, gamma, sigma|); double value = nelderMead.evaluate(x); Par exemple. Après pour déterminer si elle convient ou pas, je ne peux pas te répondre. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish Sept. 30, 2012

Sept. 30, 2012

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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[ANN] - IsisFish 4.2.1.0 released
by forge.codelutin.com Release Notification Sept. 26, 2012

Sept. 26, 2012

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.2.1.0 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: New features: o Ajout des champs groupMin/groupMax pour pouvoir calculer la mortalité totale par pêche Issue: 1530. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.2.1.0-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/489 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team

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Soutenance de thèse
by Bastien Preuss Sept. 25, 2012

Sept. 25, 2012

Bonjour à tous, Un petit mail pour vous annoncer la tenue de ma soutenance de thèse le 8 octobre prochain ! Si vous êtes de passage en Nouvelle-Calédonie vous êtes les bienvenues (17h dans le grand amphi de lUniversité) ! Pour rappel ma thèse sintitule « Evaluation de scénarios de gestion des ressources du lagon Sud-ouest de la Nouvelle-Calédonie : intégration des connaissances et modélisation spatialement explicite » (le résumé figure dans la suite de ce message), et était encadrée par Dominique Pelletier et Laurent Wantiez. Une version pdf du manuscrit sera disponible dici quelques semaines pour les personnes intéressées. Je tiens à vous remercier membres de la liste utilisateurs et développeurs, en particulier léquipe des Lutins pour leur précieuse aide. Je tiens aussi à remercier Stéphanie qui a accepté dêtre rapporteur de ma thèse. Sincèrement, Bastien Résumé La pression démographique dans le Grand Nouméa pose la question de la durabilité de la pêche dans le Lagon Sud-ouest de la Nouvelle-Calédonie et de la pertinence de mettre en place de nouvelles mesures de gestion. Les modèles de dynamique de population spatialement explicites sont des outils d'aide à la décision intéressants pour appuyer les gestionnaires dans la mesure où les ressources et la pêche se distribuent dans lespace de manière hétérogène, particulièrement dans un milieu récifo-lagonaire où l'habitat est fragmenté. Le modèle ISIS-Fish a été utilisé pour mettre en place un modèle de dynamique des populations et évaluer différents scénarios de gestion. Pour cela, la connaissance existante sur la biologie et l'écologie de 3 espèces d'intérêt halieutique aux traits d'histoire de vie différents a été synthétisée et formalisée : Lethrinus nebulosus (le bec de cane), Plectropomus leopardus (la saumonée) et Naso unicornis (le dawa). Les activités de pêche professionnelle et plaisancière ont ensuite été caractérisées et modélisées dans leurs aspects saisonniers et spatiaux, en utilisant respectivement des données de déclarations et des données issues d'un travail de terrain. Ce dernier a permis d'estimer les captures plaisancières de bec de cane, de saumonée et de dawa à respectivement 5.8 t, 147.4 t et 28.6 t. En l'absence d'évaluation des stocks, nous avons proposé une démarche permettant d'évaluer la situation actuelle des ressources. Les taux d'exploitation sont apparus relativement faibles. L'existence d'incertitude sur les paramètres du modèle a été étudiée par des analyses de sensibilité. Le recrutement qui est un élément majeur de la dynamique des populations des 3 espèces a été plus particulièrement étudié. Il existe aussi une incertitude relativement importante concernant les activités de pêche en raison d'un faible niveau de détail des données. Quatre scénarios de gestion ont ensuite été évalués en prenant en compte les incertitudes sur le modèle (statu quo, AMP, taille minimale de capture et augmentation du nombre de pêcheurs professionnels). Globalement ces différents scénarios ont montré des effets modérés sur les populations de poissons. L'AMP a montré selon l'espèce un effet parfois important à l'intérieur de son périmètre. L'instauration d'une taille minimale de capture a réduit de façon importante les captures des pêcheurs à la ligne. Son intérêt est conditionné par un taux de survie élevé des individus relâchés. L'augmentation du nombre de pêcheurs professionnels a eu un effet visible sur les populations de bec de cane et de dawa, mais pas sur celle de la saumonée. Mots clefs : Lethrinus nebulosus ; Plectropomus leopardus ; Naso unicornis ; dynamique de population ; pêcheries ; modèle spatialement explicit ; incertitude ; analyse de sensibilité ; évaluation de scénarios de gestion. Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-users] Catch weight versus Landings
by Bastien Preuss Sept. 21, 2012

Sept. 21, 2012

Oui c'est bien ça, les Landings sont en abondance. Par contre je ne sais pas pourquoi ... y a-t-il un intérêt à cela? Stéphanie? -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Fabian ZIMMERMANN Envoyé : mercredi 30 mai 2012 17:52 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Catch weight versus Landings Salut, if I'm not mistaken: The Landings are in numbers of fish, not weight. This means it corresponds to the results of Catch and Discards (in numbers), not CatchWeight. Fabian Jessica Andre a écrit : > Bonjour, > > > > Question sur les résultats issues des simu. Techniquement, les landings > cest les Catch Weights les Discards. > > Donc, pour un mois donné, si je somme sur les strategies,metiers et > groups dans mes résultats, et que mes CatchWeight sont 94 tonnes et mes > DiscardsWeight 36,3 tonnes, mes Landings devraient être 57.7t. Or les > résultats me montrent 533.8 tonnes de landings. Comprends pas, comment > est-ce-possible ?! Jai ca pour toute mes espèce, les landings sont > supérieurs aux CatchWeights Si cest une erreur dunité, je la voie pas. > > > > Toute suggestions bienvenues Merci davance > > > > Jess > > > > **************************************************************************** *********** > > *Dr Jessica André* > > Junior Research Fellow > > Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) > > Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) > > University of Tasmania, Private Bag 49 > > Hobart, TAS 7001, Australia > > > > Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 > > Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 > > Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au > > Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 > > > > `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> > > > > > > > > > ------------------------------------------------------------------------ > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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[ANN] - IsisFish 4.2.0.1 released
by forge.codelutin.com Release Notification Sept. 20, 2012

Sept. 20, 2012

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.2.0.1 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: Fixed Bugs: o Impossible d'utiliser des appels R en sous process Issue: 1508. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Impossible de lire les resultats de simulation Issue: 1507. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.2.0.1-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/480 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team

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Pb de mémoire
by Paul MARCHAL Sept. 19, 2012

Sept. 19, 2012

Bonjour, J'ai voulu lancer 50 AS mais au bout de 10, Isis a levé le pouce. Il s'agit vraisemblablement d'un problème de mémoire. J'utilise la version 4.1.0.1. Je joins la fin du debug avec les messages d'erreur (trop gros pour être envoyé par mail en entier): ERROR [pool-4-thread-1] (JDBCExceptionReporter.java:234) logExceptions - Out of memory.; SQL statement: RUNSCRIPT FROM 'C:\Users\pmarchal\isis-fish-4\isis-database\simulations\as_deepv4_2012-09-13-19-09_29\data-backup.sql.gz' COMPRESSION GZIP [90108-166] ERROR [pool-4-thread-1] (InProcessSimulatorLauncher.java:148) simulate - Can't do simulation as_deepv4_2012-09-13-19-09_29 org.nuiton.topia.TopiaException: topia.persistence.error.on.restore at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.restore(TopiaContextImpl.java:1349) at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.importAndRenameZip(SimulationStorage.java:703) at fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage.importAndRenameZip(SimulationStorage.java:653) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.simulate(InProcessSimulatorLauncher.java:123) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.SimulationJob.run(SimulationJob.java:287) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.runTask(Unknown Source) at java.util.concurrent.ThreadPoolExecutor$Worker.run(Unknown Source) at java.lang.Thread.run(Unknown Source) Caused by: org.hibernate.exception.GenericJDBCException: could not execute native bulk manipulation query at org.hibernate.exception.SQLStateConverter.handledNonSpecificException(SQLStateConverter.java:140) at org.hibernate.exception.SQLStateConverter.convert(SQLStateConverter.java:128) at org.hibernate.exception.JDBCExceptionHelper.convert(JDBCExceptionHelper.java:66) at org.hibernate.engine.query.NativeSQLQueryPlan.performExecuteUpdate(NativeSQLQueryPlan.java:219) at org.hibernate.impl.SessionImpl.executeNativeUpdate(SessionImpl.java:1310) at org.hibernate.impl.SQLQueryImpl.executeUpdate(SQLQueryImpl.java:396) at org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.restore(TopiaContextImpl.java:1344) ... 7 more Caused by: org.h2.jdbc.JdbcSQLException: Out of memory.; SQL statement: RUNSCRIPT FROM 'C:\Users\pmarchal\isis-fish-4\isis-database\simulations\as_deepv4_2012-09-13-19-09_29\data-backup.sql.gz' COMPRESSION GZIP [90108-166] at org.h2.message.DbException.getJdbcSQLException(DbException.java:329) at org.h2.message.DbException.get(DbException.java:158) at org.h2.message.DbException.convert(DbException.java:275) at org.h2.command.Command.executeUpdate(Command.java:230) at org.h2.jdbc.JdbcPreparedStatement.executeUpdateInternal(JdbcPreparedStatement.java:143) at org.h2.jdbc.JdbcPreparedStatement.executeUpdate(JdbcPreparedStatement.java:129) at org.hibernate.engine.query.NativeSQLQueryPlan.performExecuteUpdate(NativeSQLQueryPlan.java:210) ... 10 more Caused by: java.lang.OutOfMemoryError: PermGen space INFO [pool-4-thread-1] (SimulationJob.java:209) run - Start simulation: as_deepv4_2012-09-13-19-09_30 INFO [pool-4-thread-1] (SimulationMonitor.java:364) simulationStart - Saving simulation as_deepv4_2012-09-13-19-09_30 as started INFO [pool-4-thread-1] (InProcessSimulatorLauncher.java:102) simulate - simulate as_deepv4_2012-09-13-19-09_30 with file C:\Users\pmarchal\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1347556173156-preparation.zip INFO [pool-4-thread-1] (SimulationStorage.java:687) importAndRenameZip - Import simulation file C:\Users\pmarchal\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1347556173156-preparation.zip in directory C:\Users\pmarchal\isis-fish-4\isis-database\simulations and rename from ^.*?/(.*)$ to as_deepv4_2012-09-13-19-09_30/$1 INFO [pool-4-thread-1] (SimulationStorage.java:694) importAndRenameZip - Last entry was as_deepv4_2012-09-13-19-09_30/simulators/DefaultSimulator.java extract name as_deepv4_2012-09-13-19-09_30 INFO [pool-4-thread-1] (DataStorage.java:209) getStorage - Create new storage for as_deepv4_2012-09-13-19-09_30 ERROR [pool-4-thread-1] (JavassistLazyInitializer.java:165) getProxyFactory - Javassist Enhancement failed: fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationSeasonInfoImpl java.lang.OutOfMemoryError: PermGen space INFO [SimThread as_deepv4_2012-09-13-19-09_30] (InProcessSimulatorLauncher.java:316) localSimulateSameThread - 14/09/12 09:16 Java version: 1.6.0_24-b07 Isis-fish version: 4.1.0.0 INFO [SimThread as_deepv4_2012-09-13-19-09_30] (InProcessSimulatorLauncher.java:291) changeClassLoader - Classloader used for simulation: fr.ifremer.isisfish.aspect.AspectClassLoader@e68945 [file:/C:/Users/pmarchal/isis-fish-4/isis-database/simulations/as_deepv4_2012-09-13-19-09_30/, file:/C:/Users/pmarchal/isis-fish-4/isis-build/as_deepv4_2012-09-13-19-09_30/] INFO [SimThread as_deepv4_2012-09-13-19-09_30] (InProcessSimulatorLauncher.java:203) message - Mise en place des aspects Cache INFO [SimThread as_deepv4_2012-09-13-19-09_30] (SimulationControl.java:202) setText - Mise en place des aspects Cache ERROR [SimThread as_deepv4_2012-09-13-19-09_30] (InProcessSimulatorLauncher.java:429) localSimulateSameThread - Error during simulation java.lang.OutOfMemoryError: PermGen space INFO [SimThread as_deepv4_2012-09-13-19-09_30] (InProcessSimulatorLauncher.java:463) localSimulateSameThread - Simulation time: 2.074 ERROR [SimThread as_deepv4_2012-09-13-19-09_30] (IsisFish.java:635) uncaughtException - Global application exception fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationException: Out of memory try with more memory (option -mx) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:431) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:265) Caused by: java.lang.OutOfMemoryError: PermGen space INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:477) waitAndCheckProgression - Job as_deepv4_2012-09-13-19-09_30 finished INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:590) doPostSimulationOperation - Do post simulation operation for as_deepv4_2012-09-13-19-09_30 INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:202) setText - Recherche de la dernière simulation INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:202) setText - Simulation terminée INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:408) simulationStop - Saving simulation as_deepv4_2012-09-13-19-09_30 as stopped INFO [pool-4-thread-1] (SimulationJob.java:209) run - Start simulation: as_deepv4_2012-09-13-19-09_31 INFO [pool-4-thread-1] (SimulationMonitor.java:364) simulationStart - Saving simulation as_deepv4_2012-09-13-19-09_31 as started INFO [pool-4-thread-1] (InProcessSimulatorLauncher.java:102) simulate - simulate as_deepv4_2012-09-13-19-09_31 with file C:\Users\pmarchal\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1347556173156-preparation.zip INFO [pool-4-thread-1] (SimulationStorage.java:687) importAndRenameZip - Import simulation file C:\Users\pmarchal\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1347556173156-preparation.zip in directory C:\Users\pmarchal\isis-fish-4\isis-database\simulations and rename from ^.*?/(.*)$ to as_deepv4_2012-09-13-19-09_31/$1 INFO [pool-4-thread-1] (SimulationStorage.java:694) importAndRenameZip - Last entry was as_deepv4_2012-09-13-19-09_31/simulators/DefaultSimulator.java extract name as_deepv4_2012-09-13-19-09_31 INFO [pool-4-thread-1] (DataStorage.java:209) getStorage - Create new storage for as_deepv4_2012-09-13-19-09_31 WARN [pool-4-thread-1] (SimulationJob.java:342) run - Can't simulate as_deepv4_2012-09-13-19-09_31 java.lang.OutOfMemoryError: PermGen space INFO [pool-4-thread-1] (SimulationJob.java:209) run - Start simulation: as_deepv4_2012-09-13-19-09_32 INFO [pool-4-thread-1] (SimulationMonitor.java:364) simulationStart - Saving simulation as_deepv4_2012-09-13-19-09_32 as started INFO [pool-4-thread-1] (InProcessSimulatorLauncher.java:102) simulate - simulate as_deepv4_2012-09-13-19-09_32 with file C:\Users\pmarchal\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1347556173156-preparation.zip INFO [pool-4-thread-1] (SimulationStorage.java:687) importAndRenameZip - Import simulation file C:\Users\pmarchal\AppData\Local\Temp\isisfish-simulation-1347556173156-preparation.zip in directory C:\Users\pmarchal\isis-fish-4\isis-database\simulations and rename from ^.*?/(.*)$ to as_deepv4_2012-09-13-19-09_32/$1 INFO [pool-4-thread-1] (SimulationStorage.java:694) importAndRenameZip - Last entry was as_deepv4_2012-09-13-19-09_32/simulators/DefaultSimulator.java extract name as_deepv4_2012-09-13-19-09_32 INFO [pool-4-thread-1] (DataStorage.java:209) getStorage - Create new storage for as_deepv4_2012-09-13-19-09_32 ERROR [pool-4-thread-1] (JavassistLazyInitializer.java:165) getProxyFactory - Javassist Enhancement failed: fr.ifremer.isisfish.entities.PopulationSeasonInfoImpl java.lang.OutOfMemoryError: PermGen space INFO [SimThread as_deepv4_2012-09-13-19-09_32] (InProcessSimulatorLauncher.java:316) localSimulateSameThread - 14/09/12 09:16 Java version: 1.6.0_24-b07 Isis-fish version: 4.1.0.0 INFO [SimThread as_deepv4_2012-09-13-19-09_32] (InProcessSimulatorLauncher.java:291) changeClassLoader - Classloader used for simulation: fr.ifremer.isisfish.aspect.AspectClassLoader@858c86 [file:/C:/Users/pmarchal/isis-fish-4/isis-database/simulations/as_deepv4_2012-09-13-19-09_32/, file:/C:/Users/pmarchal/isis-fish-4/isis-build/as_deepv4_2012-09-13-19-09_32/] INFO [SimThread as_deepv4_2012-09-13-19-09_32] (InProcessSimulatorLauncher.java:203) message - Mise en place des aspects Cache INFO [SimThread as_deepv4_2012-09-13-19-09_32] (SimulationControl.java:202) setText - Mise en place des aspects Cache INFO [SimThread as_deepv4_2012-09-13-19-09_32] (DataStorage.java:164) getMemStorage - Create new memory storage for as_deepv4_2012-09-13-19-09_32 ERROR [SimThread as_deepv4_2012-09-13-19-09_32] (InProcessSimulatorLauncher.java:429) localSimulateSameThread - Error during simulation java.lang.OutOfMemoryError: PermGen space INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:477) waitAndCheckProgression - Job as_deepv4_2012-09-13-19-09_32 finished INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:590) doPostSimulationOperation - Do post simulation operation for as_deepv4_2012-09-13-19-09_32 INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:202) setText - Recherche de la dernière simulation INFO [monitor-thread] (SimulationControl.java:202) setText - Simulation terminée INFO [monitor-thread] (SimulationMonitor.java:408) simulationStop - Saving simulation as_deepv4_2012-09-13-19-09_32 as stopped INFO [SimThread as_deepv4_2012-09-13-19-09_32] (InProcessSimulatorLauncher.java:463) localSimulateSameThread - Simulation time: 2.167 ERROR [SimThread as_deepv4_2012-09-13-19-09_32] (IsisFish.java:635) uncaughtException - Global application exception fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationException: Out of memory try with more memory (option -mx) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher.localSimulateSameThread(InProcessSimulatorLauncher.java:431) at fr.ifremer.isisfish.simulator.launcher.InProcessSimulatorLauncher$SimThread.run(InProcessSimulatorLauncher.java:265) Caused by: java.lang.OutOfMemoryError: PermGen space Merci pour vos lumières Paul -- Paul Marchal IFREMER DOP/DHMMN Laboratoire Ressources Halieutiques de Boulogne/mer Boulogne/mer Fishery Resources Laboratory http://wwz.ifremer.fr/manchemerdunord 150, Quai Gambetta BP 699 62321 Boulogne sur mer FRANCE Tel: (+33) 321 99 56 86 Fax: (+33) 321 99 56 01 Mail: paul.marchal(a)ifremer.fr

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[ANN] - IsisFish 4.2.0.0 released
by forge.codelutin.com Release Notification Sept. 14, 2012

Sept. 14, 2012

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.2.0.0 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: New features: o Add new result storage to store result on file system Issue: 1449. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Fixed Bugs: o Le dépot communauté n'est pas mis à jour au démarrage Issue: 1461. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Impossible d'appeler R depuis un sous processus Issue: 1460. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.2.0.0-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/472 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team

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Nouveau format de stockage des résultats de simulations
by Eric Chatellier Sept. 14, 2012

Sept. 14, 2012

Bonjour, Nous avons développé un nouveau format de stockage des résultats commençant avec la version 4.2.0.0 de IsisFish. Ce nouveau format ne stock plus les résultats dans la base de données, mais dans un fichier indexé enregistré dans le dossier de la simulation. Ce nouveau format de stockage est plus rapide lors de l’exécution de la simulation et beaucoup plus rapide pendant la phase d'export des résultats (de l'ordre de six fois plus rapide). Il résous également un problème mémoire pendant la phase d'export. Concernant son utilisation, il n'y a aucune différence dans l'API. Ce nouveau stockage est une nouvelle implémentation du ResultManager et s'utilise exactement de la même façon que l'ancien. Cela ne change rien du point de vue de l'utilisateur. Cordialement, Eric Chatellier. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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script de pre-simulation
by Stephanie MAHEVAS Sept. 14, 2012

Sept. 14, 2012

Bonjour je voudrais faire un script de presimu qui me change les valeurs de capturabilité. voila le bout de script que j'ai prepare.Mais je ne sais pas comment acceder au simulationStorage et je ne sais pas si la forme/structure est correcte Quelqu'un peut-il jeter un oeil? merci Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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pb de lancement de simu avec nouveau disque dur
by Stephanie MAHEVAS Sept. 13, 2012

Sept. 13, 2012

Eric il semblerait que le lancement avec le disque dur externe ne marche pas... tu peux regarder? D'apres Olivier ca pourrait venir du format disque (NTFS-3G) merci steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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script calibration
by Stephanie MAHEVAS Sept. 13, 2012

Sept. 13, 2012

je voudrais etre sure de ce que ce script fait... Quel partie de ma matrice L2.getSubMatrix(1,2,4).prend ce script???? sachant que les dimensions de L2 = MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP sont /** * Matrix with five dimensions * Dimension 1 : TimeStep * Dimension 2 : Strategy * Dimension 3 : Metier * Dimension 4 : Group * Dimension 5 : Zone */ bout de script dont c'est issu: MatrixND L2 = result.getMatrix(param_Population, ResultName.MATRIX_CATCH_WEIGHT_PER_STRATEGY_MET_PER_ZONE_POP); // log.info("dim de L2" + " " + Arrays.toString(L2.getDim())); /////*** If some strategies, metiers or areas must not be included in the cumulated catches see below else put "//" at the beginning of line 297 and replace "L2" by "L" at line 289 /////*** the strategies or so to exclude must be at the begining or end of the list you enter in the parameters interface /////*** fill the line MatrixND L = L2.getSubMatrix(a,b,c).copy(); as follow : /////*** a = 1 if you want to exclude strategies, 2 if metiers and 4 if areas /////*** b = indice of the first object considered /////*** c = number of object to keep after b, b included MatrixND L = L2.getSubMatrix(1,2,4).copy(); Merci steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Re: [Isis-fish-users] Fwd: les simulations ne se rappatrient pas de caparmor
by Eric Chatellier Sept. 10, 2012

Sept. 10, 2012

Le 10/09/2012 13:42, Olivier BERTHELE a écrit : > Coucou, > > Voilà, Isis est relancé. > Il affiche qu'il est en train de télécharger les résultats... Ok merci. Je vais verifier l'algorithme de controle des simulations en cours pour voir pourquoi il s'arrete seulement pour caparmor. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Fwd: les simulations ne se rappatrient pas de caparmor
by Stephanie.Mahevas＠ifremer.fr Sept. 10, 2012

Sept. 10, 2012

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plan de simu et caparmor
by Stephanie MAHEVAS Sept. 7, 2012

Sept. 7, 2012

Eric, il restent deux simulations de caparmor dans le haut de l'interface de la queue de simulation (simulation terminée). Il semblerait que ISIS n'arrive pas à les recuperer. Est-ce que je quitte ISIS et le relance? Les autres sont bel et bien finies et rappatriées pour celles de caparmor. IL n'y a pas photo entre les tps de simu sur Caparmor (15') et sur ceux le serveur (~4h mais surement polué par les dezippages) a+ steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Numéro de simulation pour AS
by Paul MARCHAL Sept. 6, 2012

Sept. 6, 2012

Bonjour, Je cherche à récupérer le numéro d'une simulation dans une AS. J'ai essayé: context.getSimulationStorage().getParameter().getNumberOfSensitivitySimulation() mais je n'obtiens que le nombre total de simulations. Merci pour vos lumières Paul -- Paul Marchal IFREMER DOP/DHMMN Laboratoire Ressources Halieutiques de Boulogne/mer Boulogne/mer Fishery Resources Laboratory http://wwz.ifremer.fr/manchemerdunord 150, Quai Gambetta BP 699 62321 Boulogne sur mer FRANCE Tel: (+33) 321 99 56 86 Fax: (+33) 321 99 56 01 Mail: paul.marchal(a)ifremer.fr

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analyses de sensibilité
by Paul MARCHAL Sept. 5, 2012

Sept. 5, 2012

Bonjour, Je me lance dans une AS pour la première fois et elle me lance d'emblée un message d'erreur (ceci expliquant sans doute cela). Je ne suis pas sûr d'interpréter l'erreur et je vous envoie le debug. Merci pour votre aide Paul -- Paul Marchal IFREMER DOP/DHMMN Laboratoire Ressources Halieutiques de Boulogne/mer Boulogne/mer Fishery Resources Laboratory http://wwz.ifremer.fr/manchemerdunord 150, Quai Gambetta BP 699 62321 Boulogne sur mer FRANCE Tel: (+33) 321 99 56 86 Fax: (+33) 321 99 56 01 Mail: paul.marchal(a)ifremer.fr

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plan de simulation
by Stephanie MAHEVAS Sept. 4, 2012

Sept. 4, 2012

Eric, mon plan de simu ne semble pas marcher, il y a un objet qui n'a pas la bonne dimension... j'ai verifie le fichier qui remplit matrix. Ca ne vient pas de là. est-ce que cela viendrait de mes fichiers slectivityMerlu.txt et slectivityLangoutine.txt et slectivityMerlu.txt ? j'attache le plan et les fichiers necessaires (dans repertoire PlanSelectivite.zip) merci de ton aide steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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[ANN] - IsisFish 4.1.1.1 released
by forge.codelutin.com Release Notification Sept. 4, 2012

Sept. 4, 2012

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.1.1.1 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: New features: o Fix matrix import semantic mapper for PopulationGroup Issue: 1444. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Add option to control subprocess allocated memory Issue: 1442. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Add option to control caparmor process allocated memory Issue: 1443. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Add option to export factor list into mexico xml file Issue: 1450. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Add option to control subprocess max simultaneous process count Issue: 1445. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Fixed Bugs: o Memory leak is still present when reading result during export Issue: 1435. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.1.1.1-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/454 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team

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