May 2011 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

Rules pour mettre une ogive de trie
by camille de la Vega June 7, 2011

June 7, 2011

Bonjour, j'ai fais une règle pour pouvoir mettre une ogive de trie pour le calcul des rejets en m'appuyant sur la règle déjà existante "taille min". Je n'arrive pas à indicer la matrice "discard" pour multiplier chaque valeurs correspondant au groupe de taille (à chaque tour de la boucle for) par le double "rejet" qui est également dépendant du groupe d'age. Actuellement, toute la matrice "discard" est multiplié par "rejet". Vous pouvez m'aider pour coder la multiplication ? Merci ! Camille PopulationMonitor popMon = context.getPopulationMonitor(); SiMatrix siMatrix = SiMatrix.getSiMatrix(context); List<Population> pops = siMatrix.getPopulations(date); for (Population pop : pops) { if (pop.getSpecies().equals(param_species)) { ///if (popMon.getDiscard(date, pop) == null) { MatrixND Catch = popMon.getCatch(pop).copy(); MatrixND discard = popMon.getCatch(pop).copy(); log.info("metier_selectionnes" + metier.getName()); List<PopulationGroup> groups = pop.getPopulationGroup(); for (PopulationGroup group : groups) { log.info("ICI"); double trie = 1/(1+Math.exp(-(group.getLength()-param_Retention_L50)/param_Retention_slope)); log.info("tri" + trie); double rejet = 1-trie; log.info("rejet" + rejet); discard = Catch.mults(rejet); } discard.setName( ResultName.MATRIX_DISCARDS_PER_STR_MET_PER_ZONE_POP); log.info("discard" + discard); popMon.addDiscard(date, pop, discard); } }

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Re: [Isis-fish-users] Pb nombre de dimensions calibration
by Bastien Preuss June 1, 2011

June 1, 2011

Merci Sigrid! Effectivement mon problème venait de la déclaration du nombre de dimensions de "matrixDebarquement" que je rempli avec les "matrixDebarquement" 1 à 4. Je pensais qu'il fallait conserver la dimension des groupes en indiquant qu'il n'y en avait qu'un seul, mais en fait il faut simplement ne pas prendre en compte cette dimension. Pour info, dans la partie du code en question j'obtiens donc maintenant: /////*** specify dimention of the matrix containning observations (observed landings for instance) /////*** numbers of group/columns : could be equal to your number of classes in ISIS but may also be different if your had only aggregated data //int nbGroup = 10; /////*** enter number of observation per year (if you have observation by quarter put 4) / lines of the observations file int nbTrim = nbYear * 12; /////*** enter the number of metiers int nbMet = 4; int[] dimMatrix2 = { nbTrim }; int[] dimMatrix = {nbTrim, nbMet}; matrixDebarquement = MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix); // Cet objet contiendra les 4 seuivants, donc il a une dimension suplémentaire. matrixDebarquement1 = MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix2); matrixDebarquement2 = MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix2); matrixDebarquement3 = MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix2); matrixDebarquement4 = MatrixFactory.getInstance().create(dimMatrix2); matrixDebarquement1.importCSV(new FileReader(debarquementsObserves1), new int[] {0 }); matrixDebarquement2.importCSV(new FileReader(debarquementsObserves2), new int[] {0 }); matrixDebarquement3.importCSV(new FileReader(debarquementsObserves3), new int[] {0 }); matrixDebarquement4.importCSV(new FileReader(debarquementsObserves4), new int[] {0 }); //db.closeContext(); // Remplissage de la matrice matrixDebarquement avec les 4 matrices de débarquement (une par métier). for( MatrixIterator i=matrixDebarquement.iterator(); i.hasNext();){ i.next(); int [] debarquementsObserves = i.getCoordinates(); if (debarquementsObserves[1] == 0){ i.setValue(matrixDebarquement1.getValue(debarquementsObserves[0])); }else if (debarquementsObserves[1] == 1){ i.setValue(matrixDebarquement2.getValue(debarquementsObserves[0])); }else if (debarquementsObserves[1] == 2){ i.setValue(matrixDebarquement3.getValue(debarquementsObserves[0])); }else if (debarquementsObserves[1] == 3){ i.setValue(matrixDebarquement4.getValue(debarquementsObserves[0])); } } Encore merci. Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Sigrid.Lehuta(a)ifremer.fr Envoyé : mercredi 1 juin 2011 02:31 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Pb nombre de dimensions calibration Hello Bastien, Miam bec de canne... voila des codes java qui donnent faim ! tes sommes sont correctes, c est le nombre de dimensions qui ne va pas, 2 pour L et 3 pour obs. si tu fais : obs = obs.reduce() (ca supprime les dimension d une matrice qui n ont qu'un element) ca va marcher... mais je comprends pas pourquoi tu crees ta matrix d observations matrixDebarquement à trois dimensions si tu as juste strategies et metiers... a mon avis y'a un soucis la dedans. tu charges 4 matrices matrixDebarquement1, 2 à 4 a 2 dimensions [nb trim, group], et tu en crees une avec 3 dimensions matrixDebarquement. Veux tu la remplir avec les 4 matrices ? est-ce ce que ces lignes sont sensées faire ?? : for( MatrixIterator i=matrixDebarquement.iterator(); i.hasNext();){ i.next(); int [] debarquementsObserves = i.getCoordinates(); if (debarquementsObserves[1] == 0){ i.setValue(matrixDebarquement1.getValue(debarquementsObserves[0],debarquemen tsObserves[2])); }else if (debarquementsObserves[1] == 1){ i.setValue(matrixDebarquement2.getValue(debarquementsObserves[0],debarquemen tsObserves[2])); }else if (debarquementsObserves[1] == 2){ i.setValue(matrixDebarquement3.getValue(debarquementsObserves[0],debarquemen tsObserves[2])); }else if (debarquementsObserves[1] == 3){ i.setValue(matrixDebarquement4.getValue(debarquementsObserves[0],debarquemen tsObserves[2])); } Si tu veux m'expliquer on peut corriger ca ensemble. Sinon reduce() va marcher. A+ Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)ird.fr> a écrit : > Bonjour, > > > > Jai une erreur lors de ma calibration (je mets le Debug en pj) : il semble > que la matrice des obs nest pas la même dimension que la matrice L des > valeurs simulées, mais je ne comprend pas pourquoi car je fais bien la somme > sur les dimensions nécessaires. > > Ça semble coincer au niveau du nombre de groupes dont je nai pas le détail > dans mes observations de débarquement. La matrice obs garde cette dimension > mais affiche 1, alors que la matrice L (pour laquelle jai sommé sur les > groupes) naffiche pas cette dimension. > > > > dim de obs [12, 4, 1] > > dim de L [12, 4] > > > > 12 correspond aux mois (que je nai pas sommés), 4 aux métiers sélectionnés > (que je nai pas sommés), et 1 au nombre de classes, qui vaut 1 car les > observations sont données toutes tailles confondues. > > Je mets mon script de calibration en pièce jointe. > > > > Est-ce que quelquun saurait doù vient le problème? > > > > Merci. > > > > Bastien > > > > > > > > > > Bastien Preuss > > Doctorant (PhD Student) > > IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie > > 101 Promenade Roger Laroque > > BP A5 > > 98848 Noumea cedex > > New-Caledonia > > Tel: (+687) 260 723 > > P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce > mail qu'en cas de nécessité > > > > > > _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Exclusion de certains métiers pour la calibration
by Bastien Preuss May 31, 2011

May 31, 2011

Bonjour, Je souhaite exclure certains de mes métiers pour réaliser ma calibration. Je calibre espèce par espèce, donc il me faut exclure les métiers qui ne capturent pas lespèce en cours de calibration. La ligne 363 du script de calibration semble permettre de faire cela, mais le problème est comment sélectionner les bons métiers à exclure ?! : /////*** If some strategies, metiers or areas must not be included in the cumulated catches see below else put "//" at the beginning of line 297 and replace "L2" by "L" at line 289 /////*** the strategies or so to exclude must be at the begining or end of the list you enter in the parameters interface /////*** fill the line MatrixND L = L2.getSubMatrix(a,b,c).copy(); as follow : /////*** a = 1 if you want to exclude strategies, 2 if metiers and 4 if areas /////*** b = indice of the first object considered /////*** c = number of object to keep after b, b included //MatrixND L = L2.getSubMatrix(0, 0, 12).copy(); // for instance : keep strategies 2,3,4,5 Dans mon cas jai 8 métiers et je souhaite nen conserver que 4 pour ma calibration sur mon espèce 1. Comment savoir dans quel ordre sont rangés les métiers et quel numéro correspond à quel métier ? De plus il semble quil ne soit possible dexclure que des métiers qui se suivent dans la liste comment faire si les métiers à conserver ne se suivent pas ? Merci de votre aide. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Pb nombre de dimensions calibration
by Bastien Preuss May 31, 2011

May 31, 2011

Bonjour, Jai une erreur lors de ma calibration (je mets le Debug en pj) : il semble que la matrice des obs nest pas la même dimension que la matrice L des valeurs simulées, mais je ne comprend pas pourquoi car je fais bien la somme sur les dimensions nécessaires. Ça semble coincer au niveau du nombre de groupes dont je nai pas le détail dans mes observations de débarquement. La matrice obs garde cette dimension mais affiche 1, alors que la matrice L (pour laquelle jai sommé sur les groupes) naffiche pas cette dimension. dim de obs [12, 4, 1] dim de L [12, 4] 12 correspond aux mois (que je nai pas sommés), 4 aux métiers sélectionnés (que je nai pas sommés), et 1 au nombre de classes, qui vaut 1 car les observations sont données toutes tailles confondues. Je mets mon script de calibration en pièce jointe. Est-ce que quelquun saurait doù vient le problème? Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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rules pour mettre une ogive de trie
by camille de la Vega May 31, 2011

May 31, 2011

Bonjour, j'ai fais une règle pour pouvoir mettre une ogive de trie pour le calcul des rejets en m'appuyant sur la règle déjà existante "taille min". Il y a plusieurs problèmes que je n'arrive pas à résoudre :

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AS plan complet
by Stephanie MAHEVAS May 30, 2011

May 30, 2011

Bonjour je viens de lancer une AS avec un plan complet pour 2 parametres ayant un nbre de modalités différent. et ca plante au moment de l'analyse .... Jean as-tu une idee du pb? merci steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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TMS version
by Bastien Preuss May 30, 2011

May 30, 2011

Bonjour jai une erreur de TMS version, ça na pas lair dempêcher la simulation mais je narrive pas à résoudre cette erreur : ERROR [pool-2-thread-2] (JDBCExceptionReporter.java:101) logExceptions - Table "TMS_VERSION" not found; SQL statement: select this_.version as version133_0_ from tms_version this_ [42102-128] INFO [pool-2-thread-2] (MigrationServiceImpl.java:253) migrateSchema - Database version not found, so database schema is considered as V0 INFO [pool-2-thread-2] (MigrationServiceImpl.java:256) migrateSchema - Application version : 3.3, database version : 0 Faut-il faire quelque chose de particulier? Merci Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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taille minimum au debarquement
by Stephanie MAHEVAS May 24, 2011

May 24, 2011

Bonjour il existe une regle TailleMin qui met dans les rejets les captures dont la taille est inférieure à tailleMin avec en plus un parametre de survie. stephanie PS : merci de creer une nouvel instance de mail quand le sujet change (ne pas faire de reply sur un ancien sujet pour un nouveau sujet) car ca permet de revenir dans les archives par sujet. -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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problème migration
by camille de la Vega May 24, 2011

May 24, 2011

Bonjour, J'ai fais une équation de migration pour que la totalité des poissons des classes de taille 1 à 7 migrent d'une zone de recrutement à une zone de reproduction au deuxième trimestre. Mais ça ne marche pas... Est ce que mon code est correct ? double proportion=0; if(departureZone.getName()=="zone_recrutement_gascogne"&& arrivalZone.getName()=="zone_reproduction_gascogne"){ if (group.getId() == 1) proportion=1; if (group.getId() == 2) proportion=1; if (group.getId() == 3) proportion=1; if (group.getId() == 4) proportion=1; if (group.getId() == 5) proportion=1; if (group.getId() == 6) proportion=1; if (group.getId() == 7) proportion=1; } return proportion; Camille

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Regle de repartition male/femelle
by Jessica Andre May 22, 2011

May 22, 2011

Bonjour, J'ai complété la règle pour la répartition du recrutement entre male et femelle (il n'y avait plus grand-chose a faire après que Stephanie l'ai regardé...). J'ai cependant une dernière erreur a la ligne 170 que je n'arrive pas a debugger (java ne reconnais pas la classe PopulationMonitor) Une suggestion ? Merci d'avance Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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problème de debug
by camille de la Vega May 19, 2011

May 19, 2011

Bonjour, J'ai construit une base avec plusieurs métiers et donc plusieurs stratégies qui correspondent chacune à un métier. Il n'y a que la stratégie "chalut espagnol VIII" qui fonctionne alors que toutes ont été construites de la même façon. Avec les 6 autres stratégies, la simulation s'arrête au mois juin0. Je ne trouve pas la différence qui pourrait faire planter la simulation entre la stratégie qui marche et les autres Et je ne comprends pas le debug... Il y aurait un problème dans la matrice de mortalité par pêche ? Merci de votre aide d'avance ! Camille

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Re: [Isis-fish-users] Calcul des intérsevtion de zone
by Bastien Preuss May 18, 2011

May 18, 2011

Merci Stéphanie, J'aurais dû préciser dans ma question, justement je voulais savoir si l'intersection est recalculée même lorsque les zones ne changent pas (et que donc l'intersection ne change pas)? Bastien -----Message d'origine----- De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr Envoyé : mardi 17 mai 2011 19:36 À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org Objet : Re: [Isis-fish-users] Calcul des intérsevtion de zone oui. Si la zone de peche change, alors la proportion d'effort impactant la zone pop change si le nombre de cellules dans l'intersection change. stephanie Bastien Preuss <Bastien.Preuss(a)ird.fr> a écrit : > Bonjour, > > > > Je voudrais savoir si les intersections de zones (zone de vie / zone de > pêche) sont recalculées à chaque pas de temps ou pas. > > > > Merci. > > > > Bastien > > > > > > Bastien Preuss > > Doctorant (PhD Student) > > IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie > > 101 Promenade Roger Laroque > > BP A5 > > 98848 Noumea cedex > > New-Caledonia > > Tel: (+687) 260 723 > > P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce > mail qu'en cas de nécessité > > > > > > _______________________________________________ Isis-fish-users mailing list Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users

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Calcul des intérsevtion de zone
by Bastien Preuss May 17, 2011

May 17, 2011

Bonjour, Je voudrais savoir si les intersections de zones (zone de vie / zone de pêche) sont recalculées à chaque pas de temps ou pas. Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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problème sur le mois du recrutement
by camille de la Vega May 16, 2011

May 16, 2011

Bonjour ! J'ai une base avec une seule zone qui sert de zone de reproduction et de zone de recrutement. Je voudrais que le recrutement soit constant, de 10 000 individus et qu'il ait lieu au début de chaque année. J'ai donc rempli dans la base, une reproduction au mois de décembre sur 1 mois, un recrutement 0 mois après la reproduction réparti sur un mois et mon équation de reproduction est : for (Zone zone : zoneRepro) { if (month.getMonthNumber==0) { result.setValue(zone,10000); else result.setValue(zone, 0); } } return 0; Mais ce n'est pas le bon code pour spécifier le mois. J'ai essayé de mettre juste /// return 10000; /// ça ne marche pas, il n'y a pas de recrutement lors des simulations. Mais comme il n'y a qu'une seule zone, je ne devrais pas avoir à spécifier la zone si ?

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Repartition du recrutement dans une population male/femelle
by Jessica Andre May 15, 2011

May 15, 2011

Bonjour, J'ai une population structurée en longueur avec les 15 premiers groupes représentant les males et les 15 autres les femelles. La reproduction s'effectue sur 4 mois. Comme je n'ai pas d'équation stock-recrutement, je fourni le nombre de recrus chaque année directement dans l'équation de reproduction : ------------------------------------------------------------------------------------------------- int recruit = 0; int currentYear = context.getSimulationControl().getDate().getYear(); // recruitement of males (Age 0=recruit) has both male and female recruits. // They are then split in the transition tables (0.5 goes to female recruits=Age15) if (currentYear==0) recruit=28242;//Year1=1998 else if (currentYear==1) recruit=30735;//Year1=1999 else if (currentYear==2) recruit=128069;//Year2=2000 else if (currentYear==3) recruit=133271;//Year3=2001 else if (currentYear==4) recruit=66466;//Year4=2002 else if (currentYear==5) recruit=136641;//Year5=2003 else if (currentYear==6) recruit=97484;//Year6=2004 else if (currentYear==7) recruit=118732;//Year7=2005 else if (currentYear==8) recruit=51677;//Year8=2006 else if (currentYear==9) recruit=57565;//Year9=2007 else recruit=40947;//Year10=2008 for (Zone zone : zoneRepro){ result.setValue(zone, recruit/4);//4 corresponds to the 4 months of reproduction } return 0; -------------------------------------------------------------------------------------------------------- En conséquence, mes recrus s'effectuent bien sur 4 mois avec ¼ du recrutement annuel par mois de reproduction, mais elles sont toute dans le groupe Age0 qui correspond aux recrus males seulement. Je veux que la moitie de ces recrus aillent dans le groupe Age15 qui correspondent aux recrus femelles. Je ne vois pas comment le faire depuis l'équation alors j'ai tenté de le faire depuis la matrice de transition dans l'onglet saison, en mettant durant la saison de reproduction une transition de 0.5 de l'Age0 a l'Age0 et 0.5 de l'Age 0 a l'Age15. Ca me séparent bien les recrus mais pas comme il faut (recrutement des femelles est décalé d'un mois, le nombre de recrus n'est pas reparti selon mes attentes) Alors je me re-pose la question : comment est-ce-que je réparti correctement mes recrus entre males et femelles ? Merci d' avance ! Jess *************************************************************************************** Dr Jessica André Junior Research Fellow Wild Fisheries Program-Fisheries Aquaculture & Coasts (FAC) Institute for Marine and Antarctic Studies (IMAS) University of Tasmania, Private Bag 49 Hobart, TAS 7001, Australia Ph: (03) 6227 7284 /Int: +61 3 6227 7284 Fax: (03) 6227 8035 /Int: +61 3 6227 8035 Email: Jessica.Andre(a)utas.edu.au Web: http://fcms.its.utas.edu.au/scieng/mrl/pagedetails.asp?lPersonId=3177 `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º> `·.,, ><(((º>

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Lancement de R sous ISIS
by Paul MARCHAL May 5, 2011

May 5, 2011

Bonjour, Je dois participer à un atelier dans 2 semaines, au cours duquel je dois coupler une règle développée dans ISIS avec un programme écrit en R par les collègues avec qui je dois travailler. Le couplage doit se faire comme suit: au début de chaque année, j'envoie des données issues de mes simulations au programme en R qui les traite et me renvoie des résultas qui alimentent mon propre script, et ainsi de suite. Je pense qu'il faudrait que je puisse lancer le programme en R depuis mon script. Comment puis procéder? Merci pour vos réponses Paul -- Paul Marchal IFREMER RBE/HMMN 150, Quai Gambetta BP 699 62321 Boulogne sur mer FRANCE Tel: (+33) 321 99 56 86 Fax: (+33) 321 99 56 01 Mail: paul.marchal(a)ifremer.fr

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pb au lancement de isis3.3.0.8 et pas de debug.txt
by Stephanie MAHEVAS May 3, 2011

May 3, 2011

Bonjour isis ne se lance pas, j'ai vu dans la fenetre DOS qu'il y avait un message d'erreur mais pas de debug de creer.... merci de votre aide stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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