August 2012 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Reunion utilisateurs ISIS 6 et 7 décembre 2012 à Nantes
by Stephanie MAHEVAS Oct. 11, 2012

Oct. 11, 2012

Bonjour à tous je vous rappelle que la prochaine reunion des utilisateurs/developpeurs d'ISIS aura lieu à Nantes les 6 et 7 décembre 2012. La première journée sera consacrée aux présentations (nouveautés, cas d'étude) et la deuxième journée à la programmation java pour l'adaptation ou le développement de nouveaux scripts dans ISIS. Pour s'inscrire : http://poll-o.isis-fish.org/reunion-6-et-7-decembre-2012/ La journée programmation ne sera pas véritablement un TP/formation mais plus une assistance pour lever des difficultés ou des blocages et mettre le pied à l'étrier pour les nouveaux utilisateurs. Il est envisagé d'organiser une formation collective en Java de plusieurs jours avec Code Lutin en 2013. Pour éviter de financer cette formation sur nos budgets de développements, il faudrait la faire inscrire au plan de formation de l'Ifremer. Cela suppose donc que les agents Ifremer intéressés l'affiche comme vœu de formation dès septembre lors de l'entretien individuel . Bonnes vacances ou bon retour Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Re: [Isis-fish-users] Catch weight versus Landings
by Bastien Preuss Sept. 21, 2012

Sept. 21, 2012

Oui c'est bien ça, les Landings sont en abondance. Par contre je ne sais pas pourquoi ... y a-t-il un intérêt à cela? Stéphanie? -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Fabian ZIMMERMANN Envoyé : mercredi 30 mai 2012 17:52 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Catch weight versus Landings Salut, if I'm not mistaken: The Landings are in numbers of fish, not weight. This means it corresponds to the results of Catch and Discards (in numbers), not CatchWeight. Fabian Jessica Andre a écrit : > Bonjour, > > > > Question sur les résultats issues des simu. Techniquement, les landings > cest les Catch Weights les Discards. > > Donc, pour un mois donné, si je somme sur les strategies,metiers et > groups dans mes résultats, et que mes CatchWeight sont 94 tonnes et mes > DiscardsWeight 36,3 tonnes, mes Landings devraient être 57.7t. Or les > résultats me montrent 533.8 tonnes de landings. Comprends pas, comment > est-ce-possible ?! Jai ca pour toute mes espèce, les landings sont > supérieurs aux CatchWeights Si cest une erreur dunité, je la voie pas. > > > > Toute suggestions bienvenues Merci davance > > > > Jess > > > > **************************************************************************** *********** > > *Dr Jessica André* > > Junior Research Fellow > > Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) > > Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) > > University of Tasmania, Private Bag 49 > > Hobart, TAS 7001, Australia > > > > Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 > > Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 > > Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au > > Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 > > > > `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> > > > > > > > > > ------------------------------------------------------------------------ > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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analyses de sensibilité
by Paul MARCHAL Sept. 5, 2012

Sept. 5, 2012

Bonjour, Je me lance dans une AS pour la première fois et elle me lance d'emblée un message d'erreur (ceci expliquant sans doute cela). Je ne suis pas sûr d'interpréter l'erreur et je vous envoie le debug. Merci pour votre aide Paul -- Paul Marchal IFREMER DOP/DHMMN Laboratoire Ressources Halieutiques de Boulogne/mer Boulogne/mer Fishery Resources Laboratory http://wwz.ifremer.fr/manchemerdunord 150, Quai Gambetta BP 699 62321 Boulogne sur mer FRANCE Tel: (+33) 321 99 56 86 Fax: (+33) 321 99 56 01 Mail: paul.marchal(a)ifremer.fr

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plan de simulation
by Stephanie MAHEVAS Sept. 4, 2012

Sept. 4, 2012

Eric, mon plan de simu ne semble pas marcher, il y a un objet qui n'a pas la bonne dimension... j'ai verifie le fichier qui remplit matrix. Ca ne vient pas de là. est-ce que cela viendrait de mes fichiers slectivityMerlu.txt et slectivityLangoutine.txt et slectivityMerlu.txt ? j'attache le plan et les fichiers necessaires (dans repertoire PlanSelectivite.zip) merci de ton aide steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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probleme lorsque je quitte ISIS sous linux
by Stephanie MAHEVAS Aug. 31, 2012

Aug. 31, 2012

voici le debug -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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simulateur avec croissance uniquement au premier mois de saison
by Stephanie MAHEVAS Aug. 31, 2012

Aug. 31, 2012

Eric, voici le simulateur qui doit etre optimise comme le default simulateur. Il faudrait aussi optimise celui que Fabian a adapté. Merci stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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java heap space
by Stephanie MAHEVAS Aug. 31, 2012

Aug. 31, 2012

Bonjour j'ai lancé une simu hier soir. Elle a tourné jusqu' à Aout de la 4eme année puis s'est arretée... avec un probleme de mémoire. Je croyais que ce bug de desallocation de la memoire etait resolu... J'attache mon debug. Merci Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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conversion d'un plan d'analyse de ISIS 3 à ISIS 4
by Stephanie MAHEVAS Aug. 29, 2012

Aug. 29, 2012

bon je galere dans la transformation d'un script de plan d'analyse de isis 3 à isis 4 Ca concerne (je crois?) la lecture des fichiers csv et le remplissage des matrice j'ai des soucis avec la lecture des fichiers(ligne 84) et mettre les semantiques d'une matrice (ligne 85) pourrais-je avoir un p'tit peu d'aide d'un gentil lutin? merci Steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Probleme de memoire pour visualiser les resultats dans l'interface d'ISIS
by Stephanie MAHEVAS Aug. 29, 2012

Aug. 29, 2012

il semblerait que le probleme de memoire se deplace...j'ai maintenant des soucis pour visualiser les resultats. J'ai reussi à regarder la matrice de rejet Merlu par année sommée sur toutes les dimensions et ISIS a commencé à raler quand j'ai voulu regarder celle de la langoustine.... merci de votre aide Steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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plan d'analyse sur equations
by Stephanie MAHEVAS Aug. 28, 2012

Aug. 28, 2012

Je veux modifier les equations de selectivité de la base en utilisant un plan d'analyse Je veux utiliser une methode de type setEquation d'un objet Selectivity. Dans un plan recent ecrit par Camille (en 2011) elle utilisait la methode setContent, qui n'est pas referencée dans l'API... Dans l'API actuellement il existe setEquation... Est-ce que l'API est à jour? Quelle methode dois-je utiliser? merci Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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[ANN] - IsisFish 4.1.1.0 released
by forge.codelutin.com Release Notification Aug. 27, 2012

Aug. 27, 2012

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.1.1.0 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: New features: o Add annotation to not cache method or class call Issue: 1411. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Fixed Bugs: o Fuite mémoire depuis la version 3.2 Issue: 390. Thanks to Jean Couteau. Resolved by echatellier. o Can't create SimulationPlan Issue: 1406. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o ConverterUtil#getConverter must be cached to return only one instance instead of one for each call Issue: 1415. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Add option to delete sensitivity analysis result Issue: 1420. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.1.1.0-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/436 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team

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Temps de simulation long
by Stephanie MAHEVAS Aug. 22, 2012

Aug. 22, 2012

Eric, j'ai l'impression que la duree de simulation est plus longue qu'avant. Je n'ai pas d'ordre de grandeur quantitatif car je n'ai pas osé relancer la version antérieure aux corrections des caches... Puis-je lancer la 4.1.0.2 sans que cela ait d'incidence sur la database4? steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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remplissage effectifs initiaux
by Stephanie MAHEVAS Aug. 22, 2012

Aug. 22, 2012

Eric je n'arrive ni à importer ni à copier des valeurs depuis un fichier csv dans l'interface de saisie des effectifs initiaux. Peux-tu regarder ca rapidement car c'est quelque peu bloquant....? merci stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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semantique des groupes dans matrice de croissance
by Stephanie MAHEVAS Aug. 21, 2012

Aug. 21, 2012

Eric, dans la base de Fabian, la matrice de croissance de la langoustine a une drole de tete...les groupes ne sont pas ordonnés par ordre croissant de 0 à 24 comme ça devrait etre le cas (et comme c'est le cas pour le merlu dans la même base). Peux-tu regarder stp d'ou ça vient ? merci stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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Editions site Web non prises en compte
by Stephanie MAHEVAS Aug. 20, 2012

Aug. 20, 2012

Bonjour je viens de mettre à jour la page nouvelle du site ISIS (avec mon identifiant et en sauvegardant mes ajouts) mais elles ne sont pas visibles... Quelqu'un peut-il me dire ce qui ne va pas??? Merci Stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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[ANN] - IsisFish 4.1.0.3 released
by forge.codelutin.com Release Notification Aug. 10, 2012

Aug. 10, 2012

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.1.0.3 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: New features: o Make TimeStep type managed by MatrixSemanticMapper Issue: 1390. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Add new variable tab for population Issue: 1389. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Fixed Bugs: o Can't open database in offline mode Issue: 1388. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Script are compiled using default encoding Issue: 1395. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o When using statistics, if an exception occurs, it's masked by another one Issue: 1393. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Changes: o Update to nuiton-matrix 2.3 Issue: 1400. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.1.0.3-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/422 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team

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pour la calibration
by Stephanie MAHEVAS Aug. 3, 2012

Aug. 3, 2012

Loic, au cas ou tu ne l'aurais pas repere sur le site voici un tutoriel qui devrait etre utile pour faire le script de calibration de q avec l'algo d'optimisation http://www.isis-fish.org/v4/user/tutorials/simulationPlan.html a+ steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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