May 2006 - Isis-fish-users - mailman.cloud.codelutin.com

[Isis-fish-user] [annonce] Nouvelle version d'isis-fish 2.2.4
by Benjamin POUSSIN June 1, 2006

June 1, 2006

Bonjour, Une nouvelle version d'isis-fish vient d'être mise en place : http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version2/ifremer-simula… * optimization de HashMapMultiKey, Matrix (checkPos, checkDim), SiMatrice2 * utilisation de LRUMapMultiKey a la place de HashMapMultiKey * suppression de tous les caches autres que LRU * correction memory leak dans les Optimisations (il provenait de la modification du hashCode des MultiKey au cours du temps, les maps ne trouvaient plus les objets a supprimer) * ajout du support de la base de données h2 L'utilisation de la nouvelle base de donné ameliore d'un facteur 3 a 5 les performances lors de l'acces au données, mais elle ne represente que 16% du temps de simulation, donc il n'y a pas d'obligation a changer la base. Si vous souhaiez utiliser la base h2 a la place de mckoi, il faut commencer par faire une sauvegarde de sa base. ensuite il faut modifier les valeurs de dans la config de: jdbcLogin="sa" jdbcPassword="" <-- vide, rien jdbcDriver="org.h2.Driver" jdbcUrl="jdbc:h2:file://" database="/home/poussin/isis-database-2/h2data" cache="/tmp/isis-database-2/cache/h2data" database et cache ne sont que des exemples a modifier selon se que vous avez deja. Ce qui est important est de fichier par h2data (ce qui n'etait pas le cas avec mckoi) Puis relancer isis et importer la base sauvegardé Voici les résultats d'une simulation sans regles de gestion sur la pecherie (Golfe de Gascogne) de stephanie (12 Str, 20 met) 15:46:52 [INFO ] *=============== Mois de janvier annee:0 =============* 15:47:19 [INFO ] *=============== Mois de fevrier annee:0 =============* 15:47:44 [INFO ] *=============== Mois de mars annee:0 =============* 15:48:10 [INFO ] *=============== Mois de avril annee:0 =============* 15:48:34 [INFO ] *=============== Mois de mai annee:0 =============* 15:49:03 [INFO ] *=============== Mois de juin annee:0 =============* 15:49:30 [INFO ] *=============== Mois de juillet annee:0 =============* 15:49:57 [INFO ] *=============== Mois de aout annee:0 =============* 15:50:24 [INFO ] *=============== Mois de septembre annee:0 =============* 15:50:48 [INFO ] *=============== Mois de octobre annee:0 =============* 15:51:11 [INFO ] *=============== Mois de novembre annee:0 =============* 15:51:38 [INFO ] *=============== Mois de decembre annee:0 =============* 15:52:03 [INFO ] *=============== Mois de janvier annee:1 =============* ... 15:58:02 [INFO ] *=============== Mois de janvier annee:2 =============* 15:58:39 [INFO ] *=============== Mois de fevrier annee:2 =============* 15:59:17 [INFO ] *=============== Mois de mars annee:2 =============* 15:59:52 [INFO ] *=============== Mois de avril annee:2 =============* ... 16:11:23 [INFO ] *=============== Mois de janvier annee:4 =============* 16:11:48 [INFO ] *=============== Mois de fevrier annee:4 =============* ... 16:23:39 [INFO ] *=============== Mois de aout annee:5 =============* 16:24:11 [INFO ] *=============== Mois de septembre annee:5 =============* 16:24:37 [INFO ] *=============== Mois de octobre annee:5 =============* Donc en gros 30 secondes par pas de temps. en utilisant -DOptimizationCache=SimpleLRU=25000 Dans cette simulation le simulateur utilise pour un mois ~10000 et ~17000 entre du cache """15:47:19 [INFO ] cache size: cached: 10614 calculated: 16805""" <- apres le 1er mois donc mettre la taille a 25000 est raisonnable on peut la mettre a 50000 mais il faudra alors mettre plus de Ram allouer a isis (option -mx) En gros avec un cache a 25000 on utilise 100Mo de Ram, si on le passe a 50000 il faut 200Mo de Ram. Il faut pensez qu'il faut aussi laisser de la place pour les resultats. Donc pour ma simulation sur 10 ans, en mettant 25000, le cache me prend 100Mo, le simulateur a la base prend 50Mo. J'ai limite a 512Mo la taille memoire pour le simulateur, cela me laise donc 350Mo pour les resulats. En gros pour 66 pas de temps il faut 200Mo pour les resultats, ce qui fait 3 Mo par pas de temps. -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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[Isis-fish-user] simu base h2
by Hilaire DROUINEAU May 31, 2006

May 31, 2006

Salut, Pour info, j'ai fait une simu avec la nouvelle version (+h2data) et la base tectac de Stéphanie (environ 20 stratégies, 20 métiers, 2 pop) spatialisée sur 10 ans. Ca a tourné en un peu moins de 1/4 d'heure, en concommant 842Mo! Impressionnant! A+ Hilaire -- Hilaire Drouineau IFREMER, département EMH Centre de Nantes - BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 3 tel : +33 (0)2 40 37 43 06 - fax : +33 (0)2 40 37 40 75 email : hilaire.drouineau(a)ifremer.fr - web : http://www.ifremer.fr *****************************************************************

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[Isis-fish-user] un script qui sert à rien
by Hilaire DROUINEAU May 31, 2006

May 31, 2006

Salut tout le monde, j'avais écrit un script de présimulation qui permettait de récuprérer des matrices de changement de longueur dans un fichier texte. Il fallait écrire sa matrice dans un fichier texte, rangée de la même façon que l'interface isis, en séparant les colonnes par espace ou tabulation. Après quand on fait une simu, on utilise le scipt de présimulations en changeant les paramètres nécessaires. S'il y a plusieurs matrices à récupérer, on colle plusieurs fois le scrip. En fait ça va pas servir à grand chose vu que Benjamin va faire une nouvelle version. Mais bon si ça intéresse quelqu'un A+ Hilaire -- Hilaire Drouineau IFREMER, département EMH Centre de Nantes - BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 3 tel : +33 (0)2 40 37 43 06 - fax : +33 (0)2 40 37 40 75 email : hilaire.drouineau(a)ifremer.fr - web : http://www.ifremer.fr ***************************************************************** var fichier=new Packages.java.io.File("c:\\TEMP\\essait.txt"); //changer le nom du fichier var lecteur=new Packages.java.io.FileReader(fichier); //32 espace //13 entree //9 tabulation var pop="R_Sar"; //changer le nom de votre pop var population=PopulationFactory.findByNom(pop); var PremierMoisSaison=10; //entrer le premier mois de la saison var mois=new Packages.fr.ifremer.nodb.Mois(PremierMoisSaison); var SaisonPop=population.getInfoSaisonMois(mois); var matrice=SaisonPop.getMatriceChangementLongueur(); var semantics=matrice.getSemantics(0); var semantics2=new Packages.java.util.ArrayList(semantics); var classes=population.getNbClasse(); var zones=population.getNbSecteur(); var taille=zones*classes; for (var i=semantics2.iterator();i.hasNext();){ ligne=i.next(); for (var j=semantics2.iterator();j.hasNext();){ var carac=lecteur.read(); colonne=j.next(); chaine=""; while (carac==13 || carac==32 || carac==9 || carac==10){ carac=lecteur.read(); } while (carac!=13 && carac!=32 && carac!=9 && carac!=10){ var Carac=new Packages.java.io.StringWriter(); Carac.write(carac); chaine+=Carac.toString(); Carac.flush(); Carac.close(); carac=lecteur.read(); } matrice.setValue(ligne,colonne,parseFloat(chaine)); chaine=""; } } lecteur.close();

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[Isis-fish-user] mise à jour du pack de gestion
by Hilaire DROUINEAU May 30, 2006

May 30, 2006

Salut, nouvelle mise à jour du pack http://www.ifremer.fr/isis-fish/databases/PackRegleDeGestion+Export.zip j'ai ajouté une regle TACpropBiomasse où le TAC de l'année est recalculé en janvier comme une proportion de la biomasse de la metapop en janvier. Y a aussi quelques autres petites modifs (simplification du code) A+ Hilaire -- Hilaire Drouineau IFREMER, département EMH Centre de Nantes - BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 3 tel : +33 (0)2 40 37 43 06 - fax : +33 (0)2 40 37 40 75 email : hilaire.drouineau(a)ifremer.fr - web : http://www.ifremer.fr *****************************************************************

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[Isis-fish-user] mise à jour pack gestion+script
by Hilaire DROUINEAU May 29, 2006

May 29, 2006

Salut, je viens de re-remettre à jour le pack http://www.ifremer.fr/isis-fish/databases/PackRegleDeGestion+Export.zip j'ai ajouté deux méthodes (TailleMinSurvie et TACPoidsSurvie) où une partie des rejets peut survivre. Deux petits commentaires: *je suis obligé de faire l'hypothèse qu'un individu ne peut etre capturé qu'une seule fois, c'est à dire qu'un individu rejeté ne peut etre recapturé le même mois (ça serit quand même pas de bol!) *à vérifier mais je pense que la matrice des abondances est ajoutée au résultat est ajoutée avant que j'y rajoute les survivants (dans ActionAprès), donc on doit pas les voir le premier mois dans les résultats mais ils sont bien là le mois suivant. Si c'est effectivement le cas je ferai un jour ou l'autre une manip pour éviter ce petit problème. A+ Hilaire -- Hilaire Drouineau IFREMER, département EMH Centre de Nantes - BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 3 tel : +33 (0)2 40 37 43 06 - fax : +33 (0)2 40 37 40 75 email : hilaire.drouineau(a)ifremer.fr - web : http://www.ifremer.fr *****************************************************************

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[Isis-fish-user] mise à jour pack gestion+script
by Hilaire DROUINEAU May 29, 2006

May 29, 2006

Salut, je viens de remettre à jour le pack http://www.ifremer.fr/isis-fish/databases/PackRegleDeGestion+Export.zip Dorénavant dans les méthodes d'export, je note l'identifiant de la classe et non plus son âge (ça posait pb pour les pop en longueur) A+ Hilaire -- Hilaire Drouineau IFREMER, département EMH Centre de Nantes - BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 3 tel : +33 (0)2 40 37 43 06 - fax : +33 (0)2 40 37 40 75 email : hilaire.drouineau(a)ifremer.fr - web : http://www.ifremer.fr *****************************************************************

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[Isis-fish-user] mise à jour pack de gestion
by Hilaire DROUINEAU May 22, 2006

May 22, 2006

Salut, je viens de remettre à jour le pack règle de gestion sur le site internet et la zone simulateur. A+ Hilaire -- Hilaire Drouineau IFREMER, département EMH Centre de Nantes - BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 3 tel : +33 (0)2 40 37 43 06 - fax : +33 (0)2 40 37 40 75 email : hilaire.drouineau(a)ifremer.fr - web : http://www.ifremer.fr *****************************************************************

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[Isis-fish-user] probleme input effectifs
by Jean-Sebastien Kolusniewski May 19, 2006

May 19, 2006

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[Isis-fish-user] codage MIGRATION IMMIGRATION EMIGRATION et autres questions
by Jean-Sebastien Kolusniewski May 15, 2006

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[Isis-fish-user] [annonce] Nouvelle version d'isis-fish 2.2.3
by Benjamin POUSSIN May 12, 2006

May 12, 2006

Bonjour, Une nouvelle version d'isis-fish vient d'être mise en place. http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/download/version2/ifremer-simula… * correction mauvaise selection de mail pour les zones et les ports -- Benjamin -------------------- tél: +33 (0) 2 40 50 29 28 email: poussin(a)codelutin.com () campagne du ruban ascii http://www.codelutin.com /\ pour les mails en ascii

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[Isis-fish-user] problèmes de maille
by fargier luc May 12, 2006

May 12, 2006

Bonjour Benjamin, Je voulais savoir ce qu' il en était du problème des cellules dans la version 2-2, pour mémoire: "Salut guilde des users, Je viens de découvrir mon premier BUG, sur ISIS. Quand je rentre mes zones, avec certes une résolution assez fine (Lat.: 0,009; Lon.:0,01),Il arrive que pour certaines colonnes (environ toutes les 3 ou 4 colonnes, selon les cas), les cellules cochées ne se verdissent pas au tact de ma souris. Je dois par conséquent pour m'assurer que la cellule est bien sélectionnée aller la débusquer dans la liste, ce qui n'est pas ce qu'il y a de plus rigolo. Par ailleurs, il arrive que quand je décoche une cellule dans la liste, deux cellules soient décolorées sur la carte et quand je coche une cellule sur la carte ce soit celle d'à côté qui se colore, bref une cellule peut en cacher une autre. Ci joint, ma base zippée. Merci, bonne soirée, Luc" Serait il possible de savoir si le problème a été réglé et si le cas échéant il, faut rentrer à nouveau toutes les zones? Par ailleurs, pour information quand on enregistre une base sans sélectionner l'onglet "maillefactory" la base ainsi enregistée ne présente plus la grille que l'on avait créee, ni les zones associées Seul reste le nom de ces zones. Le résultat est apparemment le même que si l'on modifiait directement la résolution de la grille dans la base. merci, bonne soirée, Luc

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[Isis-fish-user] Problemes de maille (bis)
by fargier luc May 12, 2006

May 12, 2006

Rerebonjour, Excusez moi mais devenant un peu paranoîaque sur les mailles je voulais savoir si dans la version 2-2 dans la liste de cellules sur le côté dans l'onglet zones pour les mailles le passage de cellules de latitude décroissantes (de 41.595 à 41.046 dans mon cas) puis croissantes (de 41.046 à 41.866 ) était normal, sans importance ou pouvait avoir une relation avec mon problème de mailles?? Merci, Bonne journée, Luc

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[Isis-fish-user] Echec Simulation probleme memoire
by Stephanie MAHEVAS May 12, 2006

May 12, 2006

Bonjour Benjamin sur mon portable, j'ai lance une simulation avec un modele de gravite VPUE. La troisieme annee (pas de temps 30), elle echoue pour cause de probleme memoire. Peux-tu regarder d'ou ca vient? (ci-joint la base et le fichier d'erreur) merci stephanie -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: 02 40 37 41 81 Fax: 02 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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[Isis-fish-user] Tr : problèmes de maille
by fargier luc May 12, 2006

May 12, 2006

Rebonjour excusez moi mais apparemment le mail avec la base zippée n'est pas arrivé, donc si vous ne la retrouvez pas dans les archives, la voici en pièce jointe. Merci, aidez moi, bonne journée,Luc ----- Message transféré ---- De : fargier luc <lucfargier(a)yahoo.fr> À : isis-fish-user(a)lists.labs.libre-entreprise.org Envoyé le : Jeudi, 11 Mai 2006, 6h23mn 55s Objet : problèmes de maille Bonjour Benjamin, Je voulais savoir ce qu' il en était du problème des cellules dans la version 2-2, pour mémoire: "Salut guilde des users, Je viens de découvrir mon premier BUG, sur ISIS. Quand je rentre mes zones, avec certes une résolution assez fine (Lat.: 0,009; Lon.:0,01),Il arrive que pour certaines colonnes (environ toutes les 3 ou 4 colonnes, selon les cas), les cellules cochées ne se verdissent pas au tact de ma souris. Je dois par conséquent pour m'assurer que la cellule est bien sélectionnée aller la débusquer dans la liste, ce qui n'est pas ce qu'il y a de plus rigolo. Par ailleurs, il arrive que quand je décoche une cellule dans la liste, deux cellules soient décolorées sur la carte et quand je coche une cellule sur la carte ce soit celle d'à côté qui se colore, bref une cellule peut en cacher une autre. Ci joint, ma base zippée. Merci, bonne soirée, Luc" Serait il possible de savoir si le problème a été réglé et si le cas échéant il, faut rentrer à nouveau toutes les zones? Par ailleurs, pour information quand on enregistre une base sans sélectionner l'onglet "maillefactory" la base ainsi enregistée ne présente plus la grille que l'on avait créee, ni les zones associées Seul reste le nom de ces zones. Le résultat est apparemment le même que si l'on modifiait directement la résolution de la grille dans la base. merci, bonne soirée, Luc

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[Isis-fish-user] suggestion population avec distinction des sexes
by Hilaire DROUINEAU May 11, 2006

May 11, 2006

Salut, Je crois qu'on en avait déjà discuté mais je sais plus trop ce qui avait été suggéré. Si on veut séparer mâme et femelles dans une population (par exemple pour la langoustine), on peut pour le moment faire: -comme avait fait Bastien, c'est à dire on crée des classes de longueur correspondant aux femelles puis aux mâles dans une même popûlation. Ca marche pas trop mal, mais: pas si on veut des pop en âge le calcul des âges correspondant à une longueur n'a plus aucun sens c'est pas très clair: on est obligé de créer au milieu une classe qui n'a pas de sens la matrice de changement de classe a une drôle de tête -Ne pourrait-on pas plutôt envisager de créer deux populations (une femelle, l'autre mâle) dans une même métapop. Le seul problème que je vois (pour l'instant) est qu'il faudrait alors que Benjamin passe en argument de l'equation de repro, les effectifs de toutes les pops de la métapop (et non plus uniquement ceux de la pop). Qu'est ce que vous en pensez? A+ Hilaire -- Hilaire Drouineau IFREMER, département EMH Centre de Nantes - BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 3 tel : +33 (0)2 40 37 43 06 - fax : +33 (0)2 40 37 40 75 email : hilaire.drouineau(a)ifremer.fr - web : http://www.ifremer.fr *****************************************************************

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[Isis-fish-user] uml region
by Hilaire DROUINEAU May 2, 2006

May 2, 2006

Salut Benjamin, serait-il possible que tu laisses encore quelque temps sur le site l'UML de la version 2? Merci d'avance et bonne journée Hilaire -- Hilaire Drouineau IFREMER, département EMH Centre de Nantes - BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 3 tel : +33 (0)2 40 37 43 06 - fax : +33 (0)2 40 37 40 75 email : hilaire.drouineau(a)ifremer.fr - web : http://www.ifremer.fr *****************************************************************

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[Isis-fish-user] version corrigée script
by Hilaire DROUINEAU May 2, 2006

May 2, 2006

Salut tout le monde, voici la version corrigée du document sur l'ecamacript. Vous pouvez aussi la trouver à l'adresse suivante: http://isis-fish.labs.libre-entreprise.org/user/ScriptHilaire.html A+ Hilaire -- Hilaire Drouineau IFREMER, département EMH Centre de Nantes - BP 21105 - 44311 Nantes Cedex 3 tel : +33 (0)2 40 37 43 06 - fax : +33 (0)2 40 37 40 75 email : hilaire.drouineau(a)ifremer.fr - web : http://www.ifremer.fr *****************************************************************

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