March 2010 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

message d erreur en V3.3. : impossible de sauver les modifs
by Sigrid LEHUTA April 1, 2010

April 1, 2010

Salut, j ai cette erreur quand je tente de sauver des modifs dans la base pour une espèce. "isis a detecté une erreur, impossible de sauver les modifications." et c est un peu aléatoire au bout d un moment les modifs sont gardées. Avez vous une idee de l origine ? Merci d avance Sigrid Message: org.nuiton.topia.TopiaException: Une erreur est apparue pendant le commit : Row was updated or deleted by another transaction (or unsaved-value mapping was incorrect): [fr.ifremer.isisfish.entities.SpeciesImpl#fr.ifremer.isisfish.entities.Species#1269966702641#0.7280290537031149] Level: SEVERE Stack Trace: Une erreur est apparue pendant le commit : Row was updated or deleted by another transaction (or unsaved-value mapping was incorrect): [fr.ifremer.isisfish.entities.SpeciesImpl#fr.ifremer.isisfish.entities.Species#1269966702641#0.7280290537031149] org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.commitTransaction(TopiaContextImpl.java:655) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputSaveVerifier.topiaSave(InputSaveVerifier.java:330) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputSaveVerifier$1.actionPerformed(InputSaveVerifier.java:87) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) Row was updated or deleted by another transaction (or unsaved-value mapping was incorrect): [fr.ifremer.isisfish.entities.SpeciesImpl#fr.ifremer.isisfish.entities.Species#1269966702641#0.7280290537031149] org.hibernate.persister.entity.AbstractEntityPersister.check(AbstractEntityPersister.java:1782) org.hibernate.persister.entity.AbstractEntityPersister.update(AbstractEntityPersister.java:2425) org.hibernate.persister.entity.AbstractEntityPersister.updateOrInsert(AbstractEntityPersister.java:2325) org.hibernate.persister.entity.AbstractEntityPersister.update(AbstractEntityPersister.java:2625) org.hibernate.action.EntityUpdateAction.execute(EntityUpdateAction.java:115) org.hibernate.engine.ActionQueue.execute(ActionQueue.java:279) org.hibernate.engine.ActionQueue.executeActions(ActionQueue.java:263) org.hibernate.engine.ActionQueue.executeActions(ActionQueue.java:168) org.hibernate.event.def.AbstractFlushingEventListener.performExecutions(AbstractFlushingEventListener.java:321) org.hibernate.event.def.DefaultFlushEventListener.onFlush(DefaultFlushEventListener.java:50) org.hibernate.impl.SessionImpl.flush(SessionImpl.java:1028) org.nuiton.topia.framework.TopiaContextImpl.commitTransaction(TopiaContextImpl.java:640) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputSaveVerifier.topiaSave(InputSaveVerifier.java:330) fr.ifremer.isisfish.ui.input.InputSaveVerifier$1.actionPerformed(InputSaveVerifier.java:87) javax.swing.AbstractButton.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.AbstractButton$Handler.actionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.fireActionPerformed(Unknown Source) javax.swing.DefaultButtonModel.setPressed(Unknown Source) javax.swing.plaf.basic.BasicButtonListener.mouseReleased(Unknown Source) java.awt.Component.processMouseEvent(Unknown Source) javax.swing.JComponent.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.Component.processEvent(Unknown Source) java.awt.Container.processEvent(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.retargetMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.processMouseEvent(Unknown Source) java.awt.LightweightDispatcher.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.Container.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Window.dispatchEventImpl(Unknown Source) java.awt.Component.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventQueue.dispatchEvent(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpOneEventForFilters(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForFilter(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEventsForHierarchy(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.pumpEvents(Unknown Source) java.awt.EventDispatchThread.run(Unknown Source) -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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Isis-Fish 3.0.0.1 est disponible
by Eric Chatellier March 30, 2010

March 30, 2010

Bonjour, Une nouvelle version d'Isis-Fish est disponible au téléchargement à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… Cette version rend configurable l'emplacement de Java pour utiliser un autre serveur de simulation que caparmor. Le changelog complet est disponible à l'adresse : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/wiki-moin/instance/cgi-bin/moin.… -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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probleme de lancement V3.3.0
by Stephanie MAHEVAS March 29, 2010

March 29, 2010

Bonjour un collègue (Alain FRANC) en cours d'inscription à la liste des utilisateurs vient d'installer la nouvelle version d'ISIS apres avoir verifie qu'il avait bien la version 1.6 de Java (il a la version 1.6.0_7), il a clique sur le .bat. Resultat : la fenetre DOS se lance avec pour simple commentaire "isis starting..." mais au bout d'une demi-heure toujours pas d'ISIS... voici le debug et son commentaire "ce serait pas mal d'avoir un message plus explicite sur ce que fait ISIS ...". merci d'avance Stephanie pour Alain -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ...................................................................... [Script] R_HOME not found [Script] Path = C:\Perl\bin\;C:\Program Files\MiKTeX 2.7\miktex\bin;C:\WINDOWS\system32;C:\WINDOWS;C:\WINDOWS\System32\Wbem;C:\Program Files\Fichiers communs\Roxio Shared\DLLShared\;C:\Program Files\Fichiers communs\GTK\2.0\bin;c:\delta;C:\_AF\phylip-3.68\exe;C:\MinGW\bin INFO [main] (IsisFish.java:314) init - Starting Isis-Fish with args : [] INFO [main] (IsisFish.java:319) init - 29/03/10 15:11 Java version: 1.6.0_07-b06 Isis-fish version: 3.3.0.0 INFO [main] (URLConverter.java:68) <init> - org.nuiton.util.URLConverter@16fe0f4 INFO [main] (ConverterUtil.java:163) initConverters - register converter org.nuiton.util.URLConverter@16fe0f4 INFO [main] (ConverterUtil.java:163) initConverters - register converter org.nuiton.util.URIConverter@a4e2e3 INFO [main] (ConverterUtil.java:163) initConverters - register converter org.nuiton.util.VersionConverter@2a15cd INFO [main] (ConverterUtil.java:163) initConverters - register converter org.nuiton.util.LocaleConverter@121ab80 INFO [main] (IsisConfig.java:886) parse - Check configuration change INFO [main] (IsisConfig.java:907) parse - Config file migration done INFO [main] (Resource.java:361) getURLs - search URLs pattern: .*i18n/.+\.properties in 9 urls in 258,436ms INFO [main] (I18nLoader.java:162) init - 9 bundle(s) found, [18 file(s)] in 4,763ms INFO [main] (I18nLoader.java:233) addLanguage - Language <locale: fr_FR,nbStences:1321>, nbEntries: 9, nbSentences: 1321 in 21,142ms INFO [main] (IsisFish.java:432) initVCS - Check state of local repository: C:\Documents and Settings\Alain\isis-database-3 INFO [main] (IsisFish.java:461) initVCS - Local repository don't exist INFO [main] (VCSSVN.java:135) getSVNManager - Try to connect to svn://labs.libre-entreprise.org/svnroot/isis-fish-data INFO [main] (VCSSVN.java:223) isConnected - Connexion au serveur disponible, passage en mode connecté : svn://labs.libre-entreprise.org/svnroot/isis-fish-data/ INFO [main] (VCSSVN.java:531) checkout - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (VCSSVN.java:1078) update - À la révision : 235 INFO [main] (RegionStorage.java:237) getRegion - Try to open region DemoRegion(C:\Documents and Settings\Alain\isis-database-3\regions\DemoRegion) INFO [main] (DataStorage.java:205) getStorage - Create new storage for DemoRegion INFO [main] (TopiaContextImpl.java:199) loadServices - Le service topia.service.migration chargé par org.nuiton.topia.migration.TopiaMigrationServiceImpl INFO [main] (MigrationServiceImpl.java:226) migrateSchema - Starting Topia Migration Service ERROR [main] (JDBCExceptionReporter.java:101) logExceptions - Table "TMS_VERSION" not found; SQL statement: select this_.version as version26_0_ from tms_version this_ [42102-128] INFO [main] (MigrationServiceImpl.java:249) migrateSchema - Database version not found, so database schema is considered as V0 INFO [main] (MigrationServiceImpl.java:252) migrateSchema - Application version : 3.3, database version : 0 INFO [main] (Resource.java:361) getURLs - search URLs pattern: .*oldmappings/IsisFish/0/.*\.hbm\.xml in 84 urls in 1,859s INFO [main] (MigrationServiceImpl.java:286) migrateSchema - Database is up to date, no migration needed. INFO [main] (TopiaMigrationServiceImpl.java:249) postRestoreSchema - postRestoreSchema event detected, redo, schema migration INFO [main] (MigrationServiceImpl.java:226) migrateSchema - Starting Topia Migration Service ERROR [main] (JDBCExceptionReporter.java:101) logExceptions - Table "TMS_VERSION" not found; SQL statement: select this_.version as version107_0_ from tms_version this_ [42102-128] INFO [main] (MigrationServiceImpl.java:249) migrateSchema - Database version not found, so database schema is considered as V0 INFO [main] (MigrationServiceImpl.java:252) migrateSchema - Application version : 3.3, database version : 0 INFO [main] (Resource.java:361) getURLs - search URLs pattern: .*oldmappings/IsisFish/0/.*\.hbm\.xml in 84 urls in 1,808s INFO [main] (MigrationServiceImpl.java:276) migrateSchema - Database need update

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Fwd: isis logo
by hilaire.drouineau March 26, 2010

March 26, 2010

et qu'est ce que vous en pensez comme ça? isis

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Récupérer une matrice en cours de simulation.
by Benoit Archambault March 12, 2010

March 12, 2010

Bonjour. Je dois récupérer, en cours de simulation, les valeurs d'une matrice, Abundance par exemple. Ceci afin d'exporter la matrice dans un String puis d'écrire le String dans un csv. (cf message de Sigrid, merci pour la réponse). Je vois bien comment cela est fait à la fin d'une simulation (cf exports), mais je n'arrive pas à retrouver le chemin menant à cette matrice en cours de simulation. Je pense qu'il me manque un paramètre du style "currentsimulation" et après peut être récupérer la marice comme ceci: MatrixND mat = currentsimulation.getResultStorage().getMatrix(param_pop, ResultName.MATRIX_ABUNDANCE); J'espère avoir été clair. Merci, Benoit

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writeString ??
by Sigrid LEHUTA March 11, 2010

March 11, 2010

Hello on a essayé d exporter des valeurs dans un fichier (en inspirant de ce qui est fait dans le script calibration). Voici notre essai en pj. on se heurte a un nullpointerexception concernant la ligne org.nuiton.util.FileUtil.writeString(exportHistoric, exportHisto); et on ne comprend pas pourquoi car on fait exactement comme dans calibration. Vous voyez le problème ? Merci !! -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123) /* * Copyright (C) 2010 slehuta * * This program is free software; you can redistribute it and/or * modify it under the terms of the GNU General Public License * as published by the Free Software Foundation; either version 2 * of the License, or (at your option) any later version. * * This program is distributed in the hope that it will be useful, * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE. See the * GNU General Public License for more details. * * You should have received a copy of the GNU General Public License * along with this program; if not, write to the Free Software * Foundation, Inc., 59 Temple Place - Suite 330, Boston, MA 02111-1307, USA. */ package rules; import static org.nuiton.i18n.I18n._; import org.apache.commons.logging.Log; import org.apache.commons.logging.LogFactory; import scripts.ResultName; import java.io.*; import java.io.Writer; import java.util.*; import org.nuiton.math.matrix.*; import org.nuiton.topia.*;// pour pouvoir utiliser la methode StringUtil.toDouble() import org.nuiton.util.*;// pour pouvoir utiliser la methode StringUtil.toDouble() import org.nuiton.math.matrix.*; import fr.ifremer.isisfish.util.Doc; import fr.ifremer.isisfish.simulator.SimulationContext; import fr.ifremer.isisfish.types.Date; import fr.ifremer.isisfish.entities.*; import fr.ifremer.isisfish.rule.AbstractRule; import fr.ifremer.isisfish.datastore.SimulationStorage; import fr.ifremer.isisfish.datastore.ResultStorage; /** * TestBenoit.java * * Created: 11 mars 2010 * * @author slehuta <user.name(a)vcs.hostName> * @version $Revision: 1545 $ * Last update: $Date: 11 mars 2010 $ * by : $Author: slehuta $ */ public class TestBenoit extends AbstractRule { /** to use log facility, just put in your code: log.info("..."); */ private static Log log = LogFactory.getLog(TestBenoit.class); File exportHistoric = new File ("testBen.csv"); protected String exportHisto = ""; protected MatrixND matMort; public Population param_pop = null; public String [] necessaryResult = { // put here all necessary result for this rule // example: // ResultName.MATRIX_BIOMASS, // ResultName.MATRIX_NET_VALUE_OF_LANDINGS_PER_STRATEGY_MET, }; public String[] getNecessaryResult() { return this.necessaryResult; } /** * Permet d'afficher a l'utilisateur une aide sur la regle. * @return L'aide ou la description de la regle */ public String getDescription() throws Exception { // TODO return _("TODO description rule"); } /** * AppelÃƒÂ© au dÃƒÂ©marrage de la simulation, cette mÃƒÂ©thode permet d'initialiser * des valeurs * @param simulation La simulation pour lequel on utilise cette regle */ public void init(SimulationContext context) throws Exception { matMort = param_pop.getNaturalDeathRateMatrix(); System.out.println("matMort "+matMort); log.debug("matMort 2 "+matMort); } /** * La condition qui doit etre vrai pour faire les actions * @param simulation La simulation pour lequel on utilise cette regle * @return vrai si on souhaite que les actions soit faites */ public boolean condition(SimulationContext context, Date date, Metier metier) throws Exception { // TODO return true; } /** * Si la condition est vrai alors cette action est executÃƒÂ©e avant le pas * de temps de la simulation. * @param simulation La simulation pour lequel on utilise cette regle */ public void preAction(SimulationContext context, Date date, Metier metier) throws Exception { System.out.println("pre action"); exportHisto = "ben alors"; org.nuiton.util.FileUtil.writeString(exportHistoric, exportHisto); } /** * Si la condition est vrai alors cette action est executÃƒÂ©e apres le pas * de temps de la simulation. * @param simulation La simulation pour lequel on utilise cette regle */ public void postAction(SimulationContext context, Date date, Metier metier) throws Exception { // TODO } }

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Re: [Isis-fish-users] erreur version 3.3
by Eric Chatellier March 11, 2010

March 11, 2010

Le 11/03/2010 00:04, Bastien Preuss a écrit : > Bonjour Eric, > > Je viens de réaliser la manip que tu m'as conseillé, ça semble fonctionner! > Dans le fichier Debug (en PJ) il reste quelques erreurs, mais je ne sais pas > si elle sont importantes ou pas. > Bonjour, Les erreurs sont liées aux cartes. Si les cartes s'affichent correctement, elles ne doivent pas être importante. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-users] erreur version 3.3
by Eric Chatellier March 10, 2010

March 10, 2010

Le 09/03/2010 00:37, Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour, > Bonjour, > Je viens de passer à la version 3.3 et j’obtiens pas mal d’erreur au > lancement, dont les deux qui suivent. Je mets aussi en PJ le debug. > Votre dossier C:\Documents and Settings\bpreuss\isis-database-3 n'a pas l'air cohérent :( Je ne comprend pas l'erreur de base, mais la mise à jour en 3.3 échoue. Suivi d'une autre erreur de migration qu'a rencontré Sigrid, mais que je pensait avoir résolu :( Le plus simple est de récupérer une base de donnée propre en "renommant" votre dossier isis-database-3, et en relançant Isis pour qu'il en télécharge une nouvelle (pensez à recopier vos bases de données, et script ensuite). > > Autre petite question : pourquoi dans l’onglet analyse de sensibilité > : choix de la méthode, dans le menu déroulant il n’y a aucune méthode > à sélectionner ? > C'est lié à l'erreur de mise à jour. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-users] Calibration
by Sigrid LEHUTA March 9, 2010

March 9, 2010

Bastien Preuss a écrit : > Merci Sigrid pour ces explications! > > Une dernière chose pour être sure: à propos de q1 et q2: se sont deux > valeurs de capturabilité différentes, qui correspondent à des classes et/ou > zones différentes? oui exactement > Ou est-ce réellement une décomposition de la > capturabilité q (avec un truc du genre q = q1 * q2; mais ça ne me parait pas > très intéressant à faire cette décomposition dans ce cas...). > Ce genre de décomposition peut servir pour réduire le nombre de coeff a estimer mais tu aurais q2 = 5*q1 Par exemple, si tu veux estimer 3 coeff de capturabilité (q0, q1, q2) mais que tu as seulement la possibilité de faire un simplex a 2 variables. Tu peux supposer que q1 = 100*q2 pour des raisons biologiques. Et du coup tu te ramenes a un probleme a deux inconnues. > Je n'ai pas bien saisi dans le modèle à quoi correspondait réellement q1 et > q2 > ca c est toi qui le décide : mettons que tu as 3 classes et 2 saisons. Tu ne peux pas estimer les 6 parametres. mais tu te doutes que la capturabilité du groupe 0 est tres différente de celle des groupes 1 à 2 (parce qu ils se cachent dans le corail par exemple et pas les autres). Et tu sais aussi que l'hiver ils sont plus difficiles a attrapés (parce qu ils sont plus visqueux par exemple ;-) et ils sont disons 2 fois plus visqueux) et que les ages 3 sont 3 fois plus faciles a attraper que les ages 2. Du coup tu decides que ta matrice de capturabilité sera de cette forme : hiver ete Age 0 q1 / 2 q1 Age 1 q2 / 2 q2 Age 2 q2 *3/2 q2 * 3 ca ca se specifie dans le code de capturabilité dans la méthode changeDB. Attention quand meme d etre sur de ne pas confondre la capturabilité avec d autres facteurs (ciblage selectivité... ) quand tu fais ce genre d hypotheses. C'est plus clair ? Bonne nuit ! > > > Merci. > > Bastien > > > > > > > -----Message d'origine----- > De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Sigrid > LEHUTA > Envoyé : mardi 9 mars 2010 19:45 > À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Objet : Re: [Isis-fish-users] Calibration > > Hello Bastien, > > Oui oui t as bien compris ! > > >> Lors de la calibration de la capturabilité dans ISIS, il y a q1 et q2 >> comme facteurs (c’est donc un simplexe à 2 facteurs ; avec trois >> couples de facteurs, initialisés avec M1, M2 et M3), c’est bien cela ? >> >> > Yep ! comme tu l as vu dans le walters c est geometrique donc attention > a former un joli triangle de depart avec une distance pertinente entre > les points initiaux : si c est trop grand il risque de partir rapidement > en negatif, si c est trop petit c est moins grave mais plus long.... L > ideal c est de tester plusieurs simplex initiaux pour verifier qu on est > dans tombé dans des minimums locaux. > >> Par contre, je ne suis pas sure de bien comprendre à quoi >> correspondent q1 et q2… ? C’est une décomposition de la capturabilité q ? >> >> > Oui c est ca. En fait, dans isis, la capturabilité peut dependre de la > classe et de la saison. Ca fait potentiellement bcp de valeurs à > estimer. pour des probleme d identifiabilité et de pertinence on a fait > des hypotheses, on imagine que certaines valeurs sont identiques et on > essaie de garder seulement quelques (2 ou 3) coeff a estimer. > Il existe je crois des simplexes de plus grande dimenssion et aussi d > autres methodes de calibration qui permettent d estimer un plus grands > nombre de parametres (algo genetiques par ex) mais il faut les coder. > > >> Dans le script, la fonction objectif, c’est bien le critère ? >> c'est-à-dire le carré de l’écart entre observé et simulé (ligne 328) ? >> Mais pourquoi crit + (obs-simu)^2 ? >> >> > Oui c est une betise de l appeler critere c est bien la fonction objectif. > Premiere chose, il n y a aucune obligation a calibrer sur les captures > et encore moins sur les captures par age, c est selon la pertinence les > données dispo... > ensuite on a choisit comme fonction la somme sur les dates et les ages > de : captures observées - captures simulees > on a donc d abord creer la matrice captures simulées par age et dates > (les captures observees sont au meme format): ensuite avec le matrix > iterator on se promene dans la matrice et a chaque case on calcule > (obs-sim)^2 et on l ajoute au total deja calculé (crit). Comme ca on a > la valeur de la fonction objectif sur toute la duree de simulation et > toutes les classes ... on pourrait choisir de ponderer aussi des dates > ou des classes... > Ca repond a ta question ? > > A++ > > >> Merci. >> >> Bastien >> >> Bastien Preuss >> >> Doctorant (PhD Student) >> >> IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie >> >> 101 Promenade Roger Laroque >> >> BP A5 >> >> 98848 Noumea cedex >> >> New-Caledonia >> >> Tel: (+687) 260 723 >> >> P_ __afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de >> n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité_ >> >> ------------------------------------------------------------------------ >> >> _______________________________________________ >> Isis-fish-users mailing list >> Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org >> http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users >> >> > > -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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Re: [Isis-fish-users] Calibration
by Sigrid LEHUTA March 9, 2010

March 9, 2010

Hello Bastien, Oui oui t as bien compris ! > Lors de la calibration de la capturabilité dans ISIS, il y a q1 et q2 > comme facteurs (c’est donc un simplexe à 2 facteurs ; avec trois > couples de facteurs, initialisés avec M1, M2 et M3), c’est bien cela ? > Yep ! comme tu l as vu dans le walters c est geometrique donc attention a former un joli triangle de depart avec une distance pertinente entre les points initiaux : si c est trop grand il risque de partir rapidement en negatif, si c est trop petit c est moins grave mais plus long.... L ideal c est de tester plusieurs simplex initiaux pour verifier qu on est dans tombé dans des minimums locaux. > > Par contre, je ne suis pas sure de bien comprendre à quoi > correspondent q1 et q2… ? C’est une décomposition de la capturabilité q ? > Oui c est ca. En fait, dans isis, la capturabilité peut dependre de la classe et de la saison. Ca fait potentiellement bcp de valeurs à estimer. pour des probleme d identifiabilité et de pertinence on a fait des hypotheses, on imagine que certaines valeurs sont identiques et on essaie de garder seulement quelques (2 ou 3) coeff a estimer. Il existe je crois des simplexes de plus grande dimenssion et aussi d autres methodes de calibration qui permettent d estimer un plus grands nombre de parametres (algo genetiques par ex) mais il faut les coder. > Dans le script, la fonction objectif, c’est bien le critère ? > c'est-à-dire le carré de l’écart entre observé et simulé (ligne 328) ? > Mais pourquoi crit + (obs-simu)^2 ? > Oui c est une betise de l appeler critere c est bien la fonction objectif. Premiere chose, il n y a aucune obligation a calibrer sur les captures et encore moins sur les captures par age, c est selon la pertinence les données dispo... ensuite on a choisit comme fonction la somme sur les dates et les ages de : captures observées - captures simulees on a donc d abord creer la matrice captures simulées par age et dates (les captures observees sont au meme format): ensuite avec le matrix iterator on se promene dans la matrice et a chaque case on calcule (obs-sim)^2 et on l ajoute au total deja calculé (crit). Comme ca on a la valeur de la fonction objectif sur toute la duree de simulation et toutes les classes ... on pourrait choisir de ponderer aussi des dates ou des classes... Ca repond a ta question ? A++ > Merci. > > Bastien > > Bastien Preuss > > Doctorant (PhD Student) > > IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie > > 101 Promenade Roger Laroque > > BP A5 > > 98848 Noumea cedex > > New-Caledonia > > Tel: (+687) 260 723 > > P_ __afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de > n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité_ > > ------------------------------------------------------------------------ > > _______________________________________________ > Isis-fish-users mailing list > Isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > http://list.isis-fish.org/cgi-bin/mailman/listinfo/isis-fish-users > -- Sigrid LEHUTA ~ ><> ~ Doctorante Département Ecologie et Modèles pour l'Halieutique IFREMER, rue de l'ile d'Yeu BP 21105 44311 Nantes Cedex 03 Tél : +33 (0)2 40 37 41 23 (interne : 8123)

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erreur version 3.3
by Bastien Preuss March 8, 2010

March 8, 2010

Bonjour, Je viens de passer à la version 3.3 et jobtiens pas mal derreur au lancement, dont les deux qui suivent. Je mets aussi en PJ le debug. Autre petite question : pourquoi dans longlet analyse de sensibilité : choix de la méthode, dans le menu déroulant il ny a aucune méthode à sélectionner ? Merci. Bastien Erreur Message: fr.ifremer.isisfish.IsisFishException: Can't load class: scripts.ResultName Level: SEVERE Stack Trace: Can't load class: scripts.ResultName fr.ifremer.isisfish.datastore.JavaSourceStorage.getCodeClass(JavaSourceStora ge.java:143) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.getResultNames(SimulAction.java :229) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.init(SimulAction.java:129) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.<init>(SimulAction.java:117) fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.createSimulUI(WelcomeTabUI.java:462) fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.$initialize(WelcomeTabUI.java:283) fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.<init>(WelcomeTabUI.java:82) fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$initialize(WelcomeUI.java:725) fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.<init>(WelcomeUI.java:230) fr.ifremer.isisfish.IsisFish.launchUI(IsisFish.java:602) fr.ifremer.isisfish.IsisFish.main(IsisFish.java:150) Erreur Message: fr.ifremer.isisfish.IsisFishException: Can't load class: scripts.ResultName Level: SEVERE Stack Trace: Can't load class: scripts.ResultName fr.ifremer.isisfish.datastore.JavaSourceStorage.getCodeClass(JavaSourceStora ge.java:143) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulAction.getResultNames(SimulAction.java :229) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.setListSimulResultChooseMode l(ResultChoiceUI.java:57) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.refresh(ResultChoiceUI.java: 48) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.$initialize(ResultChoiceUI.j ava:296) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.ResultChoiceUI.<init>(ResultChoiceUI.java:1 08) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulUI.createResultChoiceUI(SimulUI.java:4 64) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulUI.$initialize(SimulUI.java:350) fr.ifremer.isisfish.ui.simulator.SimulUI.<init>(SimulUI.java:127) fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.createSimulUI(WelcomeTabUI.java:462) fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.$initialize(WelcomeTabUI.java:283) fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeTabUI.<init>(WelcomeTabUI.java:82) fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.$initialize(WelcomeUI.java:725) fr.ifremer.isisfish.ui.WelcomeUI.<init>(WelcomeUI.java:230) fr.ifremer.isisfish.IsisFish.launchUI(IsisFish.java:602) fr.ifremer.isisfish.IsisFish.main(IsisFish.java:150) Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Calibration
by Bastien Preuss March 8, 2010

March 8, 2010

Bonjour, Je suis en train de lire le script de calibration du wiki utilisant la méthode du simplexe à pas variable, mais à vrai dire, je suis plutôt en train de déchiffrer du Java! Mais ça viens La lecture de Walters est très éclairante sur le sujet, et donc je me pose des questions. Lors de la calibration de la capturabilité dans ISIS, il y a q1 et q2 comme facteurs (cest donc un simplexe à 2 facteurs ; avec trois couples de facteurs, initialisés avec M1, M2 et M3), cest bien cela ? Par contre, je ne suis pas sure de bien comprendre à quoi correspondent q1 et q2 ? Cest une décomposition de la capturabilité q ? Dans le script, la fonction objectif, cest bien le critère ? c'est-à-dire le carré de lécart entre observé et simulé (ligne 328) ? Mais pourquoi crit + (obs-simu)^2 ? Merci. Bastien Bastien Preuss Doctorant (PhD Student) IFREMER - IRD - Université de Nouvelle-Calédonie 101 Promenade Roger Laroque BP A5 98848 Noumea cedex New-Caledonia Tel: (+687) 260 723 P afin de contribuer au respect de l'environnement, merci de n'imprimer ce mail qu'en cas de nécessité

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Re: [Isis-fish-users] CAPARMOR accès extranet
by Eric Chatellier March 5, 2010

March 5, 2010

Le 16/02/2010 22:48, Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour à tous, > Bonjour, > > J’ai contacté Tina pour savoir si je pouvais avoir accès à CAPARMOR en > n’étant pas sur le réseau IFREMER, et sa réponse est qu’il est > possible d’utiliser le « portail extranet ». > > Ma question est donc de savoir s’il est possible de configurer l’accès > en extranet à CAPARMOR via l’interface ISIS ? > En fait, par cette méthode, on n'accède pas "directement" à caparmor. Il y a un serveur "bannec" (ssh vbannec) sur lequel on arrive avant, et depuis lequel on ne peut pas lancer de simulation. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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Re: [Isis-fish-users] TR: TR: Cluster
by Eric Chatellier March 2, 2010

March 2, 2010

Le 01/03/2010 23:31, Bastien Preuss a écrit : > De Jérôme Lefèvre > (Administrateur Cluster Nouméa) > > Bonjour, > Bonjour, > Nous disposons d'un cluster à base de bi-pocesseur Opteron (4 cores par > machine) totalisant 40 Cores, sous OS Fedora core 8 et gestionnaire de job > PBS (Torque) Nous l'utilisons à des fins de calculs intensifs pour les codes > Ocean/Atmosphère (WRF, MARS, ROMS ...). > Le système OS installé est dégraissé (par exemple Java n'est pas installé), > mais je peux l'ajouter si besoin. > > Pour le lancement, Bastien m'a parlé d'un module Java qui se charge de > l'interaction avec Caparmor, c-a-d, je suppose, avec le gestionnaire de job > installé sur Caparmor. Est-ce cela ? Comment faire en sorte que le module de > lancement des jobs discute avec PBS ? Finalement, c'est exactement la même architecture que Caparmor. IsisFish communique avec le serveur via SSH et lance les jobs via PBS. Il vérifie périodiquement l'avancement de simulation et télécharge les résultats via SSH également. > Enfin, quelles sont les prerequis > software pour permettre l'utilisation du logiciel Isis Fish sur notre > cluster (voir descriptif Cluster pièce jointe) ? > Idéalement, seul le JDK java 6 est nécessaire. Cependant, suivant votre descriptif, le serveur est en 64bits (comme caparmor), et nous obtenons de meilleurs performance avec un JDK Java en 32bit. Sur caparmor, nous avons installé Java 6 en 32 bits sur un compte utilisateur avec accord de l'administrateur. Les scripts PBS pointe sur cette instance de Java. > Idealement, on souhaiterait lancer isis Fish sur les noeuds du cluster en > passant par le gestionnaire de Job PBS. On peut s'arranger pour installler > les composant d'Isis Fish sur chaque noeuds de calcul ou alors sur l'espace > HOME partagé par les noeuds via le système de fichier partagé NFS. La base > de donnée IsisFish pouvant elle être installée sur l'espace partagé HOME. Il est préférable que IsisFish soit également sur le HOME utilisateur car il doit être mis à jour à chaque version. > On > ne pourra pas utiliser l'interface graphique sous Windows, l'environnement > du cluster étant accessible que sous Linux. > Toute la communication s'effectue via SSH via IsisFish, un serveur ssh classique est donc suffisant (Isis supporte toutes les méthodes d'authentification). Tel que c'est défini, vous n'avez aucune action particulières à effectuer (sauf java peut-être). Le soucis restant étant de tester le fonctionnement et de configurer IsisFish pour ce cluster. Est-il possible d'y accéder depuis l'extérieur ? > Merci > Jérôme Lefèvre > Cordialement. -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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TR: TR: Cluster
by Bastien Preuss March 1, 2010

March 1, 2010

Bonjour Eric, Voici la réponse du responsable du Cluster. Si jamais vous préférer sortir de la liste user pour échanger à ce sujet, son adresse mail est jerome.lefevre(a)ird.fr De Jérôme Lefèvre (Administrateur Cluster Nouméa) Bonjour, Nous disposons d'un cluster à base de bi-pocesseur Opteron (4 cores par machine) totalisant 40 Cores, sous OS Fedora core 8 et gestionnaire de job PBS (Torque) Nous l'utilisons à des fins de calculs intensifs pour les codes Ocean/Atmosphère (WRF, MARS, ROMS ...). Le système OS installé est dégraissé (par exemple Java n'est pas installé), mais je peux l'ajouter si besoin. Pour le lancement, Bastien m'a parlé d'un module Java qui se charge de l'interaction avec Caparmor, c-a-d, je suppose, avec le gestionnaire de job installé sur Caparmor. Est-ce cela ? Comment faire en sorte que le module de lancement des jobs discute avec PBS ? Enfin, quelles sont les prerequis software pour permettre l'utilisation du logiciel Isis Fish sur notre cluster (voir descriptif Cluster pièce jointe) ? Idealement, on souhaiterait lancer isis Fish sur les noeuds du cluster en passant par le gestionnaire de Job PBS. On peut s'arranger pour installler les composant d'Isis Fish sur chaque noeuds de calcul ou alors sur l'espace HOME partagé par les noeuds via le système de fichier partagé NFS. La base de donnée IsisFish pouvant elle être installée sur l'espace partagé HOME. On ne pourra pas utiliser l'interface graphique sous Windows, l'environnement du cluster étant accessible que sous Linux. Merci Jérôme Lefèvre Bastien Preuss a écrit : > -----Message d'origine----- > De : isis-fish-users-bounces(a)list.isis-fish.org > [mailto:isis-fish-users-bounces@list.isis-fish.org] De la part de Eric > Chatellier > Envoyé : lundi 1 mars 2010 20:17 > À : isis-fish-users(a)list.isis-fish.org > Objet : Re: [Isis-fish-users] Cluster > > Le 28/02/2010 22:36, Bastien Preuss a écrit : > >> Bonjour à tous, >> >> > Bonjour, > > >> Une nouvelle question pour les informaticiens ! >> >> Après quelques échanges de mails, il semble donc quil ne me sera pas >> possible dutiliser Caparmor >> >> Cependant, nous disposons dun Cluster ici, qui fait habituellement >> tourner des modèles hydrodynamiques. >> >> La machine est disponible régulièrement, donc je pense pouvoir lutiliser. >> >> La personne qui gère le cluster me demande si mon modèle peut être >> parallélisé et tourner sur plusieurs CPU, jimagine que cest déjà ce >> qui est fait avec Caparmor ? >> >> > En fait non, une simulation n'est pas parallélisable. > Ce qui est "parallélisé" c'est les plans de simulation et les plans > d'analyse. Plusieurs simulations tournent en même temps, mais > chaque simulation utilise un seul coeur (processeur). > >> Je voulais donc 1) juste avoir cette petit confirmation. >> >> Et 2) savoir comment techniquement je pourrais faire tourner Isis sur >> un Cluster ? Jimagine que je ne pourrais pas faire de lancement à >> distance ? Et quil me faudra installer ISIS sur le cluster puis venir >> avec une clef USB pour copier ma base et enfin lancer les simus >> directement à partir du terminal du cluster ????? >> >> > Ça dépend. Voulez vous faire tourné des simulations isolées ? > Ou plutôt un ensemble de simulation ? > > Pour ce qui de l'accès, on accede à caparmor via le protocole > ssh (si c'est un serveur linux, il devait être présent), l'envoi > de simulation, le lancement et la récupération des > résultats se fait ainsi. > > Par contre, sur caparmor, il y a un "ordonnanceur" de jobs, > qui fait que même si on envoi 1000 simulations, il les > fera 16 par 16 pour ne pas nuire aux performances du système. > Pouvez vous vous renseigner pour savoir si un équivalent existe ? > >> Merci de vos éclaircissements. >> >> Bonne journée. >> >> Bastien >> >>

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Re: [Isis-fish-users] Cluster
by Eric Chatellier March 1, 2010

March 1, 2010

Le 28/02/2010 22:36, Bastien Preuss a écrit : > > Bonjour à tous, > Bonjour, > Une nouvelle question pour les informaticiens ! > > Après quelques échanges de mails, il semble donc qu’il ne me sera pas > possible d’utiliser Caparmor… > > Cependant, nous disposons d’un Cluster ici, qui fait habituellement > tourner des modèles hydrodynamiques. > > La machine est disponible régulièrement, donc je pense pouvoir l’utiliser. > > La personne qui gère le cluster me demande si mon modèle peut être > parallélisé et tourner sur plusieurs CPU, j’imagine que c’est déjà ce > qui est fait avec Caparmor… ? > En fait non, une simulation n'est pas parallélisable. Ce qui est "parallélisé" c'est les plans de simulation et les plans d'analyse. Plusieurs simulations tournent en même temps, mais chaque simulation utilise un seul coeur (processeur). > > Je voulais donc 1) juste avoir cette petit confirmation. > > Et 2) savoir comment techniquement je pourrais faire tourner Isis sur > un Cluster ? J’imagine que je ne pourrais pas faire de lancement à > distance ? Et qu’il me faudra installer ISIS sur le cluster puis venir > avec une clef USB pour copier ma base et enfin lancer les simus > directement à partir du terminal du cluster… ????? > Ça dépend. Voulez vous faire tourné des simulations isolées ? Ou plutôt un ensemble de simulation ? Pour ce qui de l'accès, on accede à caparmor via le protocole ssh (si c'est un serveur linux, il devait être présent), l'envoi de simulation, le lancement et la récupération des résultats se fait ainsi. Par contre, sur caparmor, il y a un "ordonnanceur" de jobs, qui fait que même si on envoi 1000 simulations, il les fera 16 par 16 pour ne pas nuire aux performances du système. Pouvez vous vous renseigner pour savoir si un équivalent existe ? > > Merci de vos éclaircissements. > > Bonne journée. > > Bastien > -- Éric <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02 40 50 29 28 http://www.codelutin.com

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