September 2012 - Isis-fish-devel - mailman.cloud.codelutin.com

Gestion de la distribution dans les méthodes d'AS
by Eric Chatellier Nov. 22, 2013

Nov. 22, 2013

Bonjour, J'ai un peu progressé dans la compréhension de l'utilisation de la distribution dans les méthodes d'AS. Il y a plusieurs cas: * soit la méthode prend en paramètres la distribution directement (Fast99) * soit des paramètres de la distribution peuvent être calculé avant par une distribution (Sobol) * soit la méthode gère elle même la distribution, non modifiable (LHS) * soit la distribution ne peut pas être gérée Voici en détail les problèmes rencontrés suivant les méthodes de calcul: Morris ------ Morris prend en paramètres deux vecteurs correspondant aux valeurs min et max de chaque facteur. Si les facteurs n'ont pas été défini en distribution uniforme avec des valeurs min et max, cela pose problème. Sobol ----- Sobol prend en paramètres 2 dataframe qui peuvent être défini manuellement suivant une méthode de distribution. C'est donc théoriquement possible. RandomLHS et OptimumLHS ----------------------- RandomLHS gère elle même une distribution uniforme entre 0 et 1. help(randmonLHS) : An ‘n’ by ‘k’ Latin Hypercube Sample matrix with values uniformly distributed on [0,1] Donc en faisant un produit en croix entre min et max, il est possible d'obtenir la valeur réelle du facteur. Mais dans le cas d'une distribution non uniforme, comment peut-on exploiter la valeur entre 0 et 1 ? ExpandGrid ---------- Pas de gestion de la distribution. RDOpimal -------- Pas de gestion de la distribution. Apparemment Sigrid avait bien aidé Jean sur ce script. RegularFraction --------------- Pas de gestion de la distribution. JavaExpandGrid et FrF2 ---------------------- JavaExpandGrid calcule manuellement les valeurs des facteurs. Donc a moins de refaire le calcul pour toutes les distributions possibles, autant supprimer cette méthode. FrF2 est la même méthode que RegularFraction. Stéphanie, tu aurais un moment pour rediscuter de ca ? -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Ressources Isis-fish
by Postmaster ISIS-Fish Sept. 30, 2012

Sept. 30, 2012

Amis utilisateurs d'ISIS-Fish, Ce mail automatique, envoyé tous les 3 mois sur les listes de diffusions du projet, a pour but de vous rappeler toutes les ressources disponibles pour toutes vos éventuelles questions et problèmes. Documentation et manuel utilisateurs ------------------------------------ La documentation d'ISIS-Fish est présente sur le site à cette adresse : http://isis-fish.org/v4/index.html. N'hésitez pas à nous remonter les parties qui ne sont pas claires ou les parties qui ne sont pas à jour, le logiciel évoluant, certaines parties de la documentation sont peut-être obsolètes. Questions et FAQ ---------------- Vous pouvez poser vos questions à cette même liste de diffusion en envoyant un mail à isis-fish-users(a)list.isis-fish.org. Toutes les personnes abonnées le recevront et pourront répondre à vos éventuelles questions. N'oubliez pas, avant de poser votre question, de rechercher parmis les archives de la liste (http://list.isis-fish.org/pipermail/isis-fish-users/) votre question a peut-être déjà été posée. Les questions les plus fréquemment posées sont regroupées sur le site sur la page FAQ : http://isis-fish.org/v4/user/FAQ.html Forge, rapports de bug, suivi des évolutions -------------------------------------------- Si vous rencontrez un bug, vous pouvez vérifier sur la forge ISIS-Fish (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/issues) si nous en avons déjà connaissance. Si nous n'en avons pas connaissance, vous pouvez nous rapporter le bug, nous l'intègrerons dans la liste des évolutions prévues (http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/roadmap) Pour rapporter un bug (ou une demande d'évolution), donnez nous le maximum de détails sur ce bug (comment vous l'avez obtenu ? votre base, vos paramètres et le fichier debug.txt). Plus nous avons d'informations, plus nous pourrons vous aider simplement. L'équipe ISIS-Fish

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[ANN] - IsisFish 4.2.1.0 released
by forge.codelutin.com Release Notification Sept. 26, 2012

Sept. 26, 2012

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.2.1.0 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: New features: o Ajout des champs groupMin/groupMax pour pouvoir calculer la mortalité totale par pêche Issue: 1530. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.2.1.0-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/489 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team

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variables par defaut dans populations
by Stephanie MAHEVAS Sept. 25, 2012

Sept. 25, 2012

Eric, serait-il possible que par défault lorsque l'on crée une population il y ait deux variables par defaut AgeMin et AgeMax initialisées par defaut à l'age min de la pop et l'age max de la pop (et 0 si les pop sont structurées en longueur)? Ca permettrait de rendre generique le SiMatrix crée par Loic... Merci Steph -- ...................................................................... Stephanie MAHEVAS (Stephanie.Mahevas(a)ifremer.fr) IFREMER/EMH (Ecologie et Modèles pour l'Halieutique) Tel: (33) 2 40 37 41 81 Fax: (33) 2 40 37 40 75 o \ o / _ o __| \ / |__ o _ \ o / o /|\ | /\ ___\o \o | o/ o/__ /\ | /|\ / \ / \ | \ /) | ( \ /o\ / ) | (\ / | / \ / \ ......................................................................

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edition site web
by Sigrid Lehuta Sept. 24, 2012

Sept. 24, 2012

Hello, j ai voulu modifier la page telechargements sur le site d isis. J ai simplement ajoute "Anchovy" apres "Base Bay of Biscay" et sauvé. La modification n apparait pas sur la page mais si je retourne dans la page d edition, la modification est conservee. Cela vient il de moi ou d un bug?

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login/password
by Sigrid Lehuta Sept. 24, 2012

Sept. 24, 2012

Bonjour tout le monde, j'aimerais pouvoir modifier le site isis mais j ai perdu mes identifiants. Pourriez vous me les rappeler? Merci.

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[ANN] - IsisFish 4.2.0.1 released
by forge.codelutin.com Release Notification Sept. 20, 2012

Sept. 20, 2012

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.2.0.1 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: Fixed Bugs: o Impossible d'utiliser des appels R en sous process Issue: 1508. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Impossible de lire les resultats de simulation Issue: 1507. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.2.0.1-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/480 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team

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Arrêt du téléchargement de simus caparmor
by Loic GASCHE Sept. 18, 2012

Sept. 18, 2012

Bonjour les lutins, J'ai un petit soucis : je viens de me rendre compte qu'ISIS a arrêté de télécharger mes simulations depuis caparmor il y a quelques heures... J'ai beau essayer de fermer et relancer ISIS cela ne change rien. Une idée ? Je ne sais pas si ça a un rapport mais j'ai reçu hier ce mail : ATTENTION!! vous utilisez 54.7G sur home[1-6] votre quota est de 50G le temps restant pour faire le menage est de 6 jours et mon TMP sur caparmor fait 13 gigas à priori... Loïc

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Re: [Isis-fish-devel] Caparmor paused multijob
by Eric Chatellier Sept. 14, 2012

Sept. 14, 2012

Le 14/09/2012 17:18, Tina ODAKA a écrit : > hi eric, > thats because 16 jobs are running very long time (those jobs are taking 57 > hours!! > may be it is an error? those jobs are blocked because of user disk quotat exceded, they doesn't output any activity. > > if you are sure that each job runs like in 5 minutes, you can add this option > -l walltime=00:05:00 > if you use 1G of memory, you can put this, then you have higher chance that > your job goes before other big memory job > -l mem=1G > > if you put walltime=5min, incase there is pb and it take long time, it will > kill that job array indecies job, and goes to next array indecies job. This case never happen (only due to disk usage exceded). > > tina > > 3954951[3031].s lgasche sequenti simulation 20400 1 1 2800mb 96:00 R 57:08 > 3954951[3032].s lgasche sequenti simulation 24897 1 1 2800mb 96:00 R 57:09 > 3954951[3033].s lgasche sequenti simulation 20528 1 1 2800mb 96:00 R 57:07 > 3954951[3034].s lgasche sequenti simulation 24994 1 1 2800mb 96:00 R 57:08 > 3954951[3035].s lgasche sequenti simulation 29774 1 1 2800mb 96:00 R 57:07 > 3954951[3036].s lgasche sequenti simulation 25054 1 1 2800mb 96:00 R 57:07 > 3954951[3038].s lgasche sequenti simulation 30101 1 1 2800mb 96:00 R 57:05 > 3954951[3039].s lgasche sequenti simulation 25099 1 1 2800mb 96:00 R 57:06 > 3954951[3040].s lgasche sequenti simulation 29517 1 1 2800mb 96:00 R 57:05 > 3954951[3041].s lgasche sequenti simulation 29532 1 1 2800mb 96:00 R 57:05 > 3954951[3045].s lgasche sequenti simulation 29628 1 1 2800mb 96:00 R 57:05 > 3954951[3046].s lgasche sequenti simulation 29807 1 1 2800mb 96:00 R 57:03 > 3954951[3048].s lgasche sequenti simulation 20729 1 1 2800mb 96:00 R 57:02 > 3954951[3049].s lgasche sequenti simulation 20744 1 1 2800mb 96:00 R 57:02 > 3954951[3050].s lgasche sequenti simulation 32626 1 1 2800mb 96:00 R 57:02 > 3954951[3051].s lgasche sequenti simulation 25288 1 1 2800mb 96:00 R 57:01 > service0>989% What is the command line for that output ? -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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[ANN] - IsisFish 4.2.0.0 released
by forge.codelutin.com Release Notification Sept. 14, 2012

Sept. 14, 2012

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.2.0.0 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: New features: o Add new result storage to store result on file system Issue: 1449. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Fixed Bugs: o Le dépot communauté n'est pas mis à jour au démarrage Issue: 1461. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Impossible d'appeler R depuis un sous processus Issue: 1460. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.2.0.0-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/472 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team

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Nouveau format de stockage des résultats de simulations
by Eric Chatellier Sept. 14, 2012

Sept. 14, 2012

Bonjour, Nous avons développé un nouveau format de stockage des résultats commençant avec la version 4.2.0.0 de IsisFish. Ce nouveau format ne stock plus les résultats dans la base de données, mais dans un fichier indexé enregistré dans le dossier de la simulation. Ce nouveau format de stockage est plus rapide lors de l’exécution de la simulation et beaucoup plus rapide pendant la phase d'export des résultats (de l'ordre de six fois plus rapide). Il résous également un problème mémoire pendant la phase d'export. Concernant son utilisation, il n'y a aucune différence dans l'API. Ce nouveau stockage est une nouvelle implémentation du ResultManager et s'utilise exactement de la même façon que l'ancien. Cela ne change rien du point de vue de l'utilisateur. Cordialement, Eric Chatellier. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Caparmor paused multijob
by Eric Chatellier Sept. 14, 2012

Sept. 14, 2012

Bonjour tina, Nous avons actuellement sur capamor un multijob qui a été mis en pause car le quotat de l'utilisateur a été dépassé (lgasche). Comment peut-on reprendre le job en question (3954951[].service0) ? Le job est bloqué à (qstat -f 3954951[].service0): array_indices_submitted = 0-4999 array_indices_remaining = 3052-4999 depuis très longtemps. Merci. -- Éric Chatellier <chatellier(a)codelutin.com> Tel: 02.40.50.29.28 http://www.codelutin.com

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Pb de téléchargement de simus caparmor
by Loic GASCHE Sept. 11, 2012

Sept. 11, 2012

J'ai un petit soucis de récupération de simus d'une AS que je fais tourner sur caparmor : - La plupart des simus restent à l'état "attente de démarrage" - Puis il y a une phase de téléchargement presque instantanée (alors que d'habitude c'est ce qui prend le plus de temps) - Le téléchargement semble bloqué à Janvier 0 et la simu passe à l'état "Suppression des fichiers" - Aucune des simulations ne passe dans la liste du bas des simulations terminées... Cette AS tourne sans soucis sur mon PC, donc je ne pense pas que le problème vienne de l'AS en elle-même. A priori les simulations tournent comme il faut sur caparmor, c'est pour cela que je pense que le problème vient de la récupération des simulations... Une idée ? Loïc

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commandes caparmor pour suivre ses simus ?
by Loic GASCHE Sept. 7, 2012

Sept. 7, 2012

Salut les lutins, Je ne me souviens plus des commandes à utiliser pour accéder à l'état de mes simus sur caparmor dans la fenêtre de commandes de putty... J'ai jeté un coup d'oeil sur le site mais je n'ai pas trouvé ce qui m'intéresse. Est-ce qu'il serait possible de me les donner à nouveau ? Ca pourrait valoir le coup de les rajouter sur le site ? Loïc

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[ANN] - IsisFish 4.1.1.1 released
by forge.codelutin.com Release Notification Sept. 4, 2012

Sept. 4, 2012

The IsisFish team is pleased to announce the isis-fish-4.1.1.1 release! Simulateur de pecherie complexe. Documentation of the project can be found here: http://maven-site.forge.codelutin.com/isis-fish Changes ------- Changes in this version include: New features: o Fix matrix import semantic mapper for PopulationGroup Issue: 1444. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Add option to control subprocess allocated memory Issue: 1442. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Add option to control caparmor process allocated memory Issue: 1443. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Add option to export factor list into mexico xml file Issue: 1450. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. o Add option to control subprocess max simultaneous process count Issue: 1445. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Fixed Bugs: o Memory leak is still present when reading result during export Issue: 1435. Thanks to Eric Chatellier. Resolved by echatellier. Downloads --------- For a manual installation, you can download files here: http://forge.codelutin.com/projects/isis-fish/files * isis-fish-4.1.1.1-bin.zip - http://forge.codelutin.com/attachments/download/454 Maven artifacts --------------- Artifacts are deployed in nuiton maven repository http://maven.nuiton.org/other-releases/ Have fun! -IsisFish team

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